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Nachricht |
Heini23
Gast
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 Verfasst am: 22. Mai 2012 21:41 Titel: Genanalyse |
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Meine Frage:
Hi alle zusammen! Ich Brauch ganz dringend eure Hilfe!!! Und zwar ich hab loci (Sequenzen) von Dauphins und habe diese gegen verschiedene meiosegene geblastet. Daphnia ist parthenogenetisch und identisch mit der Mutter. Ich habe auch den Vater gegen die verschiedenen gene geblastet, nur sind die Übereinstimmungen unterschiedlich zu Daphnia. Das ist doch richtig oder weil das Erbgut vom Vater nicht weitergegeben wird eben wegen der parthenogenese oder?
Meine Ideen:
Danke!!! |
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Hedera
Anmeldungsdatum: 08.03.2011
Beiträge: 657
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| Verfasst am: 23. Mai 2012 14:24 Titel: |
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Hab ich das richtig verstanden, dass du mit Daphnien arbeitest?
Was ist bitte "blasten"? Bzw. aus dem Kontext und dem, was ich gefunden hab würd ich sagen "abgleichen" richtig?
Ich verstehe noch nicht so ganz dein Problem, würde es aber sehr gerne genauer wissen, weil ich mich selbst für Daphnien interessiere 
Also was hast du genau gemacht bzw. was willst du erreichen? |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 24. Mai 2012 22:24 Titel: |
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| Hedera hat Folgendes geschrieben: |
Was ist bitte "blasten"? Bzw. aus dem Kontext und dem, was ich gefunden hab würd ich sagen "abgleichen" richtig? |
In diesem Zusammenhang: Sequenzabgleich
@Heini:
Wenn die Daphnie sich parthenogenetisch fortgepflanzt hat, hast du ja quasi einen Klon des Eltern (zumindest wenn sie direkt über eine diploide Keimbahnzelle erfolgt, ansonsten spielt natürlich die Rekombination noch mit rein und du hast keinen direkten Klon, sondern eine Rekombinante), damit sollte das Erbgut identisch sein.
Also für mich ist dein Ergebnis nicht verwunderlich und durch deine Darstellung zu erklären.
Ich kenne mich aber nicht mit Daphnien aus, weiss also nicht einmal, ob sie sich parthenogenetisch fortpflanzen können..
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RNA?- just another nucleic acid? |
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Hedera
Anmeldungsdatum: 08.03.2011
Beiträge: 657
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| Verfasst am: 26. Mai 2012 15:18 Titel: |
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Naja Daphnien machen beides 
Jedoch herrscht Pathenogenese vor (1 Männchen auf 1000 Weibchen). Sexuelle Fortpflanzungen hast du nur bei schlechten Umweltbedingungen oder halt mal hin und wieder, damit der Genpool nicht verarmt.
Mein Problem ist, dass ich nicht so ganz verstehe, was gemacht wurde. Wenn die Sequenz durch Pathenogenese entstanden sind kannst du keine übereinstimmung haben.
Wenn sie aber durch sexuelle Fortpflanzung entstanden sind müsstest du welche haben.
Der Text ist aber einfach zu unverständlich und hat zu wenig Infos...
Für mich klingt es eher nach sexueller Fortpflanzung.
Kannst du mir sagen, woher sich "blasten" ableitet? Hatte leider noch nicht das Vergnügen mit Sequenz abgleich arbeiten zu können  |
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jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
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| Verfasst am: 29. Mai 2012 15:43 Titel: |
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| Hedera hat Folgendes geschrieben: |
Kannst du mir sagen, woher sich "blasten" ableitet? |
Das ist ein (ich glaube, der weltweit am häufigsten genutzte) Alignment-Algorithmus (BLAST=basic local alignment search tools).
Wenn du z.B. eine Sequenz hast und schauen möchtest, welche Sequenzen dazu homolog sind, dann nutzt du diesen Algorithmus, um deine Sequenz in einer Datenbank mit den dort gespeicherten Sequenzen abzugleichen.
Die direkte Übersetzung für den Abgleich wäre "alignment".
Ich glaube, Firelion hat mit der Benutzung verschiedener Programme Erfahrung, vielleicht sagt der ja noch mal was dazu, wenn nötig.
Also scheint unser Kandidat hier eine Daphnien-Sequenz gegen paternale und maternale Sequenzen abgeglichen zu haben, er fand jedoch keine homologen paternalen, sondern nur weibliche Sequenzmotive, was ja dann mit der Parthenogenese zu erklären ist.
Aber vielleicht schreibt Heini ja noch mal genau, was er eigentlich vorliegen und damit gemacht hat.
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RNA?- just another nucleic acid? |
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Hedera
Anmeldungsdatum: 08.03.2011
Beiträge: 657
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| Verfasst am: 29. Mai 2012 17:51 Titel: |
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Ah cool danke 
| Zitat: | | Aber vielleicht schreibt Heini ja noch mal genau, was er eigentlich vorliegen und damit gemacht hat. |
Ja, das wäre sinnvoll. |
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