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Proteinsequenzierung
 
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Phillipp



Anmeldungsdatum: 04.07.2007
Beiträge: 16

BeitragVerfasst am: 23. Jan 2008 17:56    Titel: Proteinsequenzierung Antworten mit Zitat

Hallo!

Ich brauche ganz dringend eure hilfe. Also ich soll in bio ein referat über die einzelnen strukturen der proteine(also Primärstruktur,Sekundärstruktur,...) und über die proteinsequenzierung halten. Das erste ist kein Problem, das is ja ganz einfach...
aber das zweite ist nicht so schön. also ich hab rausgefunden, dass die Proteinsequenzierung ein Protein aufspaltet um herauszufinden wie die genaue reihenfolge der aminosäuren ist. Ich versteh nur nicht wie das funktioniert. also womit macht man das und wie kommt man auf die spätere reihenfolge?
wäre echt nett, wenn mir da jemand helfen könnte oder mir sagen würde, wo ich dazu was lesen könnte, weil die meisten einträge bei google versteh ich leider nicht...

Vielen Dank,
Phillipp
revilo



Anmeldungsdatum: 13.12.2007
Beiträge: 79

BeitragVerfasst am: 23. Jan 2008 21:16    Titel: Antworten mit Zitat

ich versuchs mal mit einer beispielsaufgabe

Bestimmen Sie die Primärstruktur eines Oktapeptids anhand folgender Daten:

1. Die Hydrolyse in 6 M HCl / 100°C / 24 h ergab folgende Aminosäurezusammensetzung:
2 Arg, Leu, Lys, Met, Phe, Ser, Tyr

2. Carboxypeptidase spaltete Ser ab.

3. Edmans Reagenz spaltete Leu ab.

4. Die Reaktion mit Bromcyan lieferte zwei Peptide folgender Aminosäurezusammensetzung:
Arg, Phe, Ser und Arg, Leu, Lys, Met und Tyr

5. Die Reaktion mit Trypsin lieferte die folgenden zwei Peptide und zwei Aminosäuren:

Arg, Met, Phe und Leu, Lys, Tyr und Arg und Ser

Erklären Sie den Lösungsweg !

Zunächst Proteine werden von N-Terminus nach C-Terminus geschrieben.

Zur Lösung:

aus 1. ergibt sich, dass das Peptid aus 8 Aminosäuren besteht, denn unter den Bedingungen unter 1. werden alle Peptidbindungen gespalten.

aus 2. ergibt sich, dass am C-Terminus die Aminosäure Ser steht, weil die Carboxypeptidase A 1 Aminosäure am C-Terminus abspaltet.

aus 3. ergibt sich, dass am N-Terminus die Aminosäure Leu steht, denn das Edman-Reagenz spaltet 1 Aminosäure am N-Terminus ab.

damit haben wir die Sequenz zunächst die Sequenz
Leu - 6 Aminosäuren unbekannter Reihenfolge - Ser

aus 4. ergibt sich, dass Met an 5. Position steht, weil Bromcyan nach Met schneidet und in dem Fragment mit Met auch die Aminosäure Leu steckt, die wir dem N-Terminus zugeordnet haben

also
Leu - 3 Aminosr (Arg, Lys, Tyr) unbekannter Reihenfolge - Met - 2 Aminosr. (Arg, Phe) unbekannte Reihenfolge - Ser

aus 5. kann man die vollständige Reihenfolge ableiten (Trypsin schneidet im Peptid nach Arg oder Ser vom N-Terminus aus)

also ergibt sich die Reihenfolge

Leu - Tyr - Lys - Arg - Met - Phe - Arg - Ser

Das ist wie gesagt eine Beipielsaufgabe ...
üblich ist auch der Edman-Abbau ... da müsste ich auch erstmal nachlesen, wie der genau funktioniert. Hab gerade mal geguckt, den Edman-Abbau findest du auch bei wikipedia !!!
Phillipp



Anmeldungsdatum: 04.07.2007
Beiträge: 16

BeitragVerfasst am: 24. Jan 2008 15:55    Titel: Antworten mit Zitat

ja dankeschön für die ausführlich antwort. kann man meiner meinung nach auch gut verstehen.
Mein lehrer hat mir auch noch eine powerpoint-präsentation zur verfügung gestellt. Da stand nur leider nichts C- und N-terminal, sondern von links- und rechts-terminal drin... Ist das das gleiche und wenn ja, was ist was?

und danke nochmals!
Karon
Organisator


Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen

BeitragVerfasst am: 24. Jan 2008 16:03    Titel: Antworten mit Zitat

Links- und rechtsterminal habe ich noch nie gehört.
Wahrscheinlich ist aber das selbe gemeint wie bei C- und N-terminal - bloß sehr vereinfacht ausgedrückt.

Drehe ich meinen Strang nämlich einmal um 180° ist das "linksterminale" Ende auf einmal rechts. Zwinkern Bei C- und N-terminal ist das immer eindeutig. Egal, wie der Strang vor einem liegt.

_________________
Wie poste ich falsch?
Nachdem ich Google, die FAQs & die Boardsuche erfolgreich ignoriert habe, erstelle ich 2-5 neue Themen in den falschen Unterforen mit kreativem Titel & undeutlichem Text, unter denen sich jeder etwas anderes vorstellen kann.
Phillipp



Anmeldungsdatum: 04.07.2007
Beiträge: 16

BeitragVerfasst am: 24. Jan 2008 18:45    Titel: Antworten mit Zitat

ja gut, dankeschön. Habe mich nämlich auch schon gewundert dabei, weil C- und N-terminal kannte ich nämlich auch schon... naja, muss ich wohl mal unsern lehrer fragen, was er damit jetzt genau meint.
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