Verfasst am: 16. Nov 2013 22:15 Titel: Pyrosequencing und Ion semiconductor sequencing
Hi,
bei diesen beiden Next Generation Sequencing Methoden wird ja immer nur ein Typ von Nukleotiden hinzugeben und ein Signal zeigt an, dass mindestens ein Nukleotid dieser Sorte hinzugefügt wurde.
Die Intensität des Signals zeigt an wie viele Nukleotide hinzugefügt wurden.
Soweit, so klar.
Aber woher weiß man welche Intensität des Signals für welche Anzahl von Nukleotiden steht?. Eine unterschiedliche Anzahl von Kopien pro Bead, ergibt doch theoretisch auch ein unterschiedlich starkes Signal. Wenn man 5 Kopien vom Fragment hat und 4 Nukleotide hinzufügt werden, müsste das Signal doch genauso stark sein als wenn bei 4 Kopien jeweils 5 Nukleotide hinzugefügt wordn wären. In beiden Fällen würden 20 H+ bzw. 20 Pyrophosphat freigesetzt.
Muss man für jedes Bead die Intensitäten neu bestimmen, einfach das schwächste Signal als 1 definieren und hoffen, dass immer alle Kopien auch verlängert werden?
LG und Danke
Firelion _________________ It is well known that a vital ingredient of success is not knowing that what you’re attempting can’t be done - Terry Pratchett
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