| Autor |
Nachricht |
Monika95
Gast
|
 Verfasst am: 20. Jul 2013 15:18 Titel: TALENs Restriktionsenzym |
 |
|
Meine Frage:
Nach einer PCR und einem Restriktionsschnitt soll durch
Ligation für die Konstruktion eines TALENs fünf verschiedene
DNA-Sequenzen in einer spezifischen Reihenfolge
zusammenzufügen. Durch Primer-Design
soll die Generierung von sticky ends an den Enden
der PCR-Produkte möglich sein.
Welches der Restriktionsenzyme EcoRI und BsaI eignet sich hierfür???
Meine Ideen:
Die Schnittsequenz von EcoRi ist
5'-G AATTC-3'
3'-CTTAA G-5'
bei BsaI finde ich nichts. |
|
 |
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 10:10 Titel: |
|
|
Beschreibe doch zunächst kurz, was TALENs eigentlich sind. Auch wenn das zur Beantwortung der Frage nur von untergeordnetem Interesse ist, solltest du wissen, worum es geht.
Dann: Du hast zwar die Ereknnungssequenz von EcoRI angegeben, doch die entscheidenden Informationen fehlen: Handelt es sich um einen sticky oder um einen blunt cutter? Schneidet es symmetrisch in der Erkennungssequenz oder asymmetrisch?
BSAI ist ein asymmetrisch schneidender sticky cutter.
Erkennungssequenz:
5'-GGTCTCN/NNNN-3'
3'-CCAGAGNNNNN/-5'
Es erzeugt einen 5'NNNN -Überhang.
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
Monika95
Gast
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 10:18 Titel: |
|
|
Bei TALENs handelt es sich um Hybridproteine, bei denen ein DNA-bindender Bereich mit einer Endonuklease (Restriktionsenzym) fusioniert ist. Die Endonuklease funktioniert dabei als Dimer und kann deshalb nur aktiv
werden, wenn zwei TALENs mit unterschiedlichen DNAbindenden
Bereichen nahe genug beieinander binden.
EcoRI ist ein symmetrisch schneidender sticky cutter |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 10:20 Titel: |
|
|
Wenn du nun die Restriktionseigenschaften der beiden Enzyme vergleichst, welches erscheint dir am geeignetsten?
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
Monika95
Gast
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 10:24 Titel: |
|
|
|
BsaI |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 10:27 Titel: |
|
|
Warum?
(Ich muss jetzt weg, werde heute abend auf deine Antwort eingehen...)
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
Monika95
Gast
|
| Verfasst am: 21. Jul 2013 11:14 Titel: |
|
|
Durch den asymmetrischen Schnitt wird sichergestellt X verschiedene
DNA-Sequenzen in einer spezifischen Reihenfolge zusammenfügen zu können |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 22. Jul 2013 08:28 Titel: |
|
|
Du musst halt die entsprechenden Überhänge aneinander anpassen. Praktisch schneiden die asymmetrischen cutter jedoch häufig schlecht, das sollte man im Hointerkopf behalten. Eventuell macht es auch Sinn, die gesamte Sequenzabfolge der fünf Elemente mit einem symmetrischen sticky cutter zu flankieren, je nachdem, was man damit vorhat.
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
Monika95
Gast
|
| Verfasst am: 22. Jul 2013 16:29 Titel: |
|
|
Danke  |
|
|
mapeone
Anmeldungsdatum: 23.08.2013
Beiträge: 2
|
| Verfasst am: 23. Aug 2013 09:08 Titel: |
|
|
| jörg hat Folgendes geschrieben: |
5'-GGTCTCN/NNNN-3'
3'-CCAGAGNNNNN/-5'
Es erzeugt einen 5'NNNN -Überhang. |
Was genau ist N? Mit einem großen N würde ich spontan Stickstoff oder den Einbuchstabencode von Asparagin assoziieren, aber das passt in diesem Fall irgendwie beides nicht in mein Weltbild. |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 23. Aug 2013 09:56 Titel: |
|
|
"N" steht in der Molekularbiologie für ein beliebiges Nukleotid. Neben A,T,C,G,U,I als Abkürzungen für die respektiven Nukleotide gibt es noch weitere: So steht "Y" für ein Pyrimidin, "R" für ein Purin, "W" für A oder T, "S" für C oder G, "B" steht für alle ausser A (also G,T oder C), "D" steht für alle ausser "C", "H" steht für alle ausser "G", "V" steht für alle ausser "T" und "N" eben für ein beliebiges Nukleotid.
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
mapeone
Anmeldungsdatum: 23.08.2013
Beiträge: 2
|
| Verfasst am: 25. Aug 2013 18:21 Titel: |
|
|
|
Besten Dank für die gute Antwort. Weiß jetzt ja echt bescheid über die diversen Abkürzungen |
|
|
Teilnehmer12
Gast
|
| Verfasst am: 08. Sep 2013 16:24 Titel: Bio-Olympiade |
|
|
ipn.uni-kiel.de/aktuell/ibo/
Das nächste Mal, wenn du bei einer Bio-Olympiade teilnimmst, kannst du dann ja versuchen, die Aufgaben selbst zu lösen. Dazu sind sie nämlich gedacht.
Genau genommen sind auch keine Gruppenarbeiten erlaubt. Du hättest wenigstens dir eine konkrete Frage ausdenken können, anstatt sie einfach zu kopieren - inklusive falscher Grammatik. |
|
|
|
Registrieren
Login
FAQ
Suchen
