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Genom-Sequenzierung
 
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Rotfuchs



Anmeldungsdatum: 06.02.2017
Beiträge: 17

BeitragVerfasst am: 01. Jun 2018 22:25    Titel: Genom-Sequenzierung Antworten mit Zitat

Hey smile

Ich habe einige Fragen zu den ersten Sequenzierungs-Verfahren und würde mich freuen, wenn mir jemand weiterhelfen könnte. In meinen Unterlagen finde ich leider keine weitere Infos als den groben Ablauf, aber ich glaube es handelt sich um ein Shotgun-Verfahren.

Zum Ablauf:
Man denaturiert die DNA und fragmentiert sie. Dann gibt man diese Fragmente in BAC-Vektoren und klont sie und sequenziert einige davon ganz, die meisten aber nur an den Enden der Sequenzen. (Wieso nicht alle ganz? Ist das einfach nicht nötig?) Man legt sie in Contigs und sucht nach Überlappungen. Nur die minimale Anzahl an Klonen wird behalten. Diese BACs werden sequenziert.

Wieso macht ich das?! Ich schneide die Fragmente ja somit eigentlich nur aus, um sie am Ende wieder zusammenzukleben- man hat da halt einpaar mehr Kopien von der DNA, aber dadurch weiß ich doch noch immer die Sequenz nicht!? Oder hat das etwas mit der Länge der Sequenzen zu tun? Das ganz lange Stücke nicht sequenziert werden können und sie daher zuerst fragmentiert werden müssen? Wofür brauch ich dann die BACs?

Ich bitte ganz dringend um Hilfe!
Lg, Rotfuchs
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3537
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 11. Okt 2018 01:56    Titel: Antworten mit Zitat

Genau. Die Länge der Sequenz ist das Problem. Man kann sicher nur eine bestimmte Länge sequenzieren und danach auch analysieren. Ob es nun 100 oder 101 Basen sind, ist mit einem relativ großen Fehler behaftet. Zwischen 10 und 11 kann man aufgrund des größeren prozentualen Unterschieds besser unterscheiden.
Die BACs brauchst du um lange DNA-Abschnitte "sortenrein" vervielfältigen zu können. Durch die Wahl anderer Primer könntest du dann Schritt für Schritt kleine Abschnitte analysieren.

_________________
Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen.
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