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VadimdeHui
Anmeldungsdatum: 13.11.2007
Beiträge: 6
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 Verfasst am: 12. Dez 2007 17:58 Titel: Gelelektrophorese |
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Hallo leute,
wir haben eine Probeklausur von unserem Lehrer erhalten.
Es geht dabei um Gittrige Hornhautdystrophie.
Ich komm in der letzten Aufgabe nicht weiter in der es um Gelelektrophorese. Da sind in einer Abb. zwei bahnen die eine gehört nem gesunden kind und die andere dem merkmalträger.
Ich verstehe nicht wie man diese Balken die dort angegeben sind liest was bedeuten die überhaupt?Mir ist wohl klar, dass es sich hier um DNA-Fragmente handelt ja und weiter? was habe ich jetzt davon wie deutet man die teile denn jetzt?
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Karon
Organisator
Anmeldungsdatum: 06.11.2004
Beiträge: 2344
Wohnort: Hessen
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| Verfasst am: 12. Dez 2007 19:06 Titel: |
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Herzlich willkommen im Forum. 
Da ich die Abbildung nicht kenne, nur ganz kurz zur Gelelektrophorese:
Je weiter unten eine Bande ("Balken") zu sehen ist, umso kleiner ist das entsprechende DNA-Fragment.
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Wie poste ich falsch?
Nachdem ich Google, die FAQs & die Boardsuche erfolgreich ignoriert habe, erstelle ich 2-5 neue Themen in den falschen Unterforen mit kreativem Titel & undeutlichem Text, unter denen sich jeder etwas anderes vorstellen kann. |
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Bert
Anmeldungsdatum: 26.09.2007
Beiträge: 82
Wohnort: Niedersachsen
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| Verfasst am: 12. Dez 2007 19:07 Titel: Re: Gelelektrophorese |
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| VadimdeHui hat Folgendes geschrieben: | Hallo leute,
wir haben eine Probeklausur von unserem Lehrer erhalten.
Es geht dabei um Gittrige Hornhautdystrophie.
Ich komm in der letzten Aufgabe nicht weiter in der es um Gelelektrophorese. Da sind in einer Abb. zwei bahnen die eine gehört nem gesunden kind und die andere dem merkmalträger.
Ich verstehe nicht wie man diese Balken die dort angegeben sind liest was bedeuten die überhaupt?Mir ist wohl klar, dass es sich hier um DNA-Fragmente handelt ja und weiter? was habe ich jetzt davon wie deutet man die teile denn jetzt? |
Das sind nicht irgendwelche DNA-Fragmente, sondern definierte Fragmente – sie sind mit einer bestimmten Methode entstanden.
Kennst du die Methode? Wenigstens ihren Namen?
Gelelektrophorese ist eine Trennmethode. Die DNA-Fragmente werden nach ihrer Größe getrennt – sie wandern (in der Elektrophoresekammer) vom Minus-Pol zum Plus-Pol, und das Gel sorgt dafür, daß die Proben nicht vermischt werden, sondern in geordneten Bahnen laufen. Die kleinen Fragmente sind schneller, die größeren langsamer, so daß nach einer bestimmten Laufzeit ein bestimmtes Bandenmuster entsteht. Dieses Muster ist charakteristisch.
Je nach Methode, mit der die DNA-Fragmente hergestellt wurden, kann man beurteilen, welchen Ursprungs die DNA ist. Ob sie von einem gesunden/kranken Menschen stammt, oder ob es sich um ein (bestimmtes) Plasmid eines Bakteriums handelt, oder welche Menschen miteinander sehr nah verwandt sind ...
Um das Bandenmuster genau interpretieren zu können, müßte ich:
1) das Bild (Bandenmuster) sehen
2) die Methode, mit der die DNA-Fragmente hergestellt wurden, wissen
3) den Marker und die Kontrollproben sehen
Aber vielleicht reicht dir schon zu wissen, daß die DNA-Fragmente nach ihrer Größe getrennt sind ...
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Holzhacken ist deshalb so beliebt, weil man bei dieser Tätigkeit den Erfolg sofort sieht. [Albert Einstein] |
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chefin
Organisator
Anmeldungsdatum: 28.04.2004
Beiträge: 1549
Wohnort: Oberhausen
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| Verfasst am: 12. Dez 2007 19:22 Titel: |
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Na ich glaub, ich weiß wie das Bandenmuster aussieht: Der eine Mensch weist zwei Banden auf und der andere eine dicke.
So werden die beiden Allele mit ihren Längen gekennzeichnet: Der eine ist homozygot und der andere heterozygot.
Die Längendifferenz ergibt sich aus einer Deletion im Gen.
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Wissen ist Macht, Nichtwissen macht machtlos |
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VadimdeHui
Anmeldungsdatum: 13.11.2007
Beiträge: 6
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| Verfasst am: 13. Dez 2007 09:57 Titel: |
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die fragmente wurden durch die PCR erstellt, geschnitten wurde die DNA mit der Endonuklease Ava II, ich weiß nicht ob euch das irgendwie hilft^^
das eine bandenmuster weißt einen größeren block und weiter unten sind dann noch zwei kleinere , im zweiten muster ist wieder ganz oben ein größeres ganz unten sind auch wieder diese zwei kleinen und dann ist da noch dazwischen eines...die aufgabe ist jetzt gewesen welche der bahnen auf das gesunde kind verweist und welche auf das mit der hornhautdystrophie.
Ach, außerdem schneidet die Endonuklease die DNA an der sequenz 5`-G/GACC-3`, und bei den erkrankten leuten hat dann eine Punktmutation stattgefunden sodass statt dem letzten C an der Erkennungssequenz ein T ist es also dann so aussieht G/GACT
so mehr ist dazu nicht zu sagen^^
sry dass ich die aufgabe nicht sofort richtig ausführlich erläutert habe.
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VadimdeHui
Anmeldungsdatum: 13.11.2007
Beiträge: 6
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| Verfasst am: 13. Dez 2007 09:59 Titel: |
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sry ich habe das da oben bei der beschreibung des bandenmusters etwas doof formuliert im zweiten muster ist der ein block zwischen den zwei kleinen unten und dem großen block oben
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Bert
Anmeldungsdatum: 26.09.2007
Beiträge: 82
Wohnort: Niedersachsen
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| Verfasst am: 13. Dez 2007 18:54 Titel: |
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| VadimdeHui hat Folgendes geschrieben: |
das eine bandenmuster weißt einen größeren block und weiter unten sind dann noch zwei kleinere , im zweiten muster ist wieder ganz oben ein größeres ganz unten sind auch wieder diese zwei kleinen und dann ist da noch dazwischen eines... |
| Zitat: | | die fragmente wurden durch die PCR erstellt, geschnitten wurde die DNA mit der Endonuklease Ava II |
Ja, das sagt mir viel.  Aber aus deiner Bandenbeschreibung werde ich nicht schlau – ich müßte das Bild sehen ...
Ich werte deshalb meine Gelelektrophorese aus: mein Versuch ist sehr ähnlich dem, den du da hast, es handelt sich aber um eine andere Krankheit. Du kannst es mit deinem Bild vergleichen und anhand meiner Erklärungen wirst du selbst beurteilen können, welcher der diskutierten Fälle für dein Bild paßt. Wenn du nicht klarkommst, poste einfach das Bild, damit ich sehe, was du als Banden bezeichnest, und wie groß die Banden sind.
Aus der PCR kommt ein x Bp langes DNA-Fragment. Da es sich um eine Punktmutation handelt, sind die PCR-Fragmente bei gesunden wie bei kranken gleich lang (nämlich x Bp; bei mir sind es 4,3 kBp).
Würde man die PCR-Fragmente direkt elektrophoretisch trennen, würde man als Ergebnis bei beiden Menschen (krank/gesund) eine einzige Bande der Größe x Bp sehen (so wie in meinem Gel in der Spur 1). Das Restriktionsenzym Ava II erkennt nur die Stelle
5`-GGWCC-3`
3`-CCWGG-5`
(W bedeutet A oder T) und schneidet die DNA an dieser Stelle (es schneidet an keiner anderen Stelle!) und zwar so:
5`-G/GWCC-3`
3`-CCWG/G-5`
Jetzt kommt es darauf an, wo die AvaII-Schnittstelle liegt. Liegt sie in der Mitte des PCR-Fragments, bekommen wir zwei gleich lange AvaII-Subfragmente, die nach der elektrophoretischen Trennung als eine Bande erscheinen (weil ja nach Größe getrennt wird!). Diese Bande hat die Größe x/2 Bp.
Liegt die AvaII-Schnittstelle nicht in der Mitte, bekommen wir zwei unterschiedlich lange AvaII-Subfragmente, die nach der elektrophoretischen Trennung als zwei Bande erscheinen; eine Bande hat die Größe y Bp und die andere z Bp, wobei gilt: y+z=x Bp (in meinem Gel sind x=4,3 kBp; y=1,6 kBp und z=2,7 kBp)
Gelprotokoll/Proben in den Spuren:
1 PCR-Fragment als Kontrolle (2 µl)
2-6 AvaII-Restr.Subfragmente der PCR-Fragmente (20 µl)
M Marker/Längenstandard (500 ng)
Das PCR-Fragment meines gesunden Individuums hat die Größe (oder Länge) 4,3 kBp und hat nur eine einzige (singuläre) Erkennungssequenz für das Restriktionsenzym AvaII, und zwar 1,6 kBp entfernt von dem Forwardend.
Getestet wurde DNA von fünf Individuen. In den Spuren 2-6 sind die Ergebnisse der Restriktion (PCR-Fragmente nach der Behandlung mit AvaII).
Bei den Proben 2 und 3 fehlt die AvaII-Schnittstelle (die DNA dieser Proben enthält eine Punktmutation); die PCR-Fragmente werden nicht geschnitten. Die DNA dieser beiden Proben entspricht dem kranken Individuum.
Bei den Proben 4 und 5 ist diese Schnittstelle bei allen PCR-Fragmenten vorhanden; alle PCR-Fragmente werden geschnitten in zwei ungleich große Subfragmente 2,7 kBp und 1,6 kBp. Die DNA dieser beiden Proben entspricht dem gesunden Individuum.
Bei der Probe 6 ist die AvaII-Schnittstelle bei einigen der PCR-Fragmente vorhanden, bei einigen nicht; einige PCR-Fragmente werden geschnitten in zwei ungleich große Subfragmente 2,7 kBp und 1,6 kBp, einige behalten ihre ursprüngliche Länge von 4,3 kBp. Die DNA Probe stammt von einem Individuum, das ein gesundes und ein krankes Gen (Punktmutation) hat.
Alles klar?
| Beschreibung: |
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| Dateigröße: |
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| Angeschaut: |
23019 mal |
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Holzhacken ist deshalb so beliebt, weil man bei dieser Tätigkeit den Erfolg sofort sieht. [Albert Einstein] |
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VadimdeHui
Anmeldungsdatum: 13.11.2007
Beiträge: 6
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| Verfasst am: 14. Dez 2007 18:12 Titel: |
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jo danke hat mich zwar anfangs geflasht was du da geschrieben hasst aber hab das nach einer weile dann verstanden danke
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