orthologie

heino78 · Gast

Meine Frage:
huhu. weiß jemand was orthologie für einen organismus bedeutet? also ich weiß, dass orthologe gene gene sind die durch artaufspaltung entstanden sind. solche gene habe ich identifiziert. dochw as bedeutet dass jetzt? wie kann ich das werten?

Meine Ideen:
danke schon mal

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Ich finde, dass du die Frage schon falsch stellst. Dem Organismus ist das ziemlich egal, ob er orthologe Gene hat. Eigentlich willst du durch diese Einstufung nur einen Stammbaum entwickeln, um die Verwandtschaftsverhältnisse darzustellen.

heino78 · Gast

also es ist so dass ich das diskutieren muss. und ich bin halt gerad am überlegen wie ich das in bezug auf orthologe gene machen kann...hast du da vllt ne idee?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

1. Betrachte einmal meine Signatur Zwinkern

2. Was sollst du diskutieren? Die genau Aufgabenstellung bitte angeben.

heino78 · Gast

es gibt keine richtige aufgabenstellung. ich fetige nur einen bericht an in dem ich orhtologie diskutieren soll. es wurden nämlich mittels stammbäumen orthologien identifiziert. jetzt muss ich dass aber irgendwie in eine diskussion mitreinbringen verstehst du?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

WenneskeinerichtigeAufgabenstellunggibt,fälltesschweretwaszudiskutieren. SollesumdieAussagekraftvonOrthologiengehen?

hein78 · Gast

Es soll schon etwas mit Orthologie zu tun haben, weil es ja darum ging orthologe Gene zu finden. Jetzt muss ich das halt nur noch diskutieren, da ist mir ziemlich freie Hand gelassen. Ich weiß nur nicht was ich so richtig diskutieren soll verstehst du? Was meinst du denn mit Aussagekraft von Orthologien?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Das Problem besteht doch schon darin, orthologe Gene zu entdecken. Wer sagt denn, dass es nicht konvergente Entwicklungen sind, die zu dem Ergebnis geführt haben. Man könnte zwei unterschiedliche Stammbäume entwickeln. Einmal mit einer begrenzten Anzahl von Genen, die bestimmte orthologe Gene ergibt und ein zweites Mal mit anderen oder mehr Genen, die dann zu einem anderen Stammbaum führen und die Orthologie plötzlich aufheben.
Des Weiteren könnte man diskutieren, ob die Betrachtung der Genebene sinnvoll ist, da die Evolution nicht dort, sondern beim Phänotypen ansetzt. Schließlich gibt es ja auch silent Mutationen. Ich weiß nicht, ob dies beim Vergleich berücksichtigt wird.

heino78 · Gast

wie meinst du das mit der Genebene? so ganz hab ich das noch nciht verstanden. Hast du vllt noch eine weitere Idee? so viel fällt mir leider nicht ein was ich dazu schreiben kann. Welche Möglichkeit gibts denn noch wenn man Artaufspaltung und Duplikation mit reinbringen will? es soll aber immer noch um orthologe Gene gehen. ich bin grad echt am verzweifeln. Es wäre schön wenn du mir noch ein paar tips geben könntest!

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Durch die natürliche Selektion wird nicht Erbmaterial (Genotyp) sondern der Phänotyp selektiert. Wenn eine entscheidende AS ausgetauscht wurde, ist das sicherlich ein Schritt in Richtung Artaufspaltung. Wenn allerdings eine unwichtige Base (3. Base eines Tripletts) ausgetauscht wird, wird dieselbe AS eingebaut, oder eine für das Protein unwichtige AS ausgetauscht wird, kann die nat. Selektion nicht wirken.
Wenn die AS wichtig für den Phänotyp ist und zur Artaufspaltung führt, wird sie eher konserviert. Beim anderen ist eine konvergente Entstehung durchaus realisitisch, da es ja keine Auswirkungen hat und somit nicht zur "Ausstoßung aus der Art" führt (sprich deutlich reudzierte biologische Fitness).

Du hast meines Erachtens nur eine Möglichkeiten der Diskussion, wenn es ausschließlich um Orthologie gehen soll:
Die Methode zur Identifizierung orthologer Gene kritisch zu hinterfragen. Wo sind die Grenzen? Wie unterscheidet man othologe und paraloge Gene. Wie oben mit den Stammbäumen geschrieben, hängt die Bewertung, ob es eine orthologe oder eine paraloge Entwicklung ist, stark von der Martix ab. Wie geht man damit um, wenn man ein Ergebnis erhält, dass der klassischen Lehrmeinung widerspricht (siehe Ecdysozoa).
Wie geht man mit Gentransfers um? Viren können schließlich dauerhaft Gene ins Erbmaterial einbauen.

heino78 · Gast

wenn es sich anstelle von orthologen Genen eher um Konvergenzen handelt, sind die dann auch im Genotyp sichtbar? Oder sind die Entwicklungen nur im Phänotyp zu beobachten?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Du hast meines Erachtens einige Zusammenhänge und die Problematik der Stammbaumentwicklung noch nicht erfasst.

Erkläre bitte einmal in Kurzform die synthetische Evolutionstheorie. Was habt ihr zur Stammbaumentwicklung bereits gemacht? Hast du dir das Problem der Ecdyozoa schon einmal angeschaut?

heino78 · Gast

ok also die synth. Evolutionstheorie besagt, dass die Struktur der Gene die Merkmalsausprägung bestimmt und dass es zur Artaufspaltung kommt wenn reproduktive Isolation vorliegt. Außerdem finden Mutationen statt. Zur Stammbaumentwicklung hatten wir eigentlich gar nichtx, dass ist ja das Problem weshalb ich da nicht so richtig durchblicke. Von einem Problem der Ecdysozoa hab ich ehrlich gesagt noch nie was gehört...

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Gehst du eigentlich noch zur Schule? Denn das, was du zur synth. Evolutionstheorie geschrieben hast, ist so stark verkürzt, einfach nur noch falsch.

Daher die Theorie bitte noch einmal ausführlich und strukturiert darstellen.

Des Weiteren wäre es gut, wenn du dich erst einmal darüber informierst, wie man Stammbäume entwickelt, bevor du dir Gedanken über orthologe Gene machst. Stammbäume mit "altertümlichen" morphologischen Merkmalen sind sehr viel einfacher nachzuvollziehen. In dem folgenden pdf ist eine Matrix, wobei ich nun nicht weiß, ob eine Konvergenz enthalten ist.
http://www.google.de/url?sa=t&rct=j&q=wirbeltiere%20stammbaum%20schnecken%20radula%20merkmal%20matrix%20or%20tabelle&source=web&cd=2&ved=0CFMQFjAB&url=http%3A%2F%2Fnibis.ni.schule.de%2F~torc%2Fimages%2Fabiaufgaben%2F2007_ea_1auf.pdf&ei=UOACUIv_N8Xesga65oygBg&usg=AFQjCNGMVCMGNbmYmEx7u9yFFr88Xnbx1w&cad=rja

heino78 · Gast

kannst du mir bitte einfach auf meine gestellte Frage antworten. Ich hab wirklich nicht mehr so viel Zeit. Wirken sich Konvergenzen auch im Genotyp aus? Dahingehend dass sie Seqeunzähnlichkeit zeigen wie es auch bei Homologien der Fall ist?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Die Antwort steht eigentlich oben schon. Konvergenzen sind unter Umständen "Homologien", die nicht ins Schema passen.

Allerdings habe ich den Eindruck, dass du zu wenig Ahnung hast, wie die Gen- und Phänotyp mit der Evolutionstheorie zusammenhängen und wie man Stammbäume entwickelt. Damit macht eine weitere Erarbeitung wenig Sinn. Ich bin damit raus.