RNAi - Spezifität des DICER

Fexx · Anmeldungsdatum: 05.11.2011 Beiträge: 279

Moin zusammen,

Wenn ich das richtig verstanden habe, prozessiert der DICER sowohl die mi-RNA indem er die pre-miRna entsprechend schneidet. Ebenso sorgt der DICER für die Entstehung von siRNA, indem er dsRNA, die nicht zelleigen ist, zerschneidet.
Sofern das soweit richtig ist, wäre meine Frage, inwiefern der DICER spezifisch ist. Ich dachte, der wäre nur struktur- und nicht sequenzspezifisch und schneidet generell doppelsträngige RNA, egal ob das pre-miRNA oder "fremde" dsRNA ist. Aber wenn das so wäre, warum scheidet er dann nicht auch sämtliche andere RNAs der Zelle, die nur in irgedneiner Form doppelsträngig sind?
Die meisten RNAs bilden doch dopplesträngige bereiche aus (tRNAs z.B.), oder?

Wonach wird von Dicer also die RNA ausgewählt, die zerschnitten wird, wenn nicht allein über doppelsträngige Strutkur einer RNA?

Gruß,
Fexx

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Zum einen spielt die subzelluläre Lokalisation der RNA eine Rolle. Der RISC-Komplex bindet normalerweise an RNA, die in sog. "processing-bodies" lokalisiert ist, also typischerweise mRNA.

Aber du möchtest ja wahrscheinlich nicht auf die Degradation der Ziel-RNA hinaus, sondern auf die Prozessierung der si-/miRNA.
Dazu müsste man sich zunächst die Exportschritte verschiedener RNA aus dem Zellkern vergegenwärtigen, zumindest bei miRNA: Verschiedene Exportgüter sind mit verschiedenen "Adressen" versehen, also mit Proteinen beladen, die das Schicksal der RNA bestimmen. Diese Proteine sind für miRNAs spezifisch und rekrutieren dann z.B. Dicer.
Bei den siRNAs (zumindest bei den exogenen) verhält es sich ähnlich, nur dass diese ja nicht exportiert werden muss, sondern cytosolisch prozessiert wird.
Wenn man sich das Enzym Dicer anschaut, so verfügt es über vier Proteine mit zwei RNAse- und einer sog. Paz-Domäne und ist Bestandteil der Prozessierung, aber auch der Rekrutierung der Ziel-RNA zum RISC-Komplex und ich glaube ein Dicer-Protein hat sogar Anteil an der Degradation. Dieses Schicksal wird bereits bei der Transkription der miRNA "festgelegt".

Du kannst dir eine Zelle also nicht als einen "leeren" Raum vorstellen, wo sich alles zufällig trifft, sondern wir müssen es eher als eine logistische Steuerzentrale begreifen, in der alles einander zugeordnet wird. Also selbst wenn Dicer tRNA schneiden könnte (was es auch z.B. deswegen nicht kann, weil die Sekundärstruktur eine andere ist und die freien Enden der tRNA vor Degradation geschützt werden), würden sie sich sehr wahrscheinlich gar nicht so konkret nahe kommen, dass das möglich wäre. Aber wie gesagt, RNA-erkennende Proteine erkennen ihre Ziele häufig an speziellen Sequenzen oder wie hier an einer speziellen Struktur.