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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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 Verfasst am: 21. März 2011 22:10 Titel: Nukleotidderivate |
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Ich soll nun in einer Aufgabe Nukleotidderivate bestimmen, hab davon aber nie was gehört und weiß auch nicht was das ist 
man hat:
5'- GGTA-3'
5'-GGTAA-3'
5'GGTAACCA-3'
5'-GGTAACCATTGGGTCA-3'
und die Frage ist: Welche Nukleotidderivate befanden sich im Sequenzierungscocktail(bitte ankreuzen):
- dATP,dCTP,dGTP,dTTP,ddCTP
- dATP,dCTP,dGTP,dTTP,ddGTP
- dATP,dCTP,dGTP,dTTP,ddATP
- dCTP,dTTP,dGTP,ddATP
- ddGTP
- ddATP
Also was das ist, weiß ich ja, seh da aber irgendwie keinen Zusammenhang  |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 21. März 2011 22:40 Titel: |
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Es scheint sich hierbei um eine Sequenzierung zu handeln.
Obwohl ich mir auch nicht sicher bin, was hier eigentlich konkret geprüft werden soll, hilft es wieder, sich der Aufgabe systematisch zu nähern.
Dazu ersteinmal eine Definition:
ddNTPs sind Didesoxynukleotide und werden in der Regel verwendet, um einen "Extensionsstop" der DNA- Polymerase in Sequenzierungsreaktionen herbeizuführen, während die dNTPs, also die "einfach"- desoxygenierten Nukleotidtriphosphate zur Extension eingesetzt werden.
Ich vermute, dass man hier den Focus auf die 3'- Enden der Ketten legen muss, denn sie enden alle auf "A", somit kann nur bei "A" ein Kettenabbruch durchgeführt werden, damit muss ddATP im "Coctail" enthalten sein und alle Lösungen mit anderen ddNTPs fallen aus.
Kommst du jetzt drauf?
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RNA?- just another nucleic acid? |
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 22:49 Titel: |
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naja n bissl schon .. also weil alle mit A enden und ddATP die Kette beendet, is die Antwort ddATP? ddATP enthält 2 x Desoxyribose ?? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 21. März 2011 22:57 Titel: |
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| Tiffüü hat Folgendes geschrieben: | | naja n bissl schon .. also weil alle mit A enden und ddATP die Kette beendet, is die Antwort ddATP? |
Vorsicht! Wir brauchen auch ein paar dNTPs, um die anderen Nukleotide (also C, T, G) "dranzuhängen". Mit ddATP allein kämen wir da nicht weit.
Und es sind auch Sequenzen dabei, in denen ein "A" in der Mitte steht.
Wäre also kein dATP dabei, könnten diese Sequenzen auch nicht entstehen.
| Tiffüü hat Folgendes geschrieben: | | ddATP enthält 2 x Desoxyribose ?? |
Auch hier vorsicht:
Es handelt sich um eine zweifach desoxygenierte Ribose, nicht zwei desoxygenierte Ribosen!!
ddNTPs sind am 2'- und 3'- C- Atom der Ribose desoxygeniert.
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:04 Titel: |
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ok also ist ddATP dabei ?? um die Kette zu beenden.. und der Rest, wie komm ich darauf ?? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:08 Titel: |
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Schau dir an, welche Nukleotide eingebaut sind....
Alle, die im Verlauf eingebaut sind und nie zu einem Abbruch geführt haben, kommen nur als dNTPs vor, diejenigen, die immer zu einem Abbruch geführt haben nur als ddNTPs und diejenigen, die manchmal zu einem Abbruch und manchmal auch nicht geführt haben, müssen in beiden Varianten vorliegen.
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:15 Titel: |
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Versteh ich nicht so recht.. es wurden ja alle eingebaut, und nur A bricht ab also müsste es ja heißen : dATP,dCTP,dGTP,dTTP und ddATP oder |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:16 Titel: |
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Genau
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:21 Titel: |
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ach echt ? das wars schon ? wenn man sich die Antwortmöglichkeiten anschaut sind die ersten ja immer das selbe, nur dass dieser Abbruch n anderer Buchstabe ist.. |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:27 Titel: |
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Es ist ja auch eine Sequenz, die da ampilfiziert wird, nur halt kommt es darauf an, wann das ddATP "eingebaut" wird und wann das dATP.
Wird das ddATP "eingebaut", kann die Polymerase nicht weitermachen, wird das dATP "eingebaut" kann sie sehr wohl weitermachen, bis am nächsten A wieder die Möglichkeit besteht, dass die Sequenz durch Einbau von ddATP abgebrochen wird.
Da an jedem einzubauenden A die Wahrscheinlichkeit bei gleichen Konzentrationen von dATP und ddATP 1:1 ist, sind die "Ketten" seltener, die länger sind.
Achtung: Bei solchen Aufgaben auch auf die Syntheserichtung der Polymerase achten (5'->3'), die ja entgegengesetzt der "Leserichtung" ist.
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:31 Titel: |
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Ok also wenn vorne 3' steht, müsst ich dann von hinten anfangen ?? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:32 Titel: |
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Genau
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:36 Titel: |
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wie toll.. ich fühl mich immer sicherer, was die Klausur angeht  |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:37 Titel: |
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...ist doch prima
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Tiffüü
Anmeldungsdatum: 18.03.2011
Beiträge: 91
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| Verfasst am: 21. März 2011 23:40 Titel: |
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Dann danke nochmal.. hab noch n paar Unklarheiten über andere Themen, die werd ich aber morgen noch reinstellen  |
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