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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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 Verfasst am: 27. Jan 2006 16:54 Titel: offener Leserahmen |
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Hier ein Beispiel einer DNA-Sequenz:
5´TAAACTTTTCTTGCTTTTCTTCTTTTTTACCGAACACGTTCATTTGTGAAGCTGAGCTGA3´
Nun Fragen dazu:
Wie viele verschiedene Leserahmen können therotisch in dieser DNA vorkommen?
Welcher dieser Leserahmen ist "offen, d.h. nicht durch ei9n Stoppcodon unterbrochen?
Wie lautet die Aminosäuresequenz des kodierten Proteinabschnitts?
Danke
Lg iceicelady |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 28. Jan 2006 17:36 Titel: Re: offener Leserahmen |
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| iceicelady hat Folgendes geschrieben: |
Wie viele verschiedene Leserahmen können therotisch in dieser DNA vorkommen?
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Drei. Je nachdem, ob du beim T, beim ersten A oder beim zweiten A anfängst.
| Zitat: |
Welcher dieser Leserahmen ist "offen, d.h. nicht durch ei9n Stoppcodon unterbrochen?
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Das kriegst du doch wohl selbst raus, oder?
(Tipp: Übersetzen in mRNA und dann mit der Codesonne vergleichen.)
| Zitat: |
Wie lautet die Aminosäuresequenz des kodierten Proteinabschnitts? |
Auch das kannst du mit Hilfe der mRNA und der Codesonne raus finden.
_________________
Wie poste ich falsch?
Nachdem ich Google, die FAQs & die Boardsuche erfolgreich ignoriert habe, erstelle ich 2-5 neue Themen in den falschen Unterforen mit kreativem Titel & undeutlichem Text, unter denen sich jeder etwas anderes vorstellen kann. |
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 15:52 Titel: |
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danke, tut mir leid ich hab im Eifer des Gefechts wohl etwas zu wenig nachgedacht.... |
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 16:08 Titel: Re: offener Leserahmen |
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[quote="Karon"] | iceicelady hat Folgendes geschrieben: |
Wie viele verschiedene Leserahmen können therotisch in dieser DNA vorkommen?
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Drei. Je nachdem, ob du beim T, beim ersten A oder beim zweiten A anfängst.
Ich habe doch noch eine Frage:
Ein ORF muss doch immer mit einem Startcodon (AUG) beginnen. Hier finde ich aber keins?!?!?
Ein Leserahmen geht von einem Startcodon bis zu einem Stopcodon, oder?
Liebe Grüße |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 16:14 Titel: |
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Ich denke, hier geht es einfach darum, herauszufinden, wie viele LeseRASTER möglich wären (abgesehen von einem Startcodon).
Ansonsten hast du natürlich recht. Wenn in keinem der drei Leseraster ein Startcodon vorkommt, dann kann dieses Stück DNA so nicht transkribiert werden (so genau habe ich mir die Sequenz aber ehrlich gesagt gar nicht angesehen  ). Aber, ich denke, das ist für diese Aufgabe unerheblich.
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Wie poste ich falsch?
Nachdem ich Google, die FAQs & die Boardsuche erfolgreich ignoriert habe, erstelle ich 2-5 neue Themen in den falschen Unterforen mit kreativem Titel & undeutlichem Text, unter denen sich jeder etwas anderes vorstellen kann. |
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 16:24 Titel: |
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gut, danke fürs vor allem schnelle antworten  |
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 16:52 Titel: |
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| Karon hat Folgendes geschrieben: | Ich denke, hier geht es einfach darum, herauszufinden, wie viele LeseRASTER möglich wären (abgesehen von einem Startcodon).
Ansonsten hast du natürlich recht. Wenn in keinem der drei Leseraster ein Startcodon vorkommt, dann kann dieses Stück DNA so nicht transkribiert werden (so genau habe ich mir die Sequenz aber ehrlich gesagt gar nicht angesehen ). Aber, ich denke, das ist für diese Aufgabe unerheblich. |
hm ich hab mir das jetzt noch einmal durchgedacht ujnd ich komm einfach nicht drauf, was du als Leseraster hier siehst.
Kannst du mir bitte noch sagen von wo bis wo bei dir die Leseraster gehen? |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 17:40 Titel: |
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na, wie ich im ersten posting schon geschrieben hatte:
du fängst einmal beim T an, einmal beim ersten & einmal beim zweiten A. Dann hast du drei mögliche Leseraster.
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Wie poste ich falsch?
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 17:44 Titel: |
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und wie weit gehen die Leseraster?
Sorry dass ich etwas lästig bin.. |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 17:46 Titel: |
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wenn kein Stopcodon dazwischen liegt, würde ich sie einfach bis zum Ende übersetzen.
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 17:50 Titel: |
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ja, aber ein Stoppcodon ist ja zum Beispiel AUG, in der DNA kommt allerdings ja kein Uracil vor...Soll man sich das Uracil statt Thymin einfach dazudenken? |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 18:04 Titel: |
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Nein, du musst die ganze DNA erst in die mRNA übersetzen!
Erst dann kannst du schauen, ob du irgendwo ein Start- oder Stopcodon hast und wie die Aminosäuresequenz aussieht.
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 18:06 Titel: |
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ich weiß ich stell mich wohl etwas dumm an...theoretisch is es meistens etwas einfach
aber wie übersetze ich das richtig?
einfach T durch U ersetzen? |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 18:10 Titel: Re: offener Leserahmen |
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| iceicelady hat Folgendes geschrieben: |
5´TAAACTTTTCTTGCTTTTCTTCTTTTTTACCGAACACGTTCATTTGTGAAGCTGAGCTGA3´
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Du musst die komplemetären Basen nehmen.
T paart mit A, A mit U und G mit C.
Ich mach einfach mal den Anfang für dich:
TAACTT wird zu AUUGAA
Jetzt klarer?
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iceicelady
Anmeldungsdatum: 01.10.2005
Beiträge: 50
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 18:11 Titel: |
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ok, dankeschön, dass du alles immer so schön erklärst
wirklich sehr lieb von dir |
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 18:13 Titel: |
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Bitte schön. Kein Problem.
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arabidopsis
Anmeldungsdatum: 21.04.2005
Beiträge: 37
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| Verfasst am: 29. Jan 2006 19:40 Titel: Leider falsch! |
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Hallo,
natürlich kannst Du in der vorgegebenen Sequenz T durch U substituieren. Angenommen, daß es keinen komplementären DNA-Strang gibt (ssDNA) gibt es drei ORFs (open reading frames). Anschließend folgt die Suche nach den Stopcodons TAA, TGA und TAG. Damit fallen schon die ersten beiden ORFs weg. Deine gesuchte AA-Sequenz lautet also: N F S C F S S F L P N T F I C E A E L. Du kannst deine DNA-Sequenz z.B. hier translatieren lassen: http://us.expasy.org/tools/dna.html
Anmerkung: Du solltest natürlich schon die Prinzipien verstanden haben um auch im "Notfall" (Stromausfall o. Prüfung) die Aufgaben zu Fuß lösen zu können.
Ich hoffe, daß Dir diese Antwort weiter hilft. |
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