Standardkurve

Apefelbaum · Gast

Meine Frage:
Wie erstellt man eine Standardkurve, um anhand dessen die Effizienz für eine PCR reaktion zu ermitteln?

Gegeben habe ich:
Ct Werte und Anzahl von PrP^I

Ich bitte euch um Lösungshinweise :)

Meine Ideen:
Diese Formel habe ich gefunden:

log Y = log X + n log ( 1 + E )

verstehe sie aber nicht (weiß nicht welche Werte man einsetzen darf und ob sie überhaupt für Lösung meiner Frage >> Standardkurve erstellen<< wichtig ist

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Was hast du genau gemacht und was möchtest du auswerten?

Möchtest du wirklich die Effizienz deiner Reaktion messen oder die Menge an Ausgangsmaterial in einer oder mehreren Proben?

Apefelbaum · Gast

Ich möchte diese Tabelle auswerten und die Effizienz davon ausrechnen:
(soll übrigens eine Tabelle sein Big Laugh

)

Anzahl PrP^I Moleküle_____10^13/ml_10^11/ml__10^9/ml__10^5/ml__10^4/ml

Cq-Werte_______________ 14,4______19,0______ 25,3_____37,9______42,9

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

ich bin mir noch immer nicht im Klaren, was du genau machst. Untersuchst du Polymorphismen in Prion-Genen, oder anders: heisst PrP Prion-Protein? Falls ja, geht es hier vermutlich um die Prion-Gene, also eigentlcih nicht um die PrP-Moleküle, oder? Und was ist der Cq-Wert? oder meinst du den cycle-threshhold (Ct)?

Wenn du definierte Molekülzahlen eingesetzt hast, steigt natürlich der Ct-Wert entsprechend der DNA-Menge im Ausgangsmaterial, also übersteigt die Floureszens nach einem früheren Zyklus den Hintergrundwert. Um deinen Ct-Wert mit der Ausgangsmenge zu korrellieren, zeichnest du zunächst einmal einen Graphen, der durch ein Koordinatensystem läuft, dessen eine Achse den Ct-Wert und dessen andere Achse die Ausgangsmenge beschreibt. Dann kannst du eine Probe mitlaufen lassen und anhand des Ct-Wertes in der Probe die Menge des Ausgangsmateriales bestimmen, das in der Probe war.

Wenn du die Effizienz im Sinne eines Pareto-Optimums bestimmen möchtest, bräuchtest du meines Erachtens verschiedene Ansätze, in denen verschiedene Parameter variieren, wie z.B. die Primermenge oder die Nukleotidkonzentration oder die Sonde oder was auch immer. Dann könntest du anhand der veränderten Parameter die Pareto-Front bestimmen, also die optimalen Konzentrationen von allen zugesetzten Stoffen, um ein Höchstmass an Effizienz zu erhalten.
Ansonsten ist mir noch nicht ganz klar, was für eine Effizienz du bestimmen möchtest.

Apefelbaum · Gast

Die Aufgabe stammt aus der diesjährigen Bioolympiade. Daher bitte ich um kleine Tipps zur Aufgabe 4e). Vielleicht basieren die vorigen Aufgaben ja darauf und sagen mehr aus, was ich genau machen soll.

Ich danke dir für deine Hilfe. smile

)

Apefelbaum · Gast

Hier die Internetseite:

wettbewerbe.ipn.uni-kiel.de/ibo/

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Jörg hat dir schon den Weg beschrieben. Nun musst du ihn nur noch finden, verstehen und umsetzen.
Erstell erst einmal das Diagramm. Dazu musst du erst einmal überlegen, wie du die Achsen skalierst. Und dann überleg, welche Ausgleichsfunktion wahrscheinlich passt. Dort steht ja nicht, dass du die Formel angeben musst. Das kannst du wahrscheinlich nur mit Excel und Co angeben lassen.