Haplotypen erstellen mit Mikrosatelliten

JosieDa · Anmeldungsdatum: 17.02.2015 Beiträge: 1

Meine Frage:
Hallo,

ich habe für eine Studienarbeit Mikrosatelliten zur Kartierung eines potentiellen Krankheitsgens für eine Familie mit mehreren Betroffenen laufen lassen. Nun habe ich die Rohdaten, sprich die Größen der einzelnen Peaks der gelaufenen Marker in Basenpaaren. Da ja jeder Mensch 2 Allele in seinem Genom besitzt, sind das also entweder die gleiche Anzahl der Repeats auf beiden Allelen oder eben nicht. Nun möchte ich gerne Haplotypen erstellen, also die Segregation innerhalb der Familie. Ich kenne zwar die beiden "Anzahlen" der Repeats, ja aber nicht auf welchem Allel sie liegen. Wie erstelle ich da einen Haplotypen???

Meine Ideen:
Ich habe mir jetzt eine Exceltabelle gemacht mit einem Stammbaum und für jeden Patienten 2 Spalten angelegt, die jeweils für ein Allel stehen. Dann habe ich die Daten eingetragen: Also Marker x Allel1: 205bp Allel2: 207bp
Marker y Allel1: 237bp Allel2: 239bp

Und so weiter. Beim ersten Marker kann ich ja noch frei festlegen, ob 205 auf dem ersten oder zweiten Allel liegt, aber spätestens beim zweiten Marker, weiß ich es ja nicht mehr und so zieht sich das dann ja durch. Es sind 12 Patienten und 9 Patienten aus 1. und 2. Generation habe ich hinbekommen, aber in der 3. Generation muss ich dann irgendwie die Daten tauschen, da es sonst nicht passt mit einem Allel von Mutter und eins vom Vater und dann passt es ja auch weiter oben nicht, da ja alles darauf aufbaute.

Falls also irgendjemand davon Ahnung hat oder auch nur versteht, was ich meine, wäre ich um Hilfe dankbar. Ich weiß, das klingt alles wirr und unverständlich, aber vlt ist ja jemand genau darin Experte.....