Erkennen von Polyploidie mittels CGH

Fonsia · Gast

Warum ist es nicht möglich Polyploidie mittels CGH (Comparative genomic hybridization)
Ich vergleiche eine polyploide DNA Probe mit einer Referenz DNA und sehe doch im Ergebniss das meine Probe in allen Chromosombereichen mehr Material besitzt und weiß dass es sich um eine Polyploidie handelt. Oder ist das Problem gar nicht dass ich keine Polyploidie identifizieren kann sondern dass ich nicht sagen kann welcher Polyploidie Grad vorliegt?

jörg · Anmeldungsdatum: 12.12.2010 Beiträge: 2107 Wohnort: Bückeburg

Das kommt -wenn ich deine Frage richtig verstehe- ganz darauf an, wie du die vergleichende Hybridisierung durchführst bzw. designest. Im Endeffekt kannst du schon herausfinden, ob das ganze Genom der Probe über- oder unterrepräsentiert ist oder nur ein Bereich, ob also ggf. eine Duplikation oder eine Deletion eines nur kleineren Bereiches vorliegt.
Wie hoch letztendlich allerdings der Ploidiegrad ist, muss man dann abschätzen oder man vergleicht die Signalintensität mit einer z.B. Tetraploiden Referenz und schaut dann, ob sie z.B. im Vergleich zur diploiden Referenz überrepräsentiert ist, jedoch die gleiche Signalstärke wie die tetraploide Referenz aufweist. Dann wird es sich um eine Tetraploidie handeln. Ist sie beispielsweise immer noch überrepräsentiert, muss der Ploidiegrad entsprechend höher sein.