genbaum

anne56 · Gast

Meine Frage:
Hallo! ich habe genbäume gekommen und würde diese jetzt gerne analysieren aber ich weiß nicht wie ich das machen soll. was sagt mir so ein genbaum und was bedeuten die werte an den zweigen (edges). die werden glaub ich auch als edge weights bezeichnet.

Meine Ideen:
hoffe ihr könnt mir helfen... danke schon mal !

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Normalerweise zeigen diese die Anzahl der Unterschiede, also die Anzahl der Mutationen an. Ohne konkretes Bild wird es aber müßig, darüber zu diskutieren.

anne56 · Gast

hi ich bins nochmal.
und zwar versuch ich grad genbäume zu beschreiben. ich weiß nur nicht wie ich das angehen soll..was gehört da alles rein? ich hab auch ein beispiel ich kann es nur nicht hochladen weil ich nicht registriert bin. aber wenn man auf google bilder geht und gene tree notung eingibt, erhält man versdchiedene beispiele. davon dann das zweite bild von links in der dritten reihe von oben.

es wär echt toll wenn mir jemand anhand das beispiels das erklären könnte!

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Das hier
http://goby.compbio.cs.cmu.edu/Notung/2.6documentation/fig4.html?

Ein Link wäre sinnvoll. Allerdings kann man mit dem Bild wenig anfangen, da die Daten bzw. Abstände nicht angegeben sind.

anne56 · Gast

ja genau das meinte ich. aber ein bild mit werten wäre dann das in der ersten reihe das zweite von links. worauf sollte man denn bei der beschreibung eingehen?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Können wir etwas strukturierter an die Sache gehen? Ich habe gerade den Eindruck, dass du gerade völlig planlos bist.

1. Willst du das Programm oder das allgemeine Prinzip verstehen?

Der erste Teil erfordert bereits das Verständnis des zweiten Teils.

anna56 · Gast

ich will eigentlich nur verstehen, wie ich vorgehen muss, wenn ich einen phylogenetischen baum beschreibe. ich fertige nämlich gerade eine arbeit an und bin momentan bei den ergebnissen, die ich ja erstmal beschreiben muss. mein problem ist dass ich nicht weiß wie ich das machen muss. was gehört da rein?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Du hast eine Matrix von Eigenschaften. Das Programm hat nun berechnet wie groß die Differenzen sind bzw. berechnet einen theoretischen Mittelwert der Eigenschaften und von diesem die Abweichungen. Diese werde auf den Zweigen angegeben. In welcher Einheit das ist, kann ich dir nicht sagen. Das hängt meines Wissens vom Programm und den Einstellungen ab. Manchmal sind es Werte, die eine bestimmte Gewichtung der Eigenschaften beinhalten, manchmal einfach nur prozentuale Angaben.
Bei der Beschreibung kann man entweder unten anfangen, was einfacher ist, oder - ähnlich dem Programm - von einem Organismus ausgeht und immer die nächsten Verwandtschaft herausstellt. Am unteren Ende angekommen ist, wird es dann allerdings schwer, da man dann "um die Ecke" gehen muss und dann die Verwandtschaft eigentlich immer gleich weit von dem Organismus entfernt ist. Das macht nur Sinn, wenn es nicht kompliziert verzweigt ist, wie zum Beispiel bei dem Bild oben mit
den 2 Zweigen (1-4, 5-9).

Also besser unten anfangen. Und wenn du über die allgemeinen Aussagen ("verwandt mit"/spaltet sich in auf") hinauswillst, musst du die Matrix kennen und die Einstellungen des Programms kennen.

anne56 · Gast

Ok. Ich hab ja nun das Programm notung benutzt. Und dann eine reconciliation durchgeführt. Jetzt muss ich ja auch den Baum beschreiben. Mach ich das wieder mit verzweigen usw? Und weißt du was der D/L Score bedeutet und die Upper und lower Bounds?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Was meinst du mit Verzweigung? Du musst dir darüber im Klaren sein, dass man die Bedeutung einer Abbildung beschreibt und keine Bildbeschreibung macht. Der Baum verzweigt sich, ist damit fachlich gesehen nonsense. Die Gruppen spalten sich auf, macht da mehr Sinn.

anna56 · Gast

ja das sich die gruppen verzweigen ist mir klar. doch worauf muss ich denn nun achten wenn ich so einen baum beschreibe der mit nem speziesbaum verglichen wurde (notung)? und wie sieht es mit den anderen fragen aus? also D/L score usw....

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Ich kenne das Programm nicht. Kann dir also zu den Werten nichts sagen. Ist halt ein Maß für die Veränderungen auf dem Zweig. Das müsste aber irgendwo im Programm stehen.

Die Gruppen verzweigen sich nicht. Sie spalten sich auf.

"der mit nem speziesbaum verglichen wurde"
Den Satzteil verstehe ich irgendwie nicht.

anna56 · Gast

bei notung ist es so das ein genbaum mit einem speziesbaum verglichen wird und so die orthologen bestimmt werden. magst du dir vllt mal das manual zu notung 2.6 ansehen? das versteh ich irgendwie nicht was da im zusammenhang mit der parametern steht...das wär echt nett von dir. nochmal zu der verzweigung: man kann doch aber sagen z.b. dass sich eine gruppe durch eine verzweigung in zwei weitere gruppen trennt oder?

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Nicht durch eine Verzweigung. Das ist kein vernünftiges Deutsch. Die Population wird in zwei Populationen gespalten.

Ich habe in den nächsten Wochen wenig Zeit, sodass ich mir das Progi nicht anschauen kann. Erstell einfach einen neuen Thread, in dem du nach der Bedeutung der Werte fragst. Erfahrungsgemäß schauen in einen neuen Thread mehr Leute rein,s odass du eher eine Antwort bekommst.