cDNA umwandeln in GeoKoordinaten ?

ChrisB · Anmeldungsdatum: 24.06.2014 Beiträge: 2

Meine Frage:
Hallo,
ich nehme an einem GPS Spiel teil bei dem es die Aufgabe ist anhand von GPS Daten eine Box zu finden. Um die Koordinaten zu ermitteln habe ich nur einen cDNA Code erhalten, den ich irgendwie in Geokoordinaten umrechnen soll. Ggf kommen auch nur Buchstaben heraus. Habe aber so gar keine Ahnung von Biologie.

Und hier die Daten:

tctctctatttacttatatta

tacttttaaagacgaccctctata

tctctttatctttatttgtcaactaaaa

ataacttggacttttaacgaccctctat

acttggacttttaacgaccctctatcta

aaaatacttttaaaaacaaccctttagctatctcttta

tttaacgaccctctatctatctctctatttacttatatta

ctctctaattatcgctgtccctttatctttatttgtcgtc

caaccctttagctatctctttatctttatttgtcaactaa

aattatcgctgtccctttatctttatttgtcgtcataacttggact

tctttatttgtcaactaaaatacttttaaagacgaccctctatactctct

aatacttttaaagacgaccctctatactctctaattatcgctgtccctttatctttatttgtcgtcata

Die Sequenzen oben sollten alle Informationen enthalten, um auf die 174 Basen lange Gesamtsequenz zu kommen.

Zusätzliche Hinweise: Y=U

Meine Ideen:
Ich habe mal gar keine Ahnung von Biologie.

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Hi,

Ich schätze mal du solltest:
1. die cDNA in RNA umschreiben.

T= A

A= U

G= C

C= G

2: die RNA dann in 3er Gruppen aufteilen

3: die tripplets in Aminosäuren überstzen ein Buchstaben Code:
Dafür brauchst du das hier:
Link

Das wäre dann zum beipiel für die ersten 9 Basen:

tct ctc tat

1+2.. AGA GAG AUA
3: REI

usw.

Wie man daraus Koordinaten macht weiß ich nicht.

Viel Spaß und LG

Firelion

ChrisB · Anmeldungsdatum: 24.06.2014 Beiträge: 2

Oh damit hast Du mir schon sehr weiter geholfen, denke ich.
Dann werde ich mich mal ans Werk machen und das alles umschreiben

Wie ich nachher aus REI Koordinaten bastele weiß ich auch nicht genau.
Aber REI könnte ne 32 ergeben hmm.. dass wäre dann der nächste Schritt.

Vielen lieben Dank !!!

Firelion · Anmeldungsdatum: 27.08.2009 Beiträge: 1878

Mir kommt gerade eine Idee:

Zähle biite in deinem Post die A, C, T und Gs.
Sind das mehr als 174? Wenn ja, sind dass die Segmente aus der Shot gun Sequenzierung.
Das heißt du musst die erst einmal zu der 174 Basensequemuz zusammen puzzeln.

Dafür musst du dir die einzenen Fragmente angucken und nach Überlappungen suchen. Für die ersten Fragmente wären das:

tctctctatttacttatatta
----------------- tacttttaaagacgaccctctata.

Dann puzzelst du das zusammen und erhälst:

tctctctatttacttatatcttttaaagacgaccctctata.

Das musst du jetzt für alle Fragmente wiederholen bis du nur noch ein einziges 174 Buchstabenfragment hast.

Dann wandelst du das in RNA um, bastelst daraus 58 Tripplets und übersetzt diese mittels Codesopnne in den ein Buchstabencode. Wenn dann Stoppcodons entstehen, würde ich die als Leerzeichen interpretieren.

Das erste Wort wäre dann REINE.

Viel Spaß beim Zusammensetzen