sequenzen

katrin12 · Gast

Meine Frage:
hi! ich hätte mal ne Frage. Und zwar: wenn ich eine Genfamilie betrachte, dann weisen die Sequenzen, die dazu gehören, ja hohe Ähnlichkeit auf. Müssten die dann nicht auch in ihrer Länge übereinstimmen? Ich hab hier nämlich sequenzen, die alle um die 100 bis 300 AS lang sind und dann eine Sequenz, die über 1000 AS lang ist. Kann das sein? was könnte der Grund dafür sein? und dann noch was. Ich hab eigentlich alle Sequenzen in AS angeben nur eine in Basenpaare. Um die zu vergleichen, muss ich doch jetzt eigentlich nur die Basenpaare durch 3 teilen, da ja jede AS aus 3 Nukleotiden besteht oder?

Meine Ideen:
bitte antwortet. das ist ganz wichtig! Ich dank euch.

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Willst du deine AS-Sequenzen denn nur bezüglich der Länge vergleichen?

Verwandte Proteine müssen nicht unbedingt die gleiche AS-Quantität aufweisen. Es gibt z.B. Rezeptorfamilien, von denen membranständige und lösliche Formen existieren, induzierbare und konstitutiv aktive o.ä.
Löslichen Formen fehlte in dem Beispiel die Transmembrandomäne.
Auf Genomebene kann das z.B. an alternativer Polyadenylierung liegen.
Auch alternatives Spleissen kann eine Rolle spielen, wie z.B. bei der grossen Familie der Immunglobuline. Da spielen auch eine ganze Menge anderer Faktoren noch eine Rolle, wie z.B. Deletionen u.a.

Du müsstest dir also, um das zu beurteilen die genomische DNA-Sequenz anschauen (inklusive der Introns) und zunächst schauen, was dort anders ist. Achte vor allem darauf, ob z.B. im Falle einer Punktmutation eine andere AS kodiert wird oder nicht, ob Deletionen oder Insertionen zur Verschiebung des Leserasters führen oder ähnliches.

Ohne genau zu wissen, was du konkret machen willst, wofür du das brauchst und was du an Daten/Informationen hast, kann ich leider auch nur so schwammig und ungenau antworten, wie es hiermit geschehen ist.

katrin12 · Gast

ich will eigentlich die sequenzen nicht nur hinsichtlich der Länge vergleichen, sondern auch auf deren Ähnlichkeit in den AS hin. Aber wenn ich jetzt gemeinsame Bereiche entdecke, was sagen mir diese? Ich kann doch nicht einfach davon ausgehen, dass es sich dabei um Domänen oder dergleichen, handelt? ich vergleiche übrigens verschiedene Meiosegene miteinander. Also kann die unterschiedliche Länge auf Mutation und Spleißen hauptsächlich zurückgeführt werden?

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

katrin12 · Gast

das dient nur als Übung von der Schule aus. Die Genfamilien sind STAG3 und Hop2.

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Dann machte es mal Sinn, wenn du den Wortlaut der Aufgabe mitsamt den dazugehörigen Informationen formulierst und welche Überlegungen dir so hinsichtlich des Lösungsansatzes durch den Kopf gehen.

katin12 · Gast

kann man nicht auch sagen, dass wenn man z.b. eine Genfamilie anguckt und dort einige ähnliche oder sogar konservierte Bereiche sind, dass das vllt. Domänen sein könnten? so als schlussfolgerung oder was könnte das denn noch sein?

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Na ja, streng genommen kann man das erst, wenn man sich das Protein anschaut und sieht, dass die Homologien/Konservierungen sich tatsächlich auch in der Faltung widerspiegeln.
Wenn natürlich so grosse Bereich konserviert sind, dass sagen wir mal 80% Homologie auf DNA-Ebene und 90% auf Aminosäureebene konserviert sind und von den verbleibenden 10% verschiedener Aminosäuren noch ein Grossteil zumindest Ladungsgleichheit hat, dann handelt es sich schon um ein hochkonserviertes Protein.

Wie du das allerdings bei einem Konservierungsgrad von 50% auf DNA- und 55% auf Proteinebene beurteilst, ist dann mehr oder weniger willkürlich.

Man muss sich das halt genau anschauen.