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Statistik Assoziationstest
 
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cajo



Anmeldungsdatum: 26.10.2008
Beiträge: 162

BeitragVerfasst am: 17. Dez 2015 19:54    Titel: Statistik Assoziationstest Antworten mit Zitat

Hallo Zusammen,
eine statistische Frage: Mit welchem (einfach bzw. mit Excel durchführbaren) Test kann ich auf Korrelationen bzw. Assoziationen testen? Konkret würde ich gern schauen, ob die Expression zweier Gene korreliert oder nicht (in mehreren Zelllinien).

Hier mit Beispiel-Fold-Change-Werten:
Zelllinie A - Gen X = +3; Gen Y = +4
Zelllinie B - Gen X = +5; Gen Y = +2
Zelllinie C - Gen X = +1; Gen Y = +3
usw.

Herzlichen Dank!
cajo
Hedera



Anmeldungsdatum: 08.03.2011
Beiträge: 657

BeitragVerfasst am: 18. Dez 2015 10:11    Titel: Antworten mit Zitat

Das kann man nicht so einfach pauschalisieren.

Also du hast Zelllinien und zwei Gene?

Willst du wissen ob es Unterschiede in den Zelllinien gibt oder nur ob die Expression korreliert?

Falls du nur wissen willst ob es eine Korrelation zwischen Gen 1 und Gen 2 gibt, versuch erstmal ne Pearson- oder Spearman-Korrelation.
Mach daher einfach ein xy-Diagramm mit Gen2 gegen Gen1 und trag ne Trendlinie ein. Lass dir dann das Bestimmtheitsmaß anzeigen. Den Korrelation-Koeffizient, also dein Bestimmtheitsmaß kann du dann mit einer relativ leichten Formel auf signifikanz Prüfen (basierend auf der t-Verteilung).

Falls das für dich in Frage kommt, suche ich dir die Formel raus. Habe dazu grade leider keine Zeit.
Falls nicht, musst du dein Setup nochmal genauer erklären. Ich sage dir aber schon im voraus, dass du Excel für Statistik vergessen kannst. Ein paar Dinge gehen, aber das wars dann schon und gehen tuen sie auch nicht gut.
cajo



Anmeldungsdatum: 26.10.2008
Beiträge: 162

BeitragVerfasst am: 21. Dez 2015 10:54    Titel: Antworten mit Zitat

Hedera hat Folgendes geschrieben:
Falls das für dich in Frage kommt, suche ich dir die Formel raus. Habe dazu grade leider keine Zeit.

Ja tut es. Wäre super!

Hedera hat Folgendes geschrieben:
Ich sage dir aber schon im voraus, dass du Excel für Statistik vergessen kannst. Ein paar Dinge gehen, aber das wars dann schon und gehen tuen sie auch nicht gut.

Welches Programm (idealerweise freeware) würdest du denn empfehlen?

Herzlichen Dank!
Hedera



Anmeldungsdatum: 08.03.2011
Beiträge: 657

BeitragVerfasst am: 21. Dez 2015 12:28    Titel: Antworten mit Zitat

Ich habe zufällig den Test online gefunden:

http://www.psychometrica.de/korrelation.html#testZero

Du musst da "3. Prüfung auf lineare Unabhängikeit" berechnen.
Sollte die selbe Rechnung sein, die ich dir sonst vorgeschlagen hätte.

Statistikprogramme sind leider immer sehr teuer. Es gibt aber genau eine Alternative und diese ist sogar besser als jedes Statistikprogramm und eben Freeware.
Natürlich (wie es nun mal immer so ist) gibts aber auch einen Haken:
Das Programm ist nicht sehr intuitiv und du brauchst schon ein bis zwei Woche bis du damit umgehen musst. Aber wenn du es kannst, kannst du damit extrem viel machen.

Das Programm heißt R und wird vorallem in der Biologie immer häufiger eingesetzt.

https://cran.r-project.org/

Wenn du damit arbeiten möchtest empfehle ich dir noch R-Studio. Das ist eine graphische Benutzeroberfläche, die das arbeiten vereinfacht.

https://www.rstudio.com/

Tutorial gibts ohne Ende. Dafür einfach mal R-Tutorial googlen.
Hier mal ein Tutorial für statische Auswertunge:
http://www.fe.ethz.ch/people/cbigler/projects/R/tutorial_alt.pdf
(Qualität kann ich nicht beurteilen, habe ich selbst grade erst gegooglet)

Das schön an R ist, dass du damit noch ganz andere Sachen machen kannst. Es gibt dafür so zu sagen Erweiterungen, mit denen du dann Genexpressionsdaten auswerten kannst, Bildanalyse betreiben kannst und noch vieles Mehr.

Und das Schöne: Es kostet die genau 0 €.
cajo



Anmeldungsdatum: 26.10.2008
Beiträge: 162

BeitragVerfasst am: 22. Dez 2015 19:26    Titel: Antworten mit Zitat

Super, danke für die Hilfe!!! Ich schaue mir dieses R mal genauer an... :-)
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