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anne34 Gast
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Verfasst am: 12. Mai 2012 18:25 Titel: Gene |
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Meine Frage:
Hallo! was sind paraloge und orthologe gene?
Meine Ideen:
Danke |
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Sherlock Holmes
Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7
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Verfasst am: 12. Mai 2012 19:49 Titel: |
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Hi,
Paraloge Gene: Gruppe von Genen, welche eine hohe Übereinstimmung in ihrer Basensequenz zeigen (Genfamilie) und in ein und demselben Organismus vorkommen. Werden als in der Evolution zustande gekommene Vervielfältigungen eines einzelnen Urgens betrachtet
Orthogale Gene: Gene, welche in verschiedenen Organismen (z. B. Fliege, Maus) vorkommen und eine hohe Übereinstimmung ihrer Basensequenz aufweisen. Werden als Erbstücke eines gemeinsamen Vorfahren betrachtet.
Hoffe konnte helfen. Übrigens nette Idee
Gruss Holmes. |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 12. Mai 2012 19:54 Titel: |
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was heißt hohe übereinstimmung? und ich versteh jeweils die zweiten sätzen bei deinen erklärungen nicht... |
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Sherlock Holmes
Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7
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Verfasst am: 12. Mai 2012 19:58 Titel: |
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Ich erklärs mal noch einfacher:
Paraloge Gene: Das Verhältnis zwischen verdoppelten Genen.
Orthologe Gene: Das Verhältnis zwischen zwei Genen in verschiedenen Spezies, die eine gemeinsame Abstammung haben.
Besser? |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 12. Mai 2012 19:59 Titel: |
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nee das versteh ich so gar nicht... |
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Sherlock Holmes
Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7
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Verfasst am: 12. Mai 2012 20:01 Titel: |
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Was verstehst du denn nicht genau? Wie habt ihr das gelernt? Meinst du die Unterschiede zwischen den Begriffen? |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 12. Mai 2012 20:06 Titel: |
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also gelernt haben wir das gar nicht. ich versteh das mit dem verhältnis und den erbstücken nicht |
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Sherlock Holmes
Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7
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Verfasst am: 12. Mai 2012 20:19 Titel: |
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Hmm, da kann ich dir nicht weiter helfen. Ich kannte nur die Begriffe, was sie bedeuten.
Wenn ihr sowas nicht lernt, dann ist das auch nicht von belangen oder? |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 12. Mai 2012 20:37 Titel: |
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na ich lese grad was und wurde das erwähnt und ich wolllte einfach gern wissen was ich darünter versteh. |
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Sherlock Holmes
Anmeldungsdatum: 22.04.2012 Beiträge: 7
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Verfasst am: 12. Mai 2012 23:05 Titel: |
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Hab es dir beantwortet.
Das ist nämlich die Definition. |
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Hedera
Anmeldungsdatum: 08.03.2011 Beiträge: 657
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Verfasst am: 13. Mai 2012 00:07 Titel: |
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Vergleicht man ein Gen a mit einem Gen b eines Organismus und findet eine hohe Übereinstimmung in den Sequenzen, so spricht man von paralogen Genen. Sie stammen vom selben Gen ab. Bzw. Gen b kann durch Genduplikation aus Gen a entstanden sein.
Vergleicht man nun ein Gen a eines Menschen und ein Gen b eines Rindes und findet eine hohe Übereinstimmung in der Sequenz, so wurden diese Gene sehr wahrscheinlich von einem Früheren Organismus vererbt, aus dem Mensch und Rind hervorgegangen sind. Hier spricht man von orthologen Genen. |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 13. Mai 2012 12:29 Titel: |
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ah das versteh ich jetzt. jetzt hab ich noch ne frage. was versteh ich unter gene orthology inference? |
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Hedera
Anmeldungsdatum: 08.03.2011 Beiträge: 657
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Verfasst am: 13. Mai 2012 13:17 Titel: |
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Intuitiv (ohne es genau zu wissen) würde ich sagen, dass es sich um Rückschüsse orthologer Gene handelt.
inference: Flogerung, Rückschlüsse |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 13. Mai 2012 20:15 Titel: |
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ok und kennt sich vllt auch jemand mit baumabgleich aus? also phylogenetic tree-based approach? |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 14. Mai 2012 17:39 Titel: |
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wirklich keine idee? habe noch ne andere frage: warum werden zur einteilung in genfamilien alignments (blast) genutzt? wie muss man sich das vorstellen? |
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Firelion
Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878
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Verfasst am: 14. Mai 2012 18:00 Titel: |
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Hi,
Blast weist jedem Paar von Nukleotiden ein Wert zu je nach dem, ob die Base identisch ist oder ausgetauscht wurde. Wenn man gaps also eingefügte/verlorene Basen erlaubt gibt es auch bestimmte Punkte für das einfügen einer Gap bzw das Erweiteren dieser. Die Punkte für die Base können negativ oder positiv sein und werden nmittels einer Substitutionsmatrix ermittelt (gleiches gilt für Aminosäuzren in einem Protein). Die Punkte aller Paare eines Alignments werden zusammengezählt und bilden den Score. Ein hoger score einer Nukleotidsequenz weist auf viele identische Basen hin alsio ähnliche Sequenzen. Wenn es sich dann auch noch um Coding sequences also transkribierte Bereiche handelt ist auch die Primärsequenz des Proteins sehr ähnlich und damit seine Funktion.
Je ähnlicher eine Sequenz einer anderen ist desto näher sind die beiden verwendat. Macht man das mit der selben Sequenz unterschiedlicher tiere kann man auch etwas zum Verwandtschaftsgrad dieser sagen.
Blast nimmt man, um das Ganze nicht per Hand machen zu müssen.
LG Firelion _________________ It is well known that a vital ingredient of success is not knowing that what you’re attempting can’t be done - Terry Pratchett |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 14. Mai 2012 18:07 Titel: |
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aber was hat das mit der einteilung in genfamilien zu tun? wie muss ich mir das vorstellen? |
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Firelion
Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878
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Verfasst am: 14. Mai 2012 18:13 Titel: |
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Gene einer Genfamilie haben oft ähnliche Funkktionen und sind sich daher auch in ihrer Sequenz sehr ähnlich d.h. beim Blasten hat das Erbgebnis einen hohen Score. _________________ It is well known that a vital ingredient of success is not knowing that what you’re attempting can’t be done - Terry Pratchett |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 14. Mai 2012 18:15 Titel: |
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aber ab welchem score oder evalue beginnt dann eine neue genfamilie? wonach geht man dabei? |
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anne34 Gast
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Verfasst am: 15. Mai 2012 16:39 Titel: |
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nagut noch was: ich will einen phylogenetischen baum erstellen. da such ich mir zuerst die homologen sequenzen raus mit blast. dann mach ich ein multiples sequenzalignment und stelle damit den baum auf. aber wie mache ich das mit dem multiplen alignment (likelihood) und daraus dann den baum? |
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