basic local alignment search tool

benjamin56 · Gast

Meine Frage:
hi alle miteinander!
ich bin grad völlig verwirrt. ich arbeite nämlich grad an nem kurzen text über blast. dieses programm sucht ja nach lokalen alignments oder paarweisen alignments? da fängts schon an denn eigentlich sind doch die ergebnisse die am ende mit evalue, bit score, etc. ausgegeben werden paarweise lokale alignments oder seh ich das falsch? und diese ergebnisse am ende werden ja auch hits genannt ja? aber was hat es jetzt mit dem high scoring segment pair (HSP) auf sich?
es ist doch so dass die query-sequenz in teilstücke zerlegt werden (wie nennt man diese teilstücke oder gibts dafür keinen namen?). mit diesen teilstücken wird dann die datenbank nach übereinstimmungen durchsucht. also es wird geguckt ob die teilstücke der query auch in anderen sequenzen (Datenbank) vorkommmen? wie nennt man dann die übereinstimmungen die gefunden werden? Matches? HSPs? und die Übereinstimmungen werden ja dann nach beiden richtungen verlängert solange der Score zunimmt. wenn er abnimmt ist der vorgang beendet. und dann hat man das paarweise lokale alignment oder? ist das so richtig?

Meine Ideen:
ich bitte ganz dringend um Hilfe!!! Vielen Dank schon mal!

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Hi,

Blast zerlegt bzunächst deine eingebene Sequenz (query) in kurze Teilstücke (Wörter/words) deren Länge je nach Einstellung oder Art der Eingabe (Protein oder Nukleotidsequenz) verschieden ist.

Für die Liste der Wörter wird eine Liste der Alignments mit einem bestimmten Score erstellt. Mit dieser Liste wird dann die Datenbank asbgfesuicht und wird da ein Treffer mit dem passenden Score gefunden hast du ein HSP das verlängert wird bis der Score sinkt.
Für den Score sind Matches (passende Aminosäure/Base), Mimatches (nicht passend) und je nach Einstellung gaps (Lücken unterschiedlicheStrafen für Eröffnung und Verlängerung) wichtig.

Aus allen gefundenen Alignments generiert Blast dann eine Liste mit Parameteren wie Score und E value.

Was noch wichtig ist: Blast liefert im allgemeinen gute Ergebnisse, es müssen aber nicht die best möglichen sein, Blast arbeitet um schnell sein zu können mit einem greedy Algorithmus und kann so einmal gemachte Fehler nicht mehr korrigieren.

LG Firelion

benjamin56 · Gast

aber was sind jetzt bei blast lokale und paarweise alignments? ich muss das irgendwie mit reinbringen aber weiß im moment nicht wie. und die HSPs sind dann praktisch die ergebnisse die mir am ende der suche ausgegeben werden bei denen auch evalue usw angegeben werden? bei mir ist das problem, dass es irgendwie viele begriffe gibt die ich nicht einordnen kann. wie eben hit, lokales und paarweises alignment, HSP, etc. hoffe du kannst mir da nochmal helfen!

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Lokale Aligbnments= nur teile der Sequenzen werden alignt und nicht die ganze Sequenz.
paarweise alignment= Alignment zweier Sequenzen im Gegensatz zum multiplen Alignment.

HSP= Die Wörter der länge K die bei einem Alignment mit den Wörtern der Länge k, die aus der eingebenen sequenz einen gewissen Score erreichen oder überschreiten mit denen dann die Datenbank abgesucht wird.
Hit=Treffer = alle Ergebnisse der Datenbanksuche.

Also ein Beispiel:
Du hast deine Sequenz EINTEST.
Die zerhackstückelt Blast in Wörter der Länge K (zum Beispiel=3) Dann erhälst du die Wörter EIN, INT, NTE, TES, EST.
Für jedes dieser Wörter generiert Blast eine Liste aller möglichen 3 Buchstabenwörter (indioesem Falle aus dem Alphabet der Aminosäuren) und vergleicht diese mit dem Wort. Dann komt es darauf an wie hoch der Score ist: Iat er kleiner als die Schwelle vergisst Blast das Wort für das Wort aus der Liastwe wieder, ist er mindestens so groß ist es ein HSP und kommt auf eine neue Liste.

Dann nimmt Blsst die Liste der HSP und sucht für jedes Wort auf diese Liste die Datenbank ab. Hierbei wird das lokale Alignment dann solange gapfrei in beide Richtungen vberlängert bis der Score nicht weiter steigt. Diese Alignments sindf dann die Hits und werden belistet.

Mit den besten Hits wird dann noxchmal mit der Möglichkeit für gaps alignt,
Dann erstellt Blast eine Liste der Hitzs sortiert nach den Parameteren Score und e- value.

Diese Suche geht insgesamt relativ fix muss aber nicht das aller beste Alignment liefern. Die Interpretation, ob das
passt musst du dann schon treffen, ob die Länge des Alignemts, der Score und der Evalue überzeugend sind oder der Treffer bloss Zufall war. Und Blast kann nur Sachen finden die auch schon in der Datenbank sind.