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benno67 Gast
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 04. Nov 2011 17:16 Titel: |
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Da ist auf Seite 33 keine Abbildung
(Seite 33: Chloramphenicol‐Acetyltransferase)
Meinst du Seite 10?
Ausserdem ist es nicht gerade die feine Art, jemanden auf eine derartige Odyssee zu schicken, von dem man gerne Hilfe hätte.
Also: Konkret werden und direkt verlinken!!
_________________ RNA?- just another nucleic acid? |
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benno67 Gast
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Verfasst am: 04. Nov 2011 17:19 Titel: |
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oh sorry ich meinte seite 10...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 04. Nov 2011 17:37 Titel: |
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Dann versuche doch zunächst einmal, die Abbildung zu beschreiben.
Beginne einmal ganz links und beschreibe.
Was denkst du, sollen die farbigen Überhänge der Primer bedeuten?
Dann die Abbildung rechts daneben:
Was bedeuten die Überhänge dort? Ein Tipp:google mal den Begriff "overlap-PCR".
Die dritte Abbildung: Da steht bereits, dass Sequenzen deletiert werden sollen. Auch hier wird mit zueinander revers komplementären Überhängen an den Primern gearbeitet. Es gilt das gleiche Prinzip wie in der zweiten Abbildung, genauso in der 4. Abbildung.
Weisst du denn, was konkret eine PCR ist?
Was sagt dir der Begriff PCR-Mutagenese?
Und was ist ein Vektor in diesem Zusammenhang?
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benno67 Gast
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Verfasst am: 04. Nov 2011 17:57 Titel: |
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also ich fange erstmal mit der linken abbildung an:
also zuerst ist die doppelsträngige dna dargestellt. diese wird dann denaturiert so dass die ssdna vorliegt. und dann werden die primer angelagert (sind ja die grünen und roten pfeile). allerdings weiß ich einfach nicht was die überhänge sind und wpzu man die braucht. und eigentlich müssten doch dann zwei dna-doppelstränge entstehen oder (wie bei pcr eben)? aber das ist ja nicht der fall...und da komm ich einfach nicht weiter...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 04. Nov 2011 18:10 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | und eigentlich müssten doch dann zwei dna-doppelstränge entstehen oder (wie bei pcr eben)? aber das ist ja nicht der fall |
Doch, der Doppelstrang ist darunter abgebildet, mit den farbig markierten flankierenden Sequenzen.
Was weisst du über Restriktionsenzyme?
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 08:46 Titel: |
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heißt das dass die beiden "striche" mit den roten und grünen enden zwei doppelstränge darstellen oder nur einen?
und restriktionenzyme sind sind enzyme die dna an bestimmten stellen schneiden. also vllt. sind die überhänge ja nucleotide die angefügt werden müssen damit die restriktionsenzyme schneiden können?
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 08:52 Titel: |
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und was ist eigentlich mit funktionelementen gemeint? und es ist doch auch so dass ein doppelstrnag aus jeweils einem neuen und einem alten strang besteht...aber das ist doch hier auch nicht so oder?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 05. Nov 2011 09:16 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | heißt das dass die beiden "striche" mit den roten und grünen enden zwei doppelstränge darstellen oder nur einen? |
Hier ist exemplarisch ein Doppelstrang dargestellt, was ja auch zur Veranschaulichung ausreicht.
benno67 hat Folgendes geschrieben: | vllt. sind die überhänge ja nucleotide die angefügt werden müssen damit die restriktionsenzyme schneiden können? |
Genau, die farbigen Überhänge symbolisieren Sequenzen von Restriktionsschnittstellen , damit die Sequenz in einen Vektor kloniert werden kann.
benno67 hat Folgendes geschrieben: | und was ist eigentlich mit funktionelementen gemeint? |
z.B. cDNA, Promotoren, regulatorische Sequenzen
benno67 hat Folgendes geschrieben: | und es ist doch auch so dass ein doppelstrnag aus jeweils einem neuen und einem alten strang besteht...aber das ist doch hier auch nicht so oder? |
Wie kommst du darauf? Die Stränge sind nicht mit "alt" und "neu" oder ähnlichem beschriftet und es ist nur einer abgebildet. Zudem zeigt der Schritt darüber, dass die Amplifikation an zwei Strängen mit jeweils einem forward- und einem reverse-Primer vorgenommen wird.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 09:35 Titel: |
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naja ich hab gelernt das die doppelstränge die entstehen jeweils aus einem ursprünglichen strang und einem neu synthetisierten strang besteht. oder lieg ich da jetzt falsch? und ich versteh auch einfach nicht warum an beiden enden primer sind. weil eigentlich müsste ja z.B. bei dem oberen strang des doppelstrangs nur der rote sein und bei dem unteren der grüne. oder sind die roten und grünen enden gar keine primer? also irgendwie blick ich da nicht durch....
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 05. Nov 2011 09:46 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | oder sind die roten und grünen enden gar keine primer? |
Die farbig markierten Enden symbolisieren auch die Restriktionsschnittstellen und nicht nur die Primer-Bindungsstellen.
Die Primer haben die Überhänge dieser Sequenzen, weil die in der Matrize ja nicht vorhanden sind.
Wenn du dann in dem Schema darüber schaust, so siehst du, dass der "grüne Primer" an dem unteren Strang "links" bindet und der "rote Primer" an dem oberen Strang "rechts" (jeweils am 3'Ende der Matrize), so dass das Produkt "links" von der grünen und "rechts" von der roten Sequenz flankiert wird.
In diesen Sequenzen können nun Restriktionsenzyme schneiden. Das so entstandene Fragment mit z.B. klebrigen 5'-Überhängen kann dann in einen Vektor kloniert werden, der mit den gleichen Restriktionsenzymen geschnitten ist.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 10:12 Titel: |
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oh man ich verstehe es irgendwie nicht...eigentlich müsste der obere strang vom doppelstrang rechts die rote sequenz haben und sonst "blau" sein und der untere strang müsste nur links die grüne sequenz haben und sonst "blau" sein. ich versteh einfach nicht warum die rechten enden der beiden stränge rot sind und die anderen beiden grün...wie soll das denn gehen? ich kann mir das einfach nicht vorstellen...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 05. Nov 2011 10:49 Titel: |
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Die Überhänge der Primer werden mit amplifiziert.
Im ersten Zyklus nicht, aber bereits im zweiten Zyklus haben die neu entstandenen Stränge ja den jeweiligen Überhang, den die Primer hatten.
Diese werden dann in den weiteren Zyklen natürlich auch von der Polymerase komplementär ergänzt und exponentiell vervielfacht, so dass nach 20 oder 30 Zyklen der weit überwiegende Teil an beiden Seiten Überhänge hat, und zwar an der "linken" Seite die grüne Sequenz, weil da ja der grüne Primer gebunden hat und an der "rechten" Seite die rote Sequenz, weil da ja der rote Primer gebunden hat.
Wie gesagt, bereits nach dem ersten Zyklus werden die Produkte exponentiell vervielfältigt, die den Überhang der Primer beinhalten. Die Ausgangsprodukte bzw. die Produkte, die den Überhang nur an einer Seite haben, wie du es forderst, gibt es zwar auch, ihre Vervielfältigung erfolgt aber linear und nicht exponentiell, so dass die überwiegende Mehrheit der Amplifikate nach 20-30 Zyklen an beiden Seiten die Überhänge aufweist.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 16:42 Titel: |
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aber die beiden primer binden doch nicht an den gleichen strang des doppelstranges...wie kann denn dann ein strang des doppelstranges beide primer (rot und grün) haben? vllt kannst dud as nochmal anders erklären...
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PaGe Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover
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Verfasst am: 05. Nov 2011 20:49 Titel: |
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Nachdem der Strang zum ersten Mal verdoppelt wurde, besitzt 1 Teilstrang einen Primer. Wenn dieser Doppelstrang für den nächsten Zyklus getrennt wird, lagert sich auch an diesen wieder ein Primer an, sodass beide Stänge einen Primer besitzen.
Ansonsten hilft: einfach aufzeichnen. Nach 2-3 Zyklen siehst du, wie es sich entwickelt.
_________________ Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen. |
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 21:06 Titel: |
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ich hab mir das schon versucht aufzuzeichnen, aber ich versteh es einfach nicht. wenn der doppelstrang zum ersten mal verdoppelt wird, dann hat man ja vier teilstränge und zwei davon (jeweils die neu synthetisierten) besitzen dann einen primer. wenn diese beide entstandenen stränge wieder verdoppelt werden, dann entstehen doch wieder nur teilstränge mit einem primer oder? also nicht wie in der abbildung an beiden enden...oh man irgendwie schnall ich das nicht....
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PaGe Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover
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Verfasst am: 05. Nov 2011 21:54 Titel: |
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Am Ende eines Zyklus hast du Doppelstränge, keine Einzelstränge.
_________________ Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen. |
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benno67 Gast
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Verfasst am: 05. Nov 2011 22:23 Titel: |
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ja. aber der doppelstrang besteht ja sozusagen aus zwei teilsträngen und jeder teilstrang trägt doch nur einen primer oder? und die abbildung die dort gezeit ist: dabei handelt es sich ja um EINEN doppeldtrang richtig? und der besteht ja eben auch wieder aus zwei teilsträngen aber hier besitzen ja dann sozusagen beide teilstränge jeweils zwei primer (links und rechts)...und das versteh ich eben nicht... weißt duw as ich meine?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 05. Nov 2011 22:56 Titel: |
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Ich habe dir mal ein Bild der Doppelstränge nach den ersten beiden Zyklen angehängt. Wir betrachten ein DNA-Molekül.
Nach dem ersten Zyklus existieren zwei Doppelstränge, von denen jeweils einer den Überhang hat.
In dem zweiten Zyklus habe ich nur diese Stränge berücksichtigt und jeweils mit den Primern amplifiziert.
Die so entstandenen Stränge haben jetzt auf beiden Seiten den entsprechenden Überhang.
Vervielfältige ich diese beiden stränge weiter, habe ich irgendwann ganz viele Stränge, die auf beiden Seiten den Überhang haben.
Wenn du die beiden neu entstandenen Stränge nach dem zweiten Zyklus aus meinem Schema aneinanderfügst, hast du quasi das doppelsträngige DNA-Molekül in deiner Abbildung.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 10:11 Titel: |
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also ich versteh trotzdem noch nicht wie ich auf einmal zwei rote bzw. grüne überhänge an einem doppelstrang haben kann. ich hab mit das schon ein paar mal aufgezeichnet aber ich krieg das so nie raus...was mach ich da falsch? und wenn du sagst du hast nur die teilstränge mit überhänge berücksichtigt, dann würde das doch heißen dass man den doppelstrang wieder trennt oder? aber real wäre das doch nicht so oder? tut mir leid dass ich mich so doof anstelle...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 10:19 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | würde das doch heißen dass man den doppelstrang wieder trennt oder? aber real wäre das doch nicht so oder? |
Doch, zu Beginn jedes Zyklus werden die Doppeöstränge getrennt, die DNA wird denaturiert.
Dazu besteht jeder Zyklus aus drei Schritten:
1. Denaturierung
2. Primer- Annealing (Bindung der Primer an die Matrize)
3. Extension ("Verlängerung") der Primer zu einem neuen Strang
Das wird dann mehrere Male wiederholt.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 10:29 Titel: |
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ok aber trotzdem erhalte ich nie zwei gleiche überhänge an einem doppelstrang...es ist doch so dass der primer mit dem grünen überhang immer an dem einen 3'-ende eines teilstranges bindet und der primer mit dem roten überhang immer am 3'-ende des anderen teilstranges bindet oder? und da krieg ich dsa dann nie so raus...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 10:40 Titel: |
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Die Sequenzen sind natürlich komplementär zueinander, also der Strang, der durch den "roten Primer" verlängert wird, enthält "am Ende" die Sequenz, die revers komplementär (also "antiparallel") zu dem "grünen Primer" ist. Das sind natürlich nicht dieselben Sequenzen, sondern die komplementären.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 10:58 Titel: |
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also d.h. in deiner abbildung im oberen doppelstrang nach dem zweiten zyklus folgendes: der rote überhang des unteren teilstranges ist die komplementäre sequenz des überhangs der durch den primer am oberen teilstrang zuvor angefügt wurde? also das ist nicht direkt der primer der dort bindet sondern nur die komplementäre sequenz die durch die polymerase synthetisiert wird? ist das so richtig?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 11:17 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | also das ist nicht direkt der primer der dort bindet sondern nur die komplementäre sequenz die durch die polymerase synthetisiert wird? |
Nach dem zweiten Zyklus wird also begonnen, die vollständige Sequenz incl. Überhängen zu vervielfältigen.
Dass am Ende so viele mehr davon vorhanden sind, als von Strängen, die nur an einer Seite den Überhang haben, liegt daran, dass sich erstere exponentiell vermehren, während zweitere sich linear vermehren.
Im dritten Zyklus bindet der jeweilige Primer an die im zweiten zyklus neu entstandenen Stränge ja schon vollständig, also ohne Überhang.
Hast du das jetzt soweit?
Nächste Abbildung?
Oder ist noch irgendetwas unklar?
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 11:24 Titel: |
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ok also soweit hab ich das jetzt verstanden nur das was du mit dem dritten zyklus geschrieben hast ist mir noch nicht ganz klar:
"Im dritten Zyklus bindet der jeweilige Primer an die im zweiten zyklus neu entstandenen Stränge ja schon vollständig, also ohne Überhang."
wie meinst du das die primer binden dann ohne überhang? ich dachte die haben da jetzt immer den überhang?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 11:27 Titel: |
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Aber die neu gebildeten Stränge haben die Sequenz des Überhanges bzw. dessen Komplementärsequenz doch auch mittlerweile.
Also kann der Primer an diesen Strängen vollständig binden.
Er hat die Überhänge ja nur im Vergleich zur Ausgangssequenz, später sind sie Bestandteil der entstandenen Stränge und der Primer bindet vollständig.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 11:43 Titel: |
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ok das hab ich jetzt verstanden
dann die zweite abbildung...da sind ja nun zwei gene die fusioniert werden sollen. aber wozu braucht man denn da so viele primer und warum werden bei PCR I P1 und P2 zusammengebracht, etc.? und hier wird wieder nur ein doppelstrang dargestellt oder? und wie kommt es das bei der PCR1 der obere teilstrang ein roten pfeil hat und der untere ein rotes ende?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 12:14 Titel: |
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Also die rote Sequenz von P2 ist komplementär zu der roten Sequenz (roter Pfeil) von P3. Die blaue Sequenz von P2 ist komplementär zu der blauen Sequenz von P3.
Bei P2 und P3 spricht man von "mutagenen Primern", sie enthalten die Fusionssequenz.
P1 und P4 sind die flankierenden Primer, sie enthalten spezifische Sequenzen der Ausgangsstränge.
Nun wird in einer PCR Gen1 vervielfältigt, das einen Überhang mit Sequenzen von Gen2 (P1 und P2) hat, in einer anderen PCR wird Gen2 vervielfältigt, das einen Überhang mit Sequenzen von Gen1 hat. Über diese Sequenzen wird in einer dritten PCR fusioniert. In der dritten PCR binden also die durch die Überhänge nun teilweise komplementären Produkte aus den ersten beiden PCR aneinander und die Stränge werden vervollständigt.
Um diese Fusionssequenz nun gezielt zu vervielfältigen, werden die beiden flankierenden Primer (P1 und P4) benötigt.
Google dazu auch mal den Begriff "overlap-PCR".
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 12:38 Titel: |
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also das versteh ich irgendwie garnicht... warum müssen denn eigentlich die primer komplementär sein? und wieso haben auf einmal beide teilstränge des doppelstranges nach PCR1 roten enden? und warum einmal pfeil und einmal nicht?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:03 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | warum müssen denn eigentlich die primer komplementär sein? |
Damit die damit amplifizierten Stränge in der dritten PCR komplementär zueinander sind und aneinander binden.
benno67 hat Folgendes geschrieben: | und wieso haben auf einmal beide teilstränge des doppelstranges nach PCR1 roten enden? |
Aus dem gleichen Grund, aus dem auch in der zuletzt besprochenen Abbildung der entstandene Doppelstrang die farbigen Enden hatte.
benno67 hat Folgendes geschrieben: | und warum einmal pfeil und einmal nicht? |
Der Pfeil symbolisiert den Teil der Sequenz, der an der Matrize bindet.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:14 Titel: |
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ok. aber bei der PCR3 seh ich nicht durch....was verbindet sich denn da genau miteinander? und warum steht bei PCR1 P1+P2, bei PCR2 P3+P4,usw.? was soll das heißen?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:28 Titel: |
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benno67 hat Folgendes geschrieben: | ok. aber bei der PCR3 seh ich nicht durch....was verbindet sich denn da genau miteinander? |
Die beiden Stränge aus PCR1 und PCR2, die ja nun teilweise komplementär zueinander sind. In der Abbildung sieht das etwas komisch aus, da ist dem Ersteller wohl etwas verrutscht, ich habe dir das noch einmal deutlicher dargestellt, so dass nun auch die rote Sequenz sich an die rote anlagert und die blaue an die blaue. Ausserdem habe ich die Primer P1 und P4 an ihre entsprechenden Bindungsstellen gezeichnet.
benno67 hat Folgendes geschrieben: | und warum steht bei PCR1 P1+P2, bei PCR2 P3+P4,usw.? was soll das heißen? |
Das sind die Primer, die in der jeweiligen PCR verwendet werden.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:44 Titel: |
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ist das so gemeint, dass der obere teilstrang von PCR1 komplementär (also sozusagen gegenüber) an dem unteren Teilstrang von PCR 2 bindet (weil die roten sequenzen ja komplementär sind) und zwar so dass der rote pfeil an der roten sequenz vom unteren teilstrang von pcr2 bindet? und dann wird eben wieder mittel polymerase synthetisiert...
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:45 Titel: |
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Das gleiche gilt für die blau markierte Sequenz.
Auf dieser Grundlage müssten dir nun auch die fehlenden beiden Abbildungen klar sein, denn eigentlich ist das vom Prinzip immer dasselbe.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 13:57 Titel: |
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aber das mit P1 und P4 ist mir noch nicht so ganz einleuchtend... eigentlich hab ich doch schon einen startpunkt für die polymerase durch die komplementär gebundenen sequenzen warum müssen die primer dann noch genutzt werden?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 14:00 Titel: |
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Um die Fusionssequenz effizient zu amplifizieren.
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 14:07 Titel: |
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kann ich mir das dann so vorstellen, dass für den ersten zyklus der PCR 3 P1 und P4 nicht benutzt worden, sondern erst im zweiten zyklus? weil sonst sind doch die bindungsstellen für die primer (deine Abbildung) noch gar nicht vorhanden oder?
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg
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Verfasst am: 06. Nov 2011 14:12 Titel: |
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So kannst du es dir vorstellen.
Es ist sogar tatsächlich so, dass hier eine zweischrittige PCR durchgeführt wird. Die Schmelztemperatur der Primer wird in den ersten Zyklen so gewählt, dass die zueinander komplementären Stränge aus PCR1 und PCR2 möglichst gut aneinander binden (ich mache das dann so über 10-20 Zyklen). Im zweiten Schritt wird sie dann so gewählt, dass die flankierenden Primer möglichst gut binden (das sind bei mir dann immer so 20-30 Zyklen).
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benno67 Gast
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Verfasst am: 06. Nov 2011 14:16 Titel: |
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alles klar! dann hab ich das glaub ich jetzt verstanden! danke für deine hilfe und geduld!
dann versuch ich mich jetzt mal an den anderen abbildungen...wenn ich nicht weiterkomme dann meld ich mich einfach nochmal!
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