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sofiaiosifidou
Anmeldungsdatum: 28.01.2017
Beiträge: 4
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 Verfasst am: 28. Jan 2017 13:29 Titel: Klenow Fragment |
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Hallo,
hat jemand vielleicht eine Idee ??
Welche beiden Funktionen hat das Klenov-Fragment (C-terminales Fragment der DNA-Polymerase I)? Was würde passieren, wenn die Natur statt der DNA-Polymerase I nur das Klenov-Fragment benutzen würde? Warum wäre das schlecht? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 02. Feb 2017 10:48 Titel: Re: Klenow Fragment |
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| sofiaiosifidou hat Folgendes geschrieben: | | Welche beiden Funktionen hat das Klenov-Fragment (C-terminales Fragment der DNA-Polymerase I)? |
Das denke ich kannst du relativ einfach bei Wikipedia oder so nachlesen. Wenn du allerdings nicht weißt, was die Aktivitäten bedeuten, so sind wir hier gerne bereit, dir bei dem Erlangen des Verständnisses zu helfen...
| sofiaiosifidou hat Folgendes geschrieben: | | Was würde passieren, wenn die Natur statt der DNA-Polymerase I nur das Klenov-Fragment benutzen würde? Warum wäre das schlecht? |
Lass uns erst mal bei der ersten Frage weitermachen, vielleicht kannst du noch kurz erwähnen, welche Funktionen die ganze DNA-Pol aus E. coli sonst noch hat und welche dem Klenow-Fragment dementsprechend fehlt...
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RNA?- just another nucleic acid? |
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sofiaiosifidou
Anmeldungsdatum: 28.01.2017
Beiträge: 4
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| Verfasst am: 02. Feb 2017 15:31 Titel: |
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Hallo,
danke für Ihre Antwort 
Also, das Klenow Fragmen hat die 3'-5' Exonuclease Aktivität der DNA Polymerase I und die 5'-3' Polymerase Aktivität der DNA Polymerase I. Das Klenow Fragment hat nicht die 5'-3' Exonuclease Aktivität der DNA Polymerase I. Ich weiß nicht genau, was die '5-3' Exonuclease Aktivität ist. Spielt sie vielleicht eine Rolle bei der Entfernung der Start-Primer Nukleotide während der DNA Replikation ? Und ich weiß auch nicht, wie das Proofreading genau abläuft. |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 02. Feb 2017 16:21 Titel: |
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Ich gehe im Folgenden davon aus, dass du die Lese- und Syntheserichtungen der Polymerase kennst, dass du also weisst, was "3'" und "5'" bedeutet.
| sofiaiosifidou hat Folgendes geschrieben: | | Also, das Klenow Fragmen hat die 3'-5' Exonuclease Aktivität der DNA Polymerase I und die 5'-3' Polymerase Aktivität der DNA Polymerase I. Das Klenow Fragment hat nicht die 5'-3' Exonuclease Aktivität der DNA Polymerase I. |
Genau richtig.
| sofiaiosifidou hat Folgendes geschrieben: | | Und ich weiß auch nicht, wie das Proofreading genau abläuft. |
Wenn ein falsches Nukleotid eingebaut wird, muss dieses wieder entfernt und gegen das richtige ausgetauscht werden. Das Problem ist allerdings, dass das falsche Nukleotid ja schon eingebaut ist, bevor es ausgetauscht werden kann. Dazu muss das entsprechende Nukleotid dann halt wieder "abgeschnitten" werden. Da der neu synthetisierte Strang in 5'-3'-Richtung verläuft (am 3'-Ende sich also das neu eingefügte Nukleotid befindet), muss von 3' nach 5' ein Nukleotid entfernt werden. Diese Reaktion wird von der 3'-5'-Exonuklease katalysiert. Was würde es nützen, wenn die Polymerase ein falsch eingebautes Nukleotid "erkennen", es aber nicht austauschen könnte?
| sofiaiosifidou hat Folgendes geschrieben: | | Ich weiß nicht genau, was die '5-3' Exonuclease Aktivität ist. Spielt sie vielleicht eine Rolle bei der Entfernung der Start-Primer Nukleotide während der DNA Replikation ? |
Genau richtig, die Primer müssen weg, da sie ja RNA- und keine DNA-Moleküle sind. Das macht dann die '5-3' Exonuclease. Dann wird das Stück, an das der Primer gebunden hat, neu synthetisiert (diesmal aus DNA-Nukleotiden) und eine Ligase fügt dieses Stück dann an den bestehenden Strang an.
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sofiaiosifidou
Anmeldungsdatum: 28.01.2017
Beiträge: 4
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| Verfasst am: 06. Feb 2017 11:57 Titel: |
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Viele vielen Dank Ich habe noch eine Frage: Ist die Entfernung von RNA-Primer die einzige Funktion der 5'-3' Exonuclease ? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 06. Feb 2017 13:58 Titel: |
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Das ist zumindest die einzige Funktion, die mir in vivo einfällt. Aber sie kann auch DNA verdauen (zur Erinnerung: Der Doppelstrang, an dem die Primer gebunden sind, ist ein RNA-DNA-Hybridstrang). Genau deswegen will man diese Funktion auch nicht bei der PCR haben und hat die 5'-3'-Exonukleasefunktion zerstört, um das Klenow-Frgment zu erhalten (Denn sonst würde sie ja auch den durch die PCR generierten Doppelstrang vom 5'-Ende her abbauen..)
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sofiaiosifidou
Anmeldungsdatum: 28.01.2017
Beiträge: 4
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| Verfasst am: 07. Feb 2017 01:12 Titel: |
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vielen Dank |
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