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PBS und Interphase
 
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wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 18. Jul 2007 11:53    Titel: PBS und Interphase Antworten mit Zitat

Hallo, ich hoffe auf Eure Hilfe und Anmerkungen, Korrekturen etc.

Will mal in einfachen Worten (Fachvokabular muss ich mir noch aneignen) die PBS und ident. DNS-Verdopplung erklären.

Proteinbiosynthese.

Die PBS dient der Herstellung von Eiweißen.

Der DNA-Strang wird zu diesem Zwecke enzymatisch an einer bestimmten Stelle im Reißverschlussverfahren geöffnet. Beim Promotor (Start-Codon) beginnt nun die Transkription (Abschreibung) der Basenfolge. Es wird also komplementär vom Codestrang zum codogenen Strang hin abgelesen, wobei Adenin komplementär zu Thymin (dann Uracil) und Cytosin zu Guanin liegt. Dies geschieht bis zur Stelle des Terminators, des Stop-Codons.

Während der Transkription werden sog. Intons (Datenmüll) aussortiert und Extrons beibehalten.

Die entstandene t-RNA bekommt ein Kapping, damit später erkennbar ist, dass die RNA echt ist, zieht nun aus dem Zellkern durch das endoplasmatische Reticulum hinaus in die Mitochondrien, auch Kraftwerk der Zelle genannt. Dort liegt die t-RNA mit jeweils zwei Tripletts in einer Blase (kann mir das wer richtig erläutern, was das genau ist?) und wartet auf die im Zytoplasma vorhandenen Anticodone. Diese docken an den t-RNA-Molekülen an. Jedes Anticodon bringt eine Aminosäure mit, die sich dann aneinanderreihen und durch eine Peptidbindung verknüpft werden und aus dem Ribosomen als Peptidkette hinausziehen. Diesen Vorgang nennt man Translation.

Ist das ausreichend zur PBS?

____

Die Replikation der DNS (Desoxyrinukleinsäure)

Die DNA ist ein unverzweigtes Fadenmolekül. Es besteht aus zwei Holmen (Zucker und Phosporsäure) und vier Basen (Adenin, Thymin, Guanin, Cytosin), die durch Wasserstoffbrückenbindungen miteinander verbunden sind. In der Tertiärstruktur sieht man dieses Gerüst als eine an einer gedachten Längsachse in sich windendende Leiter. (Boah, geht das noch besser?) Dies ist die Arbeitsform der DNA, auch Chromatin genannt. Es gibt auch noch die Transportform. HIerbei verkürzt sich die DNA soweit, dass Chromosmen sichtbar werden.

Die identische Verdopplung der DNA findet vor jeder MItose und jeder Meiose statt. Der DNA-Strang wird enzymatisch an den Wasserstoffbrückenbindungen (schwächste Bindestellen der DNA) getrennt und an jeden alten DNA-Strang gleiten passende Basen. Es wird von 3' in 5' Richtung abgelesen. Es entstehen zwei neue DNA-Stränge, jeweils bestehend aus einem alten und neuen Strang. Semikonservativ genannt.

Im Zellkern existieren nun für kurze Zeit 46 zweichromatide Chromosmen.




Freu mich auf Feedback. Danke.
Tjamke



Anmeldungsdatum: 17.09.2006
Beiträge: 201

BeitragVerfasst am: 18. Jul 2007 12:59    Titel: Re: PBS und Interphase Antworten mit Zitat

wilson hat Folgendes geschrieben:

Die entstandene t-RNA bekommt ein Kapping, damit später erkennbar ist, dass die RNA echt ist, zieht nun aus dem Zellkern durch das endoplasmatische Reticulum hinaus in die Mitochondrien, auch Kraftwerk der Zelle genannt.


Ganz kurz, hab grad keine Zeit mehr: Die t-RNA geht NICHT zu den Mitochondrien, sondern zu den Ribosomen! Das ist ganz wichtig!

lg tjamke
chefin
Organisator


Anmeldungsdatum: 28.04.2004
Beiträge: 1551
Wohnort: Oberhausen

BeitragVerfasst am: 18. Jul 2007 13:37    Titel: Antworten mit Zitat

Hallo Wilson, da sind jede Menge böser Fehler drin. Schau mal auf meiner Lieblingsseite nach: www.biokurs.de und hier: http://ntbiouser.unibe.ch/trachsel/teaching/MBVorl/MBvorl.htm#Einleitung
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wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 18. Jul 2007 14:26    Titel: Antworten mit Zitat

chefin hat Folgendes geschrieben:
Hallo Wilson, da sind jede Menge böser Fehler drin. Schau mal auf meiner Lieblingsseite nach: www.biokurs.de und hier: http://ntbiouser.unibe.ch/trachsel/teaching/MBVorl/MBvorl.htm#Einleitung


Danke für die Links, Chefin. Smile

Vom Grundsatz her sehe ich jetzt keinen Unterschied zu dem, was dort steht. Liegen diese bösen Fehler in den einzelnen Fachbegriffen oder meinst du die Vorgänge an sich?
croscha



Anmeldungsdatum: 28.01.2007
Beiträge: 72

BeitragVerfasst am: 19. Jul 2007 07:43    Titel: Antworten mit Zitat

hi,
chefin meint wahrscheinlich sowohl als auch, du solltest definitiv noch mal alles nachlesen!
das capping ist zum beispiel nicht dafür da,damit erkennbar ist das die mRNA echt ist sondern schützt die mRNA vor dem direkten wiederabbau und das cap ist für die Einleitung der Translation wichtig.
und extrons sind EXONS.
die DNA wird auch nicht im Reisverschlussverfahren geöffnet sondern der Doppelstrang wird lokal entwunden.
Der Promotor ist nicht das Startcodon sondern liegt davor usw.
es ist wirkich nicht gearade wenig ich schlage vor du liesst alles noch mal nach und überarbeitest das ganze und dann stellst du es wieder hier rein und wir geben dir tipps zum verbessern.

have fun
croscha

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Tjamke



Anmeldungsdatum: 17.09.2006
Beiträge: 201

BeitragVerfasst am: 19. Jul 2007 09:33    Titel: Antworten mit Zitat

croscha hat Folgendes geschrieben:

...und extrons sind EXONS...


und die intons sind INTRONS, wenn man schon dabei ist...Augenzwinkern

Welche Klasse bist du denn? Weil wir habens am Anfang auch nicht SO genau gelernt. Da haben wir zB auch nur von "Reißverschluss" gesprochen.

lg tjamke
croscha



Anmeldungsdatum: 28.01.2007
Beiträge: 72

BeitragVerfasst am: 19. Jul 2007 12:14    Titel: Antworten mit Zitat

kleiner unterschied^^
bei den Intons bin ich von einem Schreibfehler ausgegangen

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chefin
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Anmeldungsdatum: 28.04.2004
Beiträge: 1551
Wohnort: Oberhausen

BeitragVerfasst am: 19. Jul 2007 17:40    Titel: Antworten mit Zitat

croscha hat Recht: es sind zu viele Fehler und Ungenauigkeiten. Nur zwei Beispiele:
Zitat:
Es wird also komplementär vom Codestrang zum codogenen Strang hin abgelesen,

Was soll das heißen? Was ist der Codestrang? Ist er ein Anfang?
Ist dann der codogene Strang das Ende?
Der Satz ergibt überhaupt keinen Sinn. Er ist damit auch bestimmt nicht richtig!
Die Introns sind auch kein Datenmüll, sondern besitzen nur für das gerade gewünschte Protein keine benötigte Information. In anderem Zusammenhang (z.B. bei dem Aufbau der Antikörper) sorgen sie für hohe Variablilität. Auch in der Regulation von Genen können sie eine wichtige Rolle spielen.
So geht das weiter mit den Fehlern und Ungenauigkeiten, der falschen Wortwahl, die dazu führt, dass der Gesamtzusammenhang eben nicht richtig ist.
Du musst hier differenzieren zwischen falsch und nicht richtig.

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Tjamke



Anmeldungsdatum: 17.09.2006
Beiträge: 201

BeitragVerfasst am: 20. Jul 2007 10:09    Titel: Antworten mit Zitat

Ja, ich weiß schon, aber wie gesagt, sowas wie "wie eine Reißverschluss geöffnet", ist halt weniger anspruchsvoll. Darum meine Frage, welche Klasse wilson ist. Und dann könnt ich nämlich auch nachvollziehen, warum er es als "Datenmüll" bezeichnet.
Aber da werden wir eh nicht weiter kommen, wenn wilson nichts mehr schreibt..

lg tjamke
chefin
Organisator


Anmeldungsdatum: 28.04.2004
Beiträge: 1551
Wohnort: Oberhausen

BeitragVerfasst am: 20. Jul 2007 13:27    Titel: Antworten mit Zitat

Von den Themen her klingt das nach Oberstufe: Abiturrundschlag Aber du hast recht, wenn Wilson sich nicht mehr meldet, erfahren wir es nicht.
Hier aber noch einmal ausdrücklich folgendes: Wilson, deine Kenntnisse sind gering. Aber du hast dich hier angemeldet, weil du beim Lernen bist. Lass dich nur nicht entmutigen. Es gibt eine Reihe hervorragender Seiten im Internet, die die Inhalte sehr gut aufarbeiten. Einige habe ich hier schon genannt, andere finde ich, angeregt durch Fragen und Beiträge, fast täglich neu.
Also billiger, schneller und (wenn man manche Lehrermoral betrachtet) für Schüler gefahrloser kann man sich beim Auffüllen seiner Lücken nicht helfen lassen.

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wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 21. Jul 2007 20:45    Titel: Antworten mit Zitat

Hey, danke für Eure Antworten. Es ist nicht so, dass ich nicht antworten wollte, sondern ich bin halt zwischendrin gut beschäftigt und will mich den Sommer über entspannt ein bisschen biofit machen, da ich die letzten Jahre nicht wirklich dabei war. Mir genügen Grundkurskenntnisse, bin aber nicht abgeneigt, auch einfach etwas intensiver Bescheid zu wissen.

Ich habe mich nochmal mit der PBS beschäftigt und schreibe nochmal auf, wie ich die Sache jetzt verstanden habe.

Die PBS dient dem Aufbau von Eiweißen. Die Proteine werden in zwei Phasen zusammengebaut.

Zunächst gibt es die Transkription. Dies ist die Überschreibung der DNS-Informationsabschnitte, sprich Gene, in die m-RNS. Die RNS ist immer einsträngig und enthält Ribose.

Die Synthese erfolgt durch Basenpaarung (genauso wie bei der DNA Reduplikation), allerdings wird hierbei nur ein DNS-Strang als Matritze benutzt. Diesen nennt man codogenen Strang der DNS. Der Vorgang der Abschreibung wird durch das Enzym Transkriptase ("Reißverschluss") bewirkt. Es spaltet den DNA-Strang immer an den Promoter-Genen (Start) und fährt bis zu den Terminator-Genen (Stop). Der DNA-Strang löst sich kurze Zeit voneinander. Hierbei öffnen sich die Wasserstoffbrückenverbindungen und machen eine Anfertigung der m-RNA-Kopie möglich. Dies geschieht immer von 3' in 5' Richtung. Introns werden bei der Abschreibung entsprechend aussortiert. Frage: Ist die Richtung auf den codogenen oder Codestrang bezogen? Danach schließt sich die DNA wieder. Die entstandene einsträngige m-RNA trägt die Information zur Synthese eines Proteins.

Sie wandert nun aus den Kernporen hinaus aus dem Kern zu den Ribosomen. Hier erfolgt der zweite Schritt, die Translation. DAbei wird die m-RNS-Information in die Aminosäure-Abfolge des Polypeptids übersetzt.

Im Cytoplasma befinden sich t-RNA-Moleküle. Sie transportieren bestimmte Aminosäuren. Pro Ribosom finden zwei beladene t-RNA-Moleküle Platz. Es findet nun die Verknüpfung der passenden Codone mit den Anticodonen statt. Die m-RNA zieht am Ribosomen entlang, während zwei komplementäre t-RNA-Moleküle in den Ribosomen liegen, die sich mit den Codonen der m-RNA verknüpfen. Diese Anticodone transportieren die Aminosäuren, die sich nun durch eine Peptidbindung aneinanderketten. Es fallen nun beide beladene Anticodone wieder ins Plasma zurück und die folgenden passenden t-RNA-Moleküle (immer zwei) ziehen in das Ribosomen auf, während die m-RNA entsprechend auch weiterrückt. Jedes Codon verbindet sich mit seinem Anticodon, die Aminosäurenkette wächst. Wenn die m-RNA durch die Ribosomen gewandert ist, zerfällt sie in ihre Kernbausteine. Diese sind dann für eine neue m-RNA oder zur Verdopplung der DNA verwendbar.

Nochmal eine andere Frage: An welchen Strang hängen sich mehrere Peptide (?), damit diese länger hält? Irgendwas hatte ich gelesen. Und: Das Kapping ist mir noch nicht wirklich klar in diesem Zusammenhang. Beweist diese "Kappe" nicht eigentlich, dass der "TRanslater" weiß, dass da keine Schmuggel-m-RNA anzwitschert?




Nochmal Lust zu guggn?

Danke.
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3551
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 03:29    Titel: Antworten mit Zitat

elementum
Ehrenmitglied


Anmeldungsdatum: 30.04.2006
Beiträge: 485
Wohnort: HD

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 13:11    Titel: Antworten mit Zitat

sind immernoch ein paar fehler drin, wie PaGe auch schon angedeutet bzw verbessert hat.

hier aber nochmal ein paar kleinigkeiten, die er vergessen oder übersehen hat:

- mRNA ist zwar immer einsträngig, jedoch ist es falsch zu behaupten, dass RNA ansich immer einsträngig wäre, da es ein paar doppelsträngige npcRNAs gibt.

- es heist (wie PaGe schon sagte) "DNA-Replikation"

- Transkriptase ist ein überbegriff für enzyme, welche RNA in DNA bzw. DNA in RNA umschreibene können. die genaue bezeichnung (welche ich in diesem fall auch verwenden würde) ist "RNA-Polymerase".

- man spricht bei promotor (mit "o", nicht mit "e" Augenzwinkern ) und terminator nicht von "genen", sie sind nur "bestandteil" eines gens (eigentlich sitzen sie nur außenrum, und nicht "im" gen selbst), also bestimmte sequenzen. außerdem solltest du mMn (da du anscheinend die PBS bei eukarioten ansprichst) noch ein wenig mehr auf die bindung des promotors mit den transkriptionsfaktoren (proteine, die der eukariotischen RNA-Polymerase helfen, an den promotor zu binden und die transkription einzuleiten) zu sprechen kommen

- die richtung 3' zu 5' ist auf den matrizenstrang bezogen. hierzu ne kleine lernhilfe: nukleotide können immer nur ans 3'-ende eines anderen nukleotids "angeheftet" werden. das 5'-Ende ist sozusagen "besetzt" durch den am nukleotid hängenden phosphatrest (bitte jetzt nicht über die formulierung aufregen^^ soll nur eine eselsbrücke sein). dies führt dazu, dass der zu codierende strang IMMER von 5' zu 3'-Richtung synthetisiert werden muss! (falls du die logik nicht verstehst informier dich einfach über "antiparallelität")

- das "aussortieren der introns" nennt man splicing. außerdem ist das in deinem text nicht ganz korrekt dargelegt. es wird erst die gesammte, sogenannte präRNA gebildet. diese "schwebt" im zellkern herum und wird dort prozessiert. zum processing gehört das splicing (herausschneiden der introns), das anhängen eines poly-A schwanzes an das 3' ende und das capping am 5'-ende, wobei ein modifizierter Guaninnukleotid "aufgesetzt" wird.

- die transkription bittenochmal genau betrachten. es sind unten einige fehler drin und es klingt irgendwie etwas schwammig und daher ungenau. und vll solltest du nur kurz darauf eingehen, dass ein anticodon aus einem basentripplet besteht =)

so, ich hoffe ich konnte hier noch ein wenig mehr klären.

MfG,
elementum

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"Allwissend bin ich nicht; doch viel ist mir bewusst" (Faust, V.1582)
chefin
Organisator


Anmeldungsdatum: 28.04.2004
Beiträge: 1551
Wohnort: Oberhausen

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 13:22    Titel: Antworten mit Zitat

Na, so ganz komme ich mit den Kommentaaren von PaGe nicht zurecht, werde mich da auch erst einmal bedeckt halten.
wilson, du hast offensichtlich mit dem komplementären Strang Probleme. Du kannst mich mal anschreiben, dann schick ich dir eine Abbildung zumindest zur Richtung bei der DNA.
Die Introns werden nicht während der Transkription entfernt, sondern das Splicing ist ein gesonderter Prozess. (kommt auch nur bei den Eukaryoten vor)
Aber Kompliment, schon viel besser, wenn auch noch nicht perfekt. Thumbs up!

_________________
Wissen ist Macht, Nichtwissen macht machtlos
wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 16:32    Titel: Antworten mit Zitat

PaGe hat Folgendes geschrieben:
Man nennt es normalerweise Replikation)[/color]), allerdings wird hierbei nur ein DNS-Strang als Matritze benutzt. Diesen nennt man codogenen Strang der DNS (Der andere, komplementäre Strang heißt codierender Strang. Kannst du erklären, weshalb er so heißt?).


Er heißt so, weil die DNA-Polymerase von diesem Strang die Basensequenzen abliest. Die Basensequenzen sind identisch mit den Basensequenzen der sich aufbauenden m-RNA.

PaGe hat Folgendes geschrieben:

Dies (Was meinst du mit dies? Beschreibe es noch einmal genauer.)


Das Ablesen der Basensequenzen erfolgt von 3' in 5' Richtung.

PaGe hat Folgendes geschrieben:

Die RNA-Polymerase läuft auf dem codogenen Strang vom 3' zum 5'-Ende. Welche Orientierung hat daher der wachsende mRNA-Strang?[/color]


Der wachsende m-RNA-Strang hat demnach die Orientierung von 5' nach 3' Ende.

PaGe hat Folgendes geschrieben:
Die m-RNA zieht am Ribosomen entlang, während zwei t-RNA-Moleküle in den Ribosomen liegen, [color=darkred]deren Anti-Codons komplementär zu den Codons der m-RNA sind (War sprachlich nicht astrein).


Im Ribosom lagert sich an jedes Codon der m-RNS eine kurzkettige t-RNS, die eine spezifische Aminosäure mitbringt, mit ihrem Anticodon, das wiederum ein zum Codon komplementäres Triplet mitbringt.

Im Ribosomen haben gleichzeitig zwei Triplets nebeneinander Platz. Dadurch wird der Kontakt zwischen den an der t-RNS hängenden AS hergestellt. Es kann dann die Peptidbindung geschlossen werden.

Die nun unbeladene t-RNS löst sich aus dem Ribosom und macht Platz für die nächste Kopplung mit der um ein Triplet weitergerückten m-RNS.

PaGe hat Folgendes geschrieben:
Im letzten Satz ist aber ein grober Schnitzer. Weißt du was ich meine?


Ja, die Verdopplung der DNA ist natürlich Megaunsinn. Die verdoppelt sich ja aus sich heraus.

PaGe hat Folgendes geschrieben:

Bei den Eukaryonten (und nur bei denen!) wird an den Anfang der mRNA eine Kappe gehängt. Diese schützt die mRNA vor einem Verdau von dieser Seite. Die Ribosomen stört das nicht, weil... Das wirst du sicherlich beantworten können, wenn du den Aufbau einer mRNA dir angeschaut hast.


Versteh ich jetzt ehrlich gesacht nich, worauf du hinauswillst.





Erstmal danke PaGe. Superarbeit. Danke auch für den Link.
wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 16:42    Titel: Antworten mit Zitat

Hi Elementum, danke für deinen Einblick.

elementum hat Folgendes geschrieben:

- die richtung 3' zu 5' ist auf den matrizenstrang bezogen. hierzu ne kleine lernhilfe: nukleotide können immer nur ans 3'-ende eines anderen nukleotids "angeheftet" werden. das 5'-Ende ist sozusagen "besetzt" durch den am nukleotid hängenden phosphatrest (bitte jetzt nicht über die formulierung aufregen^^ soll nur eine eselsbrücke sein). dies führt dazu, dass der zu codierende strang IMMER von 5' zu 3'-Richtung synthetisiert werden muss! (falls du die logik nicht verstehst informier dich einfach über "antiparallelität")


Naja, die Logik will ich halt schon intus haben. Ist es folgendermaßen, mal ganz auf unterstem Niveau erklärt?

Die DNA ist zweisträngig. Beide Stränge verlaufen antiparallel. Dort wo der eine Strang mit dem Zucker (3') endet, endet der (mal zweidimensional betrachtet) andere Strang nebenan mit der Phosphorsäure bzw. dem Phosphat (5').

Wird nun wie bei der PBS der codogene Strang abgelesen, so liest die Polymerase den codogenen Strang vom Zucker (3') hin zum Phosphatende (5'). Betrachtet man die sich aufbauende m-RNA, so baut sich diese genau umgekehrt von 5' Richtung 3' auf.

Zitat:

- das "aussortieren der introns" nennt man splicing. außerdem ist das in deinem text nicht ganz korrekt dargelegt. es wird erst die gesammte, sogenannte präRNA gebildet. diese "schwebt" im zellkern herum und wird dort prozessiert. zum processing gehört das splicing (herausschneiden der introns), das anhängen eines poly-A schwanzes an das 3' ende und das capping am 5'-ende, wobei ein modifizierter Guaninnukleotid "aufgesetzt" wird.


Jepp, super zu wissen. Das Splicing also erst, wenn sich die m-RNA im Zellkern bewegt, um später fertig aus den Kernporen ins Cytoplasma zu wandern, wo die Translation wartet.

Zitat:

- die transkription bittenochmal genau betrachten. es sind unten einige fehler drin und es klingt irgendwie etwas schwammig und daher ungenau. und vll solltest du nur kurz darauf eingehen, dass ein anticodon aus einem basentripplet besteht =)


Ja, etwas schwammig, mir fehlen einfach diverse Fachbegriffe, muss ich nochmal reinpauken.

Das Anticodon besteht aus einem Basentriplet. Ein beladenes (es gibt ja auch unbeladene) Anticodon, das später komplementär an das Codon der m-RNA andockt, bringt sozusagen die Aminosäuren.
wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 16:47    Titel: Antworten mit Zitat

chefin hat Folgendes geschrieben:
Na, so ganz komme ich mit den Kommentaaren von PaGe nicht zurecht, werde mich da auch erst einmal bedeckt halten.
wilson, du hast offensichtlich mit dem komplementären Strang Probleme. Du kannst mich mal anschreiben, dann schick ich dir eine Abbildung zumindest zur Richtung bei der DNA.
Die Introns werden nicht während der Transkription entfernt, sondern das Splicing ist ein gesonderter Prozess. (kommt auch nur bei den Eukaryoten vor)
Aber Kompliment, schon viel besser, wenn auch noch nicht perfekt. Thumbs up!


Hi Chefin. Grins

Im Grunde ist doch der komplementäre Strang jener Strang, der dem anderen gegenüberliegt. Komplementär heißt für mein momentanen (sehr zweifelhaften) Wissensstand, dass sich die entsprechenden Basen ergänzen. Thymin (bei der Transkription Uracil) mit Adenin und Cytosin mit Guanin. Mehr ist doch da nicht, oder? Es heißt doch im Grunde nur, dass eine Base stets denselben Partner gegenüberliegen hat. Da gibts keine Zufälle.

Ja, das Splicing geschieht gesondert nach der Transkription. Noch im Zellkern, bevor die m-RNA hinaus zu den Ribosomen zieht.

Danke auch fürs Kompliment. Momentan sehe ich ein wenig Land, aber es erscheint noch immer ziemlich vernebelt. Ich will halt dranbleiben, weil so Wischiwaschi bei der Prüfung letztlich nichts nützt. Man musses halt begriffen haben, um irgendwie Sicherheit zu erlangen.
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3551
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 20:52    Titel: Antworten mit Zitat

@Chefin:
Ich glaube, die Form der Korrektur war einem leichten Erfassen nicht zuträglich. Daher hier nun wieder die klassische Variante.

wilson hat Folgendes geschrieben:
Er heißt so, weil die DNA-Polymerase von diesem Strang die Basensequenzen abliest. Die Basensequenzen sind identisch mit den Basensequenzen der sich aufbauenden m-RNA.

Ersteres streichen wir mal, da die DNA-Polymase mit Genen eigentlich nichts anfangen kann. Der zweite Satz ist der entscheidende.

Zitat:
Im Ribosom lagert sich an jedes Codon der m-RNS eine kurzkettige t-RNS, die eine spezifische Aminosäure mitbringt, mit ihrem Anticodon, das wiederum ein zum Codon komplementäres Triplet mitbringt.

Die t-RNA besitzt die Anti-Codons. Die Spezifität von Anti-Codon zu AS kommt durch die Enzyme zu Stande, die die t-RNAs beladen. Und auch hier gilt komplementär, aber antiparallel.

Zitat:
Im Ribosomen haben gleichzeitig zwei Triplets nebeneinander Platz. Dadurch wird der Kontakt zwischen den an der t-RNS hängenden AS hergestellt. Es kann dann die Peptidbindung geschlossen werden.

An der einen t-RNA hängt das Peptid, an der neuen t-RNA die AS. Nach der Peptidbindung wird die eine automatisch leer und die AS-t-RNA wird zur Peptid-t-RNA.

Zitat:
Ja, die Verdopplung der DNA ist natürlich Megaunsinn. Die verdoppelt sich ja aus sich heraus.

Die DNA besteht nicht aus Ribose-Nukleotiden, sondern Desoxy-Ribose-Nukleotiden!


Mit den Schutzstrukturen musst du dir das so vorstellen. Alles was sich in der Zelle befindet, wird nach kurzer Zeit abgebaut, wenn es nicht besondere Schutzstruturen besitzt. Eine mRNA ohne Kappe und Poly-A-Schwanz wird innerhalb kürzester Zeit von beiden Enden verdaut. Mit der Kappe können die Enzyme, die für den Abbau zuständig sind, an diesem Ende nicht angreifen. Sie können die Bindung der Kappenstruktur nicht aufbrechen. Der Poly-A-Schwanz ist sehr lang, so dass sich ein Enzym, das von hier anfängt, erstmal die ganzen A's abknipsen muss, bevor es an dem Gen ankommt. Bis die Enzyme dort angekommen sind, kann das Ribosom aber das Gen mit unter mehrfach abgelesen haben und in ein Protein übersetzt haben.

Zum Splicen:
Die mRNA wird schon bearbeitet, wenn sie noch nicht komplett fertig ist. Wenn die ersten 500 Nukleotide aus der RNA-Polymerase rausragen, kann ja schon die Kappe aufgesetzt werden und eventuell ein 90 Nukleotid-Intron rausgeschmissen werden.

Zitat:
Das Anticodon besteht aus einem Basentriplet. Ein beladenes (es gibt ja auch unbeladene) Anticodon, das später komplementär an das Codon der m-RNA andockt, bringt sozusagen die Aminosäuren.

Anti-Codons sind nicht beladen! t-RNAs sind beladen.


Versuch bitte noch einmal die Struktur einer mRNA/der entsprechenden Sequenz auf der DNA zu beschreiben und in einer Zeichnung umzusetzen.
Wichtige Begriffe: kodierender Bereich, nicht-kodierender Bereich, Transkriptionsstart, Translations-Start, Exon, Intron, Terminationssequenz, Stopp-Codon, Promotor
Evtl auch noch einige Fachbegriffe, sofern ihr sie hattet:
TATA-Box, Shine-Dalgarno-Sequenz, open-reading frame (ORF)
wilson



Anmeldungsdatum: 17.07.2007
Beiträge: 27

BeitragVerfasst am: 22. Jul 2007 22:52    Titel: Antworten mit Zitat

PaGe hat Folgendes geschrieben:

Versuch bitte noch einmal die Struktur einer mRNA/der entsprechenden Sequenz auf der DNA zu beschreiben und in einer Zeichnung umzusetzen.
Wichtige Begriffe: kodierender Bereich, nicht-kodierender Bereich, Transkriptionsstart, Translations-Start, Exon, Intron, Terminationssequenz, Stopp-Codon, Promotor
Evtl auch noch einige Fachbegriffe, sofern ihr sie hattet:
TATA-Box, Shine-Dalgarno-Sequenz, open-reading frame (ORF)


Bei der PBS fährt die DNA-Polymerase vom Promotor bis zum Terminator und löst damit die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Basen, um einen bestimmten Bereich der DNA für die Zeit der Abschreibung kurzzeitig zu öffnen. Am Start-Codon beginnt die Transkription. Der zu kodierende Bereich ist hierbei der codogene Strang, welcher von 3' in 5' Richtung abgelesen wird. Die Basensequenz wird in komplementärer Form abgelesen. Die Abschrift ist identisch mit der Basenabfolge des gegenüberliegenden Strangs.

(Hier bin ich jetzt völlig konfus. Welcher Strang wird denn nun abgelesen? Ich dachte bislang, dass die Basenabfolge der späteren m-RNA komplementär zum codogenen Strang und identisch zum kodierenden (dem gegenüberliegenden) Strang ist. Sorry, aber da ist bei mir grad der Ofen aus... )

Bereits vor Fertigstellung der Abschrift findet das Splicing statt. Hierbei werden Introns, die von ihrem Aufbau her nicht relevant sind, herausgeschnitten, während Exons im Ablauf bestehen bleiben.

Die m-RNA zieht aus dem Kern hinaus ins Cytoplasma entlang der Ribosomen. Im Cytoplasma befinden sich beladene und unbeladene Anticodone. Diese sind jeweils beladen mit Basentriplets, die einer Aminosäure entsprechen. In einem Ribosom finden zwei Anticodone mit ihren Basentriplets Platz. Nun beginnt die zweite Phase der PBS, die Translation. Es dockt das erste Anticodon komplementär an das Codon der m-RNA an. Dasselbe geschieht mit dem zweiten Anticodon. Es liegen nun zwei Basentriplets nebeneinander. Diese werden verbunden durch eine Peptidbindung. Das erste Anticodon zieht aus dem Ribosomen, das zweite rückt nach und ein drittes beladenes folgt mit einer weiteren Aminosäure, die sich nun wiederum durch eine Peptidbindung an das zweite Basentriplet ankettet. Dies erfolgt nun immer wieder, bis die m-RNA vollständig übersetzt wurde und eine Aminosäuren bzw. Peptidkette entstanden ist.



Meine Zeichnung wäre ungefähr so:


DNA

C O D O G E N E R __________ S T R A N G
<----------------------------------------------------------------
5' Phosphors. Desoxyribose Phosphors. Desoxyribose 3'
A C A T C T C A C A A G G G C T A T T T C T C T C A C
T G T A G A G T G T T C C C G A T A A A G A G A G T G
3' Desoxyribose Phosphors. Desoxyribose Phosphors. 5'
---------------------------------------------------------------->
C O D I E R E N D E R ________ S T R A N G


Nach Transkription:

m-RNA
U G U A G A G U G U U C C C G A U A A A G A G A G U G
3' Ribose Phosphorsäure Ribose Phosphorsäure 5'

Nach Translation:

m-RNA
A C A U C U C A C A A G G G C U A U U U C U C U C A C
3' Ribose Phosphorsäure Ribose Phosphorsäure 5'

t-RNA
U G U A G A G U G U U C C C G A U A A A G A G A G U G
cys ~ arg ~ start ~ phe ~ pro ~ ile ~ lys ~ arg ~ start


Was ich jetzt auch wiederum überhaupt nicht raffe, sind die Startcodone in der Aminosäurenkette.
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3551
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 23. Jul 2007 00:37    Titel: Antworten mit Zitat

wilson hat Folgendes geschrieben:

Bei der PBS fährt die DNA-Polymerase vom Promotor bis zum Terminator und löst damit die Wasserstoffbrückenbindungen zwischen den Basen, um einen bestimmten Bereich der DNA für die Zeit der Abschreibung kurzzeitig zu öffnen. Am Start-Codon beginnt die Transkription. Der zu kodierende Bereich ist hierbei der codogene Strang, welcher von 3' in 5' Richtung abgelesen wird. Die Basensequenz wird in komplementärer Form abgelesen. Die Abschrift ist identisch mit der Basenabfolge des gegenüberliegenden Strangs.

Die RNA-Polymerase!
Die Transkription beginnt nicht beim Start-Codon, sondern ein gutes Stück davor! Dann folgt ein nicht-codierender Bereich, in dem auch Sequenzen stecken, die das Ribosom braucht, um anzudocken und an die Startposition des Gens zu gelangen. Dann folgt das Gen mit AUG als Startcodon. Dies geht bis zum Stopcodon. Dem folgt dann wieder ein nicht-codierender Bereich, u.a. mit dem Poly-A-Schwanz. Darauf wollte ich mit meiner Frage auch abzielen.

Zitat:
Hier bin ich jetzt völlig konfus. Welcher Strang wird denn nun abgelesen? Ich dachte bislang, dass die Basenabfolge der späteren m-RNA komplementär zum codogenen Strang und identisch zum kodierenden (dem gegenüberliegenden) Strang ist. Sorry, aber da ist bei mir grad der Ofen aus... )

Der codierende Strang hat die Sequenz der mRNA. Das hast du richtig erkannt. Es können aber immer nur komplementäre Stränge erstellt werden, daher muss der codogene Strang von der RNA-Polymerase abgelesen werden.

Zitat:
Bereits vor Fertigstellung der Abschrift findet das Splicing statt. Hierbei werden Introns, die von ihrem Aufbau her nicht relevant sind, herausgeschnitten, während Exons im Ablauf bestehen bleiben.

Nur bei Eukaryonten.

Zitat:
Die m-RNA zieht aus dem Kern hinaus ins Cytoplasma entlang der Ribosomen. Im Cytoplasma befinden sich beladene und unbeladene Anticodone. Diese sind jeweils beladen mit Basentriplets, die einer Aminosäure entsprechen. In einem Ribosom finden zwei Anticodone mit ihren Basentriplets Platz. Nun beginnt die zweite Phase der PBS, die Translation. Es dockt das erste Anticodon komplementär an das Codon der m-RNA an. Dasselbe geschieht mit dem zweiten Anticodon. Es liegen nun zwei Basentriplets nebeneinander. Diese werden verbunden durch eine Peptidbindung. Das erste Anticodon zieht aus dem Ribosomen, das zweite rückt nach und ein drittes beladenes folgt mit einer weiteren Aminosäure, die sich nun wiederum durch eine Peptidbindung an das zweite Basentriplet ankettet. Dies erfolgt nun immer wieder, bis die m-RNA vollständig übersetzt wurde und eine Aminosäuren bzw. Peptidkette entstanden ist.

Die mRNA zieht nicht an den Ribosomen entlang, sondern liegt im Cytoplasma so vor, dass sich die Ribosomen anlagern können. Diese wandern dann auf der mRNA lang.
Die Anti-Codons sind nicht beladen. Siehe oben.
Es werden auch nicht die Tripletts verbunden, sondern die AS. Merk dir einfach, dass die tRNA den Übersetzer von mRNA-Sequenz zur Aminosäure-Sequenz spielt.
Jetzt musst du noch genauer sagen, wann die Translation endet.

Zitat:
Meine Zeichnung wäre ungefähr so:


DNA

C O D O G E N E R __________ S T R A N G
<----------------------------------------------------------------
5' Phosphors. Desoxyribose Phosphors. Desoxyribose 3'
A C A T C T C A C A A G G G C T A T T T C T C T C A C
T G T A G A G T G T T C C C G A T A A A G A G A G T G
3' Desoxyribose Phosphors. Desoxyribose Phosphors. 5'
---------------------------------------------------------------->
C O D I E R E N D E R ________ S T R A N G


Nach Transkription:

m-RNA
U G U A G A G U G U U C C C G A U A A A G A G A G U G
3' Ribose Phosphorsäure Ribose Phosphorsäure 5'

Bis hierher ist es fast richtig. Die Leserichtung ist immer von 5' nach 3', so dass die Pfeile falsch sind. Und damit die mRNA falsch herum steht. Ich denke aber nicht, dass dir das jetzt noch Probleme macht.

Was passiert mit der mRNA danach?

Übrigens ließt das Ribosom die mRNA von 5' nach 3' ab. Das kannst du dir so merken, dass in Prokaryonten die mRNA schon translatiert wird, wenn sie noch gar nicht fertig gestellt ist.
Dies steht im Gegensatz zur RNA-Polymerase, die von 3' nach 5' abliest, da sie ja nur an 3'-Enden bei der mRNA was anhängen kann.

Zitat:
Was ich jetzt auch wiederum überhaupt nicht raffe, sind die Startcodone in der Aminosäurenkette.

Ich denke mit der obigen Erläuterung der mRNA-Struktur ist schon ein Großteil erklärt. Für das AUG gibt es eine spezielle tRNA mit angehängtem Methionin. Nur diese kann in das Ribosom eintreten, ohne dass schon eine andere tRNA an der P-Stelle sitzt.
chefin
Organisator


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Beiträge: 1551
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BeitragVerfasst am: 23. Jul 2007 22:44    Titel: Antworten mit Zitat

Ich hab selbst mal eine powerpoint gemacht zu diesem Thema, aber die nutzt so leider wenig, weil ich dazu auch die CD vom Schroedel-Verlag zu biologie heute SII Proteinbiosynthese benutze. Die kostet nicht die Welt (leider weiß ich den Preis nicht genau, weil ich die als Probeexemplar erworben habe), ist aber gut und stellt die Zusammenhänge her.
Ich glaube, dass PaGe eine Menge beschreibt, was man als Grundkursler nicht braucht, aber ich bremse meine Schüler auch nie, weil jeder seinen persönlichen Weg finden und gehen muss, den Stoff zu verstehen. Viele verschiedene Darstellungsvarianten sind da sehr hilfreich!
Persönlich macht mir dein Wissenszuwachs - und das verständnis der Materie - wirklich Spaß, wilson.
Mach weiter so!!! Thumbs up! Big Laugh

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