Paper bewerten

Nussini1991 · Anmeldungsdatum: 14.03.2013 Beiträge: 1

Meine Frage:
Hallo ihr lieben,

ich weiß, dass ich wahrscheinlich mit meiner Frage hier völlig falsch bin, ich weiß jedoch nicht genauo, wo ich die Frage sonst stellen sollte.

Im Zuge einer Hausarbeit soll ich ein Paper bewerten, und weiß nicht wirklich, wie ich da ran gehen soll. Zur info: das Paper handelt über ein Protein, dass im Gehirn Glioblastome unterdrückt. Hier kurz der Link dazu: http://brain.oxfordjournals.org/content/133/7/1961.long

Ich soll praktisch bewerten, ob bei dem Paper wissenschaftlich korrekt gearbeitet wurde und eben bewerten, was auch immer genau damit gemeint ist. Leider bin ich erst im 3ten Semester und ich so noch nicht sehr viel Ahnung von Publikationen und erst recht nicht, ob diese gut sind.

Woran kann man denn festmachen, ob das Paper gut oder schlecht ist? ich finde irgendwie keinen konkreten Anhaltspunkt, obwohl ich das Paper verstehe. Vielleicht kennt sich jemand mit solchen Dingen aus und kann mir sagen, woran ich eine Bewertung festmachen kann.

Vielen vielen Dank im Voraus :)

Liebe Grüße

Meine Ideen:
siehe oben

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Wie funktioniert denn (natur-)wissenschaftliches Arbeiten? Da gibt es einen festen Ablauf an Schritten.

Was muss man bei der Versuchsentwicklung beachten?

Ich habe das Paper zwar nicht gelesen, aber auf diese Punkte musst du es überprüfen.

Nussini19 · Gast

das weiß ich schon, aber das reicht hier wohl nicht aus, sonst wäre das Paper wohl kaum veröffentlicht worden oder?

wenn ich mir das Paper anschaue, fällt mir leider irgendwie rein gar nichts auf, was wissenschafltich nicht korrekt ist. Der Ablauf stimmt, es wurde richtig zitiert, es wurden Kontrollen bei der Versuchsdurchführung verwendet, zu jedem Versuch sind die benutzten Materialien und Methoden sowie die Ergebnisse schriftlich als auch graphisch dargestellt. Alles ist da, deswegen tu ich mir grad so schwer, etwas zu finden, bei dem ich wirklich sagen kann, DAS hätte man besser machen können.

Vielleicht eines (bin mir nicht sicher, ob das wirklich so stimmt): Die Ergebnisse wurden im Results Teil schriftlich nur jeweils kurz an einem Satz festgemacht und die wirklichen Ergebnisse in Zahlen finden sich nur in der Graphik und der dazugehörigen Bildunterschrift wieder. Aber das stimmt wohl auch so oder? unglücklich

Liebe Grüße

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Nussini1 · Gast

vielen vielen Dank! smile

das hilft mir jetzt auf jeden Fall schon mal weiter.. ich bin mir allerings immer etwas unsicher, wenn ich versuche, etwas zu bewerten. muss man bei ALLEM Kontrollen mitführen?

Nur als Beispiel: bei einem Versuch wurde das mRNA-Expressionslevel mittels quantitativer real-time PCR von BMP-1 bis -8 in Astrozytomzellen einer Maus untersucht. Als Ergebnis wurde eine Graphik angegeben, (Balkendiagramm), was die einzelnen Expressionslevel der Proteine anzeigt, wobei sich eines (BMP-7) durch eine erhöhte Expression hervorhebt. Allerdings ist außer der Expressionslevel der 8 Proteine keine wirkliche Kontrolle angegeben. Muss eine Kontrolle hier auch mitgeführt werden und wie könnte die hier aussehen?

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Prinzipiell musst du immer Kontrollen mitführen.
Bei einer qRT-PCR erzielst du nun quantitative Ergebnisse und es kommt darauf an, ob du eine absolute oder eine relative Quantifizierung vornehmen möchtest, welche Kontrollen sinnvoll sind. In jedem Falle aber benötigst du eine interne Standardisierung im Sinne einer positiv-Kontrolle. Das könnte z.B. so aussehen, dass du definierte Konzentrationen eines Plasmids mitlaufen lässt, auf die du deine Werte nachher "bereinigst". Auch das Mitlaufen einer "housekeeping"-Sequenz (Aktin, GapDH oder wie auch immer) ist oft sinnvoll, gerade, wenn es sich um Ergebnisse aus Transfektionsexperimenten handelt.
Meistens sind die in einem Diagramm angegebenen Werte aber bereits intern "bereinigt".
Ferner solltest du vermeiden, dass andere Sequenzen als die Gesuchten amplifiziert werden. Wenn allerdings bereits in anderen Laboren verifizierte Primer verwendet wurden, haben die das eigentlich schon gemacht. Wenn du allerdings ein Primerset erstmals testest, wäre das eine wichtige Kontrolle.

Wenn hier lediglich vergleichend verschiedene Zelltypen gegeneinander relativ verglichen werden, reicht eine interne Standardisierung. Die Balken werden aber diesbezüglich bereits bereinigt sein, würde ich vermuten.
Bei SYBR-Green brauchst du auch immer einen Referenz-Floureszenspuffer (meistens ROX).

Nussini · Gast

vielen Dank smile

also ich denke wohl, dass es dann hierbei nicht unbedingt notwendig ist, die Kontrolle anzugeben. Schade, hab ich wohl wieder nichts zu meckern Grins

Das Ding ist ja, dass eine Bewertung auch durchaus positiv ausfallen kann und ich es wohl dann dabei belassen werde, dass es sich hierbei um ein vorbildliches Paper handelt. Kann man anhand der wissenschaftlichen Institution auch darauf schließen, wie "seriös" bzw. gut eine Publikation ist? Das Paper, welches ich analysieren soll, stammt vom Max Delbrück Zentrum für Molekulare Medizin und scheint mir doch sehr gut aufgebaut zu sein und wurde darüber hinaus in vielen Online-News-Seiten wie z.B. von Springer-Medizin zitiert. Ich weiß, das muss nichts heißen, aber ich finde einfach nichts das irgendwie den Anschein macht, falsch zu sein.

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Das hat mir mein Biochemie-Prof. auch gesagt. Vor etlichen Jahren hat man extra Leute mit einem fotografischen Gedächtnis eingekauft, damit sie die DNA-/RNA-/Protein-Sequenzen einer Präsentation aufschrieben, auch wenn sie nur kurz (1 Sek.) gezeigt wurden.
Der Trend ging nämlich dahin, dass man die Sequenzen immer kürzer zeigte, weil man merkte, dass die Konkurrenz es schnell sequenzierte und gleichzeitig mit weitergehender Forschung began, sodass sie keinen Zeitnachteil mehr hatten und bei entsprechender Ausstattung sich einen Vorteil verschaffen konnten.

Danach gab es den nächsten Trick: Man baute bewusst Fehler in die Sequenz der Präsentation. Allerdings waren natürlich immer noch über 90% richtig, sodass es den Nachmacher nur leicht zurückwarf.