Pathway-Analyse

cajo · Anmeldungsdatum: 26.10.2008 Beiträge: 162

Hallo Zusammen,

kann mir jemand erklären wie eine Pathway-Analyse funktioniert? Der experimentelle Teil eines Microarrays ist mir klar, aber kann ich mir das vorstellen, wie aus dieser unglaublichen Datenmenge aktivierte bzw. deaktiverte Pathways (verglichen zwischen zwei Konditionen wie z.B.: behandelt vs. unbehandelt) "rausgefiltert" werden?

Danke im Voraus!
cajo

P.S.: Bin auch über hilfreiche Links dankbar, da ich nichts passendes gefunden habe...
Hilfe

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Ist das noch aktuell?

cajo · Anmeldungsdatum: 26.10.2008 Beiträge: 162

Ja, danke der Nachfrage. Freue mich über eine Antwort.

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Das läuft meistens über Datenbanken, die erstellt worden sind. Am Anfang ist natürlich die Entdeckung einer Signalweg-Aktivierung nach Exposition mit einem gewissen Reiz. Dann findet die eine Arbeitsgruppe heraus, dass in ihrem experimentellen Setting Signalweg 1 aktiviert wird und eine andere Arbeitsgruppe stößt auf Signalweg 2. Oder verschiedene Arbeitsgruppen treffen innerhalb eines Signalweges auf verschiedene Zweige desselben oder auf verschiedene über diese Signalwege bezüglich ihrer Expression regulierte Gene. Oder auf einen Transkriptionsfaktor, der verscheidene Gene reguliert oder, oder, oder....
So wurden einst auf "konventionellem Weg" auf der Grundlage vieler Einzeldaten Zusammenhänge sichtbar, die dann in Datenbanken zusammengefasst wurden.
Wenn ich nun in einem Microarray sehe, dass gewisse Gene in ihrer Expression zunehmen, kann ich mit gewissen Programmen auf diese Datenbanken zugreifen und mir ansehen, welche Genprodukte mit welchen anderen interagieren oder in demselben Signalweg irgendwie anders korrellieren und daraus Rückschlüsse ziehen, welche Signalwege durch meine Behandlung genutzt werden.

Wenn ich einfach so einen Microarray mache und mir das Expressionsprofil anschaue, kann ich sagen, dass diese oder jene Gene nun herauf- oder herunterreguliert werden. Postuliere ich allerdings einen bestimmten Signalweg, der mir womöglich unbekannt ist, müsste ich wieder ein paar Schritte zurück gehen und mir jedes Kandidatengen bzw. dessen Produkt genauer anschauen und könnte dann auch so die verschiedenen Produkte in Signalwege zusammenfassen.
Man muss sich klarmachen, dass man nicht der einzige ist, der soetwas erarbeitet und dass die gewaltigen, über jahrzehnte gesammelten Datenmengen nutzbar sein müssen, um gewisse Dinge zu erfahren.

Eiens dieser programme wäre z.B. GEPAT der Uni Regensburg:

https://epub.uni-regensburg.de/34108/