Schmelztemperatur eines Doppelstrangs

CuSith · Anmeldungsdatum: 17.12.2007 Beiträge: 4

Hej zusammen,

im Rahmen eines Projekts bin ich auf folgendes Problem gestossen, welches ich leider bis jetzt nicht lösen konnte unglücklich

Ich hoffe hier kann mir einer von Euch helfen.

Ich soll/will die Schmelztemperatur (Tm) eines Doppelstrangs nach der Nearest Neighbor Methode berechnen, hierzu habe ich folgende Eingabeparameter:

(i) Der Strang hat eine beliebige Länge
(ii) Die Eingabe liegt als Doppelstrang vor, wobei an beiden Enden ein sticky-end auftreten kann.

Dabei stellen sich mir folgende Fragen:

(i) Wir die Schmelztemperatur nur auf der Länge des Doppelstrangs (ohne die Überhänge) berechnet, oder z.B. auf einem Strang komplett?
(ii) Die Enthalpie/Entropie-Werte in den Tabellen (z.B.: http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_denaturation ) beziehen sich ja immer auf ein benachbartes Paar - wie berechne ich den Wert bei einer ungeraden Zahl an Basen?
(iii) Des weiteren stellt sich die Frage wie die terminalen Basen zu berechnen sind. Dürfen/können/müssen sie schon in den bereits berechneten Paaren liegen?

Auch zu der Formel selber habe ich noch eine Frage:

Woher bekomme ich die initialen Konzentrationen c1, c2? (c2 müsste ja zu vernachlässigen sein, da ich bereits einen Doppelstrang habe, oder?) Gibt es Richtwerte für c1?

Ich hoffe einer von Euch hat zumindest teilweise Antwort auf meine Fragen,
LG aus HH
BO