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mischa
Anmeldungsdatum: 22.04.2008
Beiträge: 8
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 Verfasst am: 22. Apr 2008 18:11 Titel: DNA Sequenzierung |
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Hi, ich habe im net viele verschieden Methoden gefunden. Kann mir jemand sagen, was die übliche Methode ist mit der man heutzutage sequenziert und wie das funktioniert?
wäre super nett.
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Andi
Anmeldungsdatum: 14.11.2006
Beiträge: 124
Wohnort: NRW
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 18:45 Titel: |
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soweit ich weiß benutzt man die Gelelektrophorese.
Genau erklären kann ich es dir nichtmehr.
Ungefähr:
Die DNA (durch PCR vervielfältigt), die sequenziert werden soll, wird durch restriktionsenzyme an verschiedenen stellen aufgeschnitten, sodass unterschiedlich große Stücke entstehen.
Da die restriktionsenzyme gezielt an bestimme stellen gehen um dort zu schneiden. (zB zwischen Adenin und Thymin), weiß man, dass eines der Teile mit der Base Adenin aufhört.
Da viele (verschiedene) R-Enzyme benutzt werden, und es viele gleiche DNA stränge gibt, hat man auch viele verschiedene DNA-Teile, deren Enden (die base am Ende) man kennt.
Diese werden auf eine Scheibe mit Gel gelegt und an je eine seite der platte kommt eine negative oder positive Ladung.
Die DNA wird vorher Negativ geladen...
Dann werden die DNA-Teile auf der Negativ-geladenen seite der Scheibe in kleine "Taschen" gefüllt und dann wandern sie zur Positiven Seite.
es gibt glaube ich 4 Taschen, eine für A, eine für C, usw.
Dann wandern die DNA-Teile zur positiven Seite.
Je nach Länge der DNA-Teile wandern sie schnell/langsam.
So bilden sich DNA-Banden auf der Scheibe.
Nah an der Negativen Seite sind die längeren, da sie langsam wandern, nah an der positiven sind die kurzen DNA-Teile, da sie schneller wandern.
und Wenn jetzt aus der "Adenin-Tasche" ein Stück näher an der positiven seite ist, als alle anderen, weiß man, dass A wohl am Anfang des DNA-Stranges liegt. (das kürzeste stück DNA wandert ja am schnellsten)
wenn knapp dahinter ein Stück aus der Cytosin-Tasche ist, weiß man, dass dies am DNA-Strang an 2. Stelle ist.
Also ist der Anfang AC...
Ich red mir hier nen Ast ab, und ich glaub, das ist recht unverständlich ^^ 
leider hab ich keine schöne Graphik gefunden.
vllt. kann jemand meinen Beitrag auseinandernehmen und zu Klarheit führen^^ |
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mischa
Anmeldungsdatum: 22.04.2008
Beiträge: 8
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 18:49 Titel: |
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DAnke für die zügige Antwort. Die Elektrophorese verstehe ich das ist nicht das Problem. Was ichnihct genau verstehe sind die Schritte davor zB. mit den dNTPs und ddNTPs.....
lg |
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PaGe
Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 19:06 Titel: |
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dNTP = desoxyNTPs = DNA-Bausteine
ddNTPs = didesoxyNTPs = DNA-Bausteine, denen ein wesentliches Merkmal - die 3'-OH-Gruppe fehlt. Dadurch kann die DNA-Replikation nicht mehr fortgesetzt werden, weil die Polymerasen immer ein 3'-OH-Ende benötigen. |
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mischa
Anmeldungsdatum: 22.04.2008
Beiträge: 8
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 19:19 Titel: |
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ok und wozu braucht man das? bzw wieso macht man das überhaupt mit den ddNTPs?
lg |
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PaGe
Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 21:37 Titel: |
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Die Replikation bricht an unterschiedlichen Stellen ab, so dass du (bei ausreichender Anzahl von Relikationen) DNA-Stränge erhälst, die unterschiedlich lang sind und zwar immer 1 Nukleotid länger sind als ein anderes.
Die ddNTPs sind markiert, so dass du feststellen kannst, was die letzte Base bei jedem Strang ist. Ergo kannst du die Sequenz bestimmen.
Ist jetzt sehr kurz, hoffe es hilft trotzdem. |
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DrunkenDevil
Anmeldungsdatum: 14.04.2008
Beiträge: 26
Wohnort: Köln
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mischa
Anmeldungsdatum: 22.04.2008
Beiträge: 8
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| Verfasst am: 22. Apr 2008 21:43 Titel: |
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ja vielen dank, ich denke so langsam dämmert es.... |
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