phylogenetische bäume

bella34 · Gast

Meine Frage:
hallo!
kennt sich vllt jemand mit der maximum likelihood methode aus? ich würde gerne wissen wie diese methode funktioniert. das was ich bisher gefunden habe hilft mir leider nicht weil ich das einfach nicht verstehe. ich hoffe ihr könnt mir helfen!

Meine Ideen:
danke schon mal!

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Was verstehst du genau nicht? Hast du ein konkretes Beispiel?

bella34 · Gast

ich verstehe allgmeine nicht wie das funktioniert. ich arbeite nämlicht grad an einem bericht in dem ich allgemein beschreiben möchte wie maximum likelihood funktioniert um eine phylogenie aufzustellen.

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

Um einen Stammbaum zu bilden, brauchst du ja eine Matrix mit Merkmalen.

Nun stellt sich dir Frage, wann welches Merkmal entstanden ist. Im Prinzip schaut man dann, welches Merkmal nur bei einer Art auftaucht. Dieses muss relativ spät evolviert sein und könnte die letzte Abzweigung darstellen. Nun schaut man, mit welcher Art dieser Art erneut die meisten Gemeinsamkeiten hat. Die scheinen dann wohl eine gemeinsame Stammart zu besitzen und den nächsten Knotenpunkt beschreiben. Und so geht man immer weiter.

Ich denke, dieses Prinzip ist dir bekannt. Nun stellt man aber häufig fest, dass es auch Rückbildungen von Merkmalen und (unerkannte) Konvergenzen gibt, die das Erstellen des Stammbaums erschweren und eben nicht zu eindeutigen Ergebnissen führen, je nachdem welches Merkmal wann zurückgebildet wurde. Man hat nun also mehrere Stammbäume entwickelt. Nun geht es darum, welcher Stammbaum am wahrscheinlichsten die Geschichte widerspiegelt. (Prinzipiell könntest du auch einen Stammbaum entwickeln, bei dem der Mensch vom Insekt abstammt und der Affe vom Fisch. Da gibt es halt sehr viele Konvergenzen. Aber irgendwie widerspricht das dem gesunden Menschenverstand.)

Vereinfacht gehen wir nun davon aus, dass jedes Merkmal die gleiche Wahrscheinlichkeit hat zu entstehen bzw. wieder zu verschwinden. Und zählt man für jeden Stammbaum die Anzahl der Ereignisse. Der Stammbaum, der am wenigsten Ereignisse aufweist, hat die höchste Wahrscheinlichkeit die Evolution darzustellen, da die Wahrscheinlichkeiten ja mulitpliziert werden müssen.

Die Ergebnisse sind natürlich abhängig von der Wahl der Merkmale und die Wahrscheinlichkeit für die Entstehung eines Ereignis sind natürlich nicht immer gleich. Die Entstehung von Grabschaufeln bei einer Maulwurfsgrille sind sehr viel eher zu erwarten als die Evolution des Strickleiternervensystems. In der Regel bezieht man sich heutzutage aber auf DNA-Sequenzen. Da kann man dann weniger mit der Komplexität der Merkmale argumentieren. Allerdings meine ich mal gehört zu haben, dass da bestimmte Basenaustausche für wahrscheinlicher gehalten werden als andere. Wie das genau bewertet wird, hängt dann vom Programm und den Einstellungen ab.