Restriktionsenyzme, codierende sequnz

akvarel · Anmeldungsdatum: 06.02.2011 Beiträge: 11

Hallo!
Im attachment ist die Aufageb und meine Vermutungen in form von roten Zeichungen.

Ich verstehe aber nicht wie ich die Antworten intepretiren muss.
Die Molekül B habe ich mit 5'----3' markiert, habe sie dann umgedreht *von links nach rechts) und als kodogenen Strang zu codierende Strang angepasst(blau markiert).
Aber wieso muss ich die Molekul (den unteren Strang der Molekuel B) als 5'---3' interpretieren.

Molekuel C(den unteren Strang ) kann ich ich als 3'---5' interpretiren und sie auch als codogenen Strang zum kodieren Strang anpassen(gruen markiert)

Was ist dann richtig?

Vielen Dank

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Mit der Bezeichnung der Enden liegst du daneben. Noch einmal nachdenken.

Allerdings machst du es dir mE bei der Aufgabe schwerer als sie gedacht ist. Ich kann dir auch nicht folgen, was du für Gedankengänge hast. Am besten noch einmal ausführen. Ich glaube allerdings, dass die Bezeichnung der Enden das Hauptproblem darstellt.

akvarel · Anmeldungsdatum: 06.02.2011 Beiträge: 11

Ich verstehe dann nicht wieso Molekül 2 die richtige Antwort ist.Und ich verstehe nicht wie die 2. Molekül zu underm Strang angepasst wird.
Ich dachte, dass wie die 2. Molekül umdrehen müssen(im Bild blau markiert) und dann anpassen

Aber wir können ohne umdrehen die Molekül 3 schon so anpassen(grün markiert). Ich verstehe nicht wieso Molekül 2 die richtige Antwort ist.
Und ich verstehe auch nicht wo bei Molekülen die 5'----3' ende sind.

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Das schwarze ist die Originalaufgabe, oder?
Weshalb ist Antwort 2 und 3 andersfarbig?
Wer sagt, dass Lösung 2 richtig ist?

Und kannst du mal bitte deine Gedanken etwas ausführlicher schildern, mit Begründungen! Ich verstehe kaum einen deiner Sätze.

Wie kommst du auf die Bezeichnung der Enden?

akv · Gast

Alles wasschwarz geschrieben ist, ist die Aufgabe.
Rot, blau und gruen sind meine Ueberlegungen.

Wir schneiden die Sequenz (rote linie) und bekommen das neue 5' ende(markiert über die Sequnez).
Unter der Seuqnez ist der kompletärer Strang (rot)

5'-AATTCATTGAGA.....Ny
(Sequenz nach der Schneidung, neue entstehende 5'-Ende der kodierenden Sequenz, dieses 5'-Ende muss mit Sequenz B liegert werden)

Komplementaerer Strang nach der Schneidung:
3'GTTAA----5'

Zusammen nach der Schneidung

5'-AATTCATTGAGA...Ny
3'GTAACTCT...

Und jetzt muessen wie etwas eingfügen,was zu diesem Blunt-Ende.

In der Übung uns wurde gesagt, dass Molekuel B die richtige Antwort ist.
Darüber hinaus, müssen wir die Molekül B
Nz
AATTNy
umdrehen :

Nz
NyTTAA (umdrehte B molekul)

und liegeren.(blau markiert im Bild)

NzAATTCATTGAGA...Ny
NyTTAAGTAACTCT...

Fettmarkiert ist die umgedrehte Molekuel B
Unterschtrichener Text ist die Sequenz nach der Schneidung.

Ich verstehe aber nicht wieso mussten wir die Molekul B nehmen und sie umdrehen, wenn wir die Molekuel C nehmen konnte und ohne Umdrehungen sie mit unserer Sequenz liegeren.

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

akv · Gast

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

akv · Gast

Was? Echt?
Unsere Professorin meinte, dass die richtige antwort Molekuel B ist.

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Dann müssen die Enden anders definiert sein. Ansonsten hast du doch glasklar dargestellt, dass es nicht passt. Sprich so nochmal drauf an.

akv · Gast

Vielen Dank dir.

akv · Gast

Ich habe noch eine kleine Frage.
Hast du darauf geachtet, dass es um die codierende Strang geht?

Ich weiss, dass
5'----3' (non Template DNA ist(coding )) - also kodierende DNA Sequenz
3'----5' (DNA template Strang) nicht kodierende, aber eine kodogene Sequenz

sind die Bezeichungen richtig?

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Entschuldigt die Einmischung, aber wenn nichts weiter angemerkt ist, ist es nach meinem Wissen Konsens, die Sequenzen in 5'-3'-Richtung anzugeben.
Also nehme ich das einmal sowohl für die Aufgaben- als auch für die Lösungssequenz an:
Nach dem Restriktionsverdau erhalten wir also, wie schon dargestellt, folgende Sequenz:

5'-ACA CCC ACT TTT GCC ATG G
3'-TGT GGG TGA AAA CGG TAC CTT AA-5'

Die zu ligierende Sequenz muss nun wie folgt aussehen:

5'-AATT Ny-3'
3'------- Ny(rev.comp.)-5'

Gehe ich nun davon aus, dass die Lösungen auch in 5'-3'-Orientierung angegeben sind, so finde ich Lösung 2 als die richtige.

Und warum auch sollte die Lösung eine andere Orientierung als die Aufgabensequenz aufweisen?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Aber es soll doch die obere Sequenz, die kodierende Sequenz sein. Und dann ist "das neu entstehende 5'-Ende" der hintere Teil der Sequenz.

5'-AATTCA...-3'
3'-------GT...-5'

Und da passt nur Nr. 3 dran.

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Ach so, es soll an das andere Fragment zur Ligation eingesetzt werden, das erklärt auch, warum mich der Faden hier so verwirrte.

Ich entschuldige mich nochmals für die Einmischung und bin dann auch wieder raus hier...

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Du musst dich nicht entschuldigen. Ich habe mir die Aufgabe auch mehrmals durchlesen müssen, bevor ich es gerafft habe. Das ist so eine klassische Uni-Aufgabe, bei der auch STudis, die das Thema verstanden habe, aufgrund der Formulierung scheitern können.