Alternative Codon Usage

JimmzJazz · Gast

Kann mir jemand was zum Alternative Codon Usage erzählen?
In keinem meiner Bücher (Campbell, Janning, Henning) wird das Phänomen erwähnt; nur zum Thema "Codon Usage" finde ich was, auch wiki und google schweigen (bzw kann ich mit den Einträgen in google nichts anfangen). Im Endeffekt habe ich das soweit verstanden, also dass eine Aminosäure durch verschiedene Codons verschlüsselt werden kann und unterschiedliche Spezies unterschiedliche Codons präferieren. Und das kann man in Codon-Usage-Tabellen nachlesen.
Im Henning steht drin, dass das darauf hindeutet, dass auch die dritte Basenposition einem selektiven Evolutionsdruck unterliegen muss. Da hab ich auch gerade ein Brett vorm Kopf.

Und wie gesagt, zum Alternative Codon Usage finde ich restlos nichts in den Büchern.
Ich wäre für jede Hilfe dankbar, muss die Tage ein Referat darüber halten...

chefin · Organisator Anmeldungsdatum: 28.04.2004 Beiträge: 1549 Wohnort: Oberhausen

Ich denke, hier ist eine einfache Erklärung: http://www.eurofinsdna.com/de/products-services/gensynthese/anwendungen.html
Zitat: "Die in jedem Organismus vorhandenen 20 Aminosäuren werden von 64 Tripletts kodiert. Manch Aminosäuren werden von bis zu sechs verschiedenen Codons kodiert. Jede Spezies hat ein anderes Codon Usage-Muster. Das heißt, dass manche von den Codons, die für die selbe Aminosäure kodieren, häufiger genutzt werden als andere. Ein Beispiel ist das Arginin, das von sechs Codons kodiert wird. E.coli verwendet zwei dieser Codons mit einer Häufigkeit von jeweils ca. 40%; die anderen Codons hingegen sehr selten. Wird nun eine kodierende Sequenz eines anderen Organismus in ein E.coli Expressionssystem eingeführt, so werden diese vier in E.coli sehr selten verwendeten Arginin Codons höchstwahrscheinlich zu einer schlechten Proteinexpression führen.

Der zu synthetisierenden ORF kann ganz einfach an die Codon Usage jedes Organismus angepasst werden, um eine optimale Translation der Proteine in heterologen Expressionssystemen zu gewährleisten. Damit werden die Codons mit der optimalen Häufigkeit für den jeweiligen Organismus verwendet und über die Sequenz gleichmäßig verteilt. Sehr seltene Codons können ganz ausgeschlossen werden. "

JimmyJazz · Gast

oh, vielen Dank. Du rettest mich gerade.
Ich habe mich nach dem Begriff "alternative codon usage" blödgesucht und so gut wie nichts gefunden. Anscheinend heißt das Ganze ja auch nicht "alternative codon usage" sondern "Anpassung des Codon Usage"...
Juhu... Grins

JimmyJazz · Gast

Hmm, hab gerade noch etwas anderes gefunden:
de.wikipedia.org/wiki/Genetischer_Code#Ausnahmen

Kann es auch sein, dass das mit dem Begriff "alternative codon usage" gemeint sein könnte?

chefin · Organisator Anmeldungsdatum: 28.04.2004 Beiträge: 1549 Wohnort: Oberhausen

nein du kannst auch darunter suchen, aber nicht immer nur bei google (hab da erst gar nicht gesucht, weil ich gerade yahoo offen hatte grübelnd

)
http://de.search.yahoo.com/search;_ylt=A1f4cfPJs_1JT8UAJBUzCQx.?p=alternative+codon+usage&fr=ytff1-stage6&fr2=sb-top&rd=r2