Gene

anne34 · Gast

Meine Frage:
Hallo! was sind paraloge und orthologe gene?

Meine Ideen:
Danke

Sherlock Holmes · Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7

Hi,

Paraloge Gene: Gruppe von Genen, welche eine hohe Übereinstimmung in ihrer Basensequenz zeigen (Genfamilie) und in ein und demselben Organismus vorkommen. Werden als in der Evolution zustande gekommene Vervielfältigungen eines einzelnen Urgens betrachtet

Orthogale Gene: Gene, welche in verschiedenen Organismen (z. B. Fliege, Maus) vorkommen und eine hohe Übereinstimmung ihrer Basensequenz aufweisen. Werden als Erbstücke eines gemeinsamen Vorfahren betrachtet.

Hoffe konnte helfen. Übrigens nette Idee Augenzwinkern

Gruss Holmes.

anne34 · Gast

was heißt hohe übereinstimmung? und ich versteh jeweils die zweiten sätzen bei deinen erklärungen nicht...

Sherlock Holmes · Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7

Ich erklärs mal noch einfacher:

Paraloge Gene: Das Verhältnis zwischen verdoppelten Genen.

Orthologe Gene: Das Verhältnis zwischen zwei Genen in verschiedenen Spezies, die eine gemeinsame Abstammung haben.

Besser?

anne34 · Gast

nee das versteh ich so gar nicht...

Sherlock Holmes · Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7

Was verstehst du denn nicht genau? Wie habt ihr das gelernt? Meinst du die Unterschiede zwischen den Begriffen?

anne34 · Gast

also gelernt haben wir das gar nicht. ich versteh das mit dem verhältnis und den erbstücken nicht

Sherlock Holmes · Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7

Hmm, da kann ich dir nicht weiter helfen. Ich kannte nur die Begriffe, was sie bedeuten.

Wenn ihr sowas nicht lernt, dann ist das auch nicht von belangen oder? Augenzwinkern

anne34 · Gast

na ich lese grad was und wurde das erwähnt und ich wolllte einfach gern wissen was ich darünter versteh.

Sherlock Holmes · Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7

Hab es dir beantwortet. smile

Das ist nämlich die Definition.

Hedera · Anmeldungsdatum: 08.03.2011 Beiträge: 657

Vergleicht man ein Gen a mit einem Gen b eines Organismus und findet eine hohe Übereinstimmung in den Sequenzen, so spricht man von paralogen Genen. Sie stammen vom selben Gen ab. Bzw. Gen b kann durch Genduplikation aus Gen a entstanden sein.

Vergleicht man nun ein Gen a eines Menschen und ein Gen b eines Rindes und findet eine hohe Übereinstimmung in der Sequenz, so wurden diese Gene sehr wahrscheinlich von einem Früheren Organismus vererbt, aus dem Mensch und Rind hervorgegangen sind. Hier spricht man von orthologen Genen.

anne34 · Gast

ah das versteh ich jetzt. jetzt hab ich noch ne frage. was versteh ich unter gene orthology inference?

Hedera · Anmeldungsdatum: 08.03.2011 Beiträge: 657

Intuitiv (ohne es genau zu wissen) würde ich sagen, dass es sich um Rückschüsse orthologer Gene handelt.

inference: Flogerung, Rückschlüsse

anne34 · Gast

ok und kennt sich vllt auch jemand mit baumabgleich aus? also phylogenetic tree-based approach?

anne34 · Gast

wirklich keine idee? habe noch ne andere frage: warum werden zur einteilung in genfamilien alignments (blast) genutzt? wie muss man sich das vorstellen?

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Hi,

Blast weist jedem Paar von Nukleotiden ein Wert zu je nach dem, ob die Base identisch ist oder ausgetauscht wurde. Wenn man gaps also eingefügte/verlorene Basen erlaubt gibt es auch bestimmte Punkte für das einfügen einer Gap bzw das Erweiteren dieser. Die Punkte für die Base können negativ oder positiv sein und werden nmittels einer Substitutionsmatrix ermittelt (gleiches gilt für Aminosäuzren in einem Protein). Die Punkte aller Paare eines Alignments werden zusammengezählt und bilden den Score. Ein hoger score einer Nukleotidsequenz weist auf viele identische Basen hin alsio ähnliche Sequenzen. Wenn es sich dann auch noch um Coding sequences also transkribierte Bereiche handelt ist auch die Primärsequenz des Proteins sehr ähnlich und damit seine Funktion.

Je ähnlicher eine Sequenz einer anderen ist desto näher sind die beiden verwendat. Macht man das mit der selben Sequenz unterschiedlicher tiere kann man auch etwas zum Verwandtschaftsgrad dieser sagen.

Blast nimmt man, um das Ganze nicht per Hand machen zu müssen.

LG Firelion

anne34 · Gast

aber was hat das mit der einteilung in genfamilien zu tun? wie muss ich mir das vorstellen?

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Gene einer Genfamilie haben oft ähnliche Funkktionen und sind sich daher auch in ihrer Sequenz sehr ähnlich d.h. beim Blasten hat das Erbgebnis einen hohen Score.

anne34 · Gast

aber ab welchem score oder evalue beginnt dann eine neue genfamilie? wonach geht man dabei?

anne34 · Gast

nagut noch was: ich will einen phylogenetischen baum erstellen. da such ich mir zuerst die homologen sequenzen raus mit blast. dann mach ich ein multiples sequenzalignment und stelle damit den baum auf. aber wie mache ich das mit dem multiplen alignment (likelihood) und daraus dann den baum?