| Autor |
Nachricht |
frafra
Gast
|
 Verfasst am: 17. Jan 2014 12:54 Titel: schneiden von Vektoren |
 |
|
Hallo,
wir haben folgende Aufgabe bekommen.
Wie muß der Vektor geschnitten werden um folgende Fragmente zu klonieren?
5`CTAGGC.....TTAAT
3` CCG....AATTAGATC
dzu haben wir verschiiedene Restriktionsenzyme bekommen
z.B: Hind3: A/AGCTT
Xba: T/CTAGA
BamH1: G/GATCC
usw.
woher weiß ich jetzt mit welchen ich schneiden muss?
DAnke für Antworten...
LG |
|
 |
PaGe
Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover
|
| Verfasst am: 17. Jan 2014 15:21 Titel: |
|
|
Du musst einfach erst einmal schauen, welches Restriktionsenzym überhaupt in dem Grenzbereich geschnitten haben können. Am besten du schreibst dir die Sequenz auch noch einmal richtig auf und ergänzt die fehlenden Basen bei den Sticky ends, damit du weist, nach welcher Sequenz du Ausschau halten musst.
_________________
Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen. |
|
|
frafra
Gast
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 00:40 Titel: |
|
|
Ja das habe ich gemacht. Ich weiß auch schon das es mit xbal geschnitten wird. Beim 5`-3`ist mir das auch noch klar... Diser Strang würde mit CTAG weiter gehen und Xbal schneidet zwischen T und C. Aber beim zweiten....Wenn ich die vorderen fehlenden ergänze wäre das GATC und dann würde es zwischen C und C schneiden....???
Dann haben wir noch ein beispiel das wie folgt aussieht:
5`ATCCGT...ATCCCCGA
3`TAGGCA...TAGGGGCT
Da gibts ja gar kein Überhang und nichts zu ergänzen... Mh ich versteh es nicht...  |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 12:58 Titel: |
|
|
Zunächst musst du ersteinmal darauf achten, welches Ende du betrachtest. Generiert das Enzym, das du in Betracht ziehst, einen 5'- oder einen 3'-Überhang?
| frafra hat Folgendes geschrieben: | | Ja das habe ich gemacht. Ich weiß auch schon das es mit xbal geschnitten wird. |
Welche Sequenz wurde mit xbaI geschnitten?
Du musst, damit man dir adäquat helfen kann, etwas deutlicher sein. Gib bitte die Sequenz an, bevor und nachdem sie mit dem entsprechenden Enzym geschnitten wurde, am besten im Doppelstrang mit entsprechenden Überhängen.
Bist du dir bei der ersten Sequenz in deinem ersten Beitrag sicher, dass du nicht 5' und 3' verwechselt hast?
Mir ist kein Enzym geläufig, welches das Palindrom 5'-CCTAGG-3' schneidet, aber bamHI schneidet 5'-GGATCC-3', also 3'-CCTAGG-5', das würde zu deiner ersten Sequenz passen.
Also überprüfe noch einmal, ob die oben eingetragenen Sequenzen richtig bezeichnet sind und gebe sie an, bevor und nachdem sie geschnitten wurden.
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
frafra
Gast
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 13:13 Titel: |
|
|
Ok also hier noch mal die Sequenz wie sie auf dem Zettel steht:
5`CTAGGGC..//..TTAAT -würde die Segquenz weiter gehen: CTAG
3` CCG..//..AATTAGATC
so jetzt schneidet Xbal: T/CTAG das würde oben ja super passen... Aber in der Lösung steht das man 2 nal mit Xbal schneidet...
wenn ich jetzt bei 3`die ersten vier vorderen fehlenden ergäne wäre das: GATC
d.h. man müsste ein endonuklease finden die zwischen C/C schneidet... Aber das tut Xbal ja nicht... Irgendwo ist ein denkfehler.... |
|
|
PaGe
Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 13:56 Titel: |
|
|
Weshalb schreibst du nicht einfach erst einmal die Sequenz auf, die geschnitten werden soll? Beim zweiten Beispiel hast du es doch auch gemacht.
5'-XCTAGGC....TTAATCTAGX-3'
3'-XGATCCG....AATTAGATCX-5'
Dann wurde am linken Ende geschnitten:
5'-X CTAGGC....TTAATCTAGX-3'
3'-XGAT CCG....AATTAGATCX-5'
Die Erkennungssequenz muss also:
5'-XCTAG-3' gewesen sein.
Xba I hat TCTAGA. Das scheint erst einmal mit der Erkennungssequenz zu passen, jedoch stimmt das letzte A des Palindroms nicht mit der Sequenz überein und Xba I hätte auch nach dem C im unteren Strang geschnitten.
Derweil stimmen die beiden Sequenzen, die du für die 1. Aufgabe angegeben hast, nicht überein. Da jörg bereits darauf hingewiesen hat, wäre es gut, wenn du noch einmal genau hinschaust und es sorgfältig aufschreibst. Die Überhänge kannst du auch durch 2 Leerzeichen je Buchstabe ordentlich darstellen.
_________________
Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen. |
|
|
jörg
Anmeldungsdatum: 12.12.2010
Beiträge: 2107
Wohnort: Bückeburg
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 14:00 Titel: |
|
|
| frafra hat Folgendes geschrieben: | | so jetzt schneidet Xbal: T/CTAG das würde oben ja super passen |
XbaI schneidet aber die Sequenz 5'-T/CTAGA-3', oben stünde dann aber 5'-TCTAGG-3', also stimmt da was nicht.....
Entweder es fehlt ein A (dann passt xbaI) oder du hast 5'- und 3'-Ende verwechselt (dann passt bamHi).
XbaI schneidet:
5'-TCTAGA-3'
3'-AGATCT-5' zu:
5'-_CTAGA-...3'
3'-______T-...5'
bamHI schneidet:
5'-GGATCC-3'
3'-CCTAGG-5' zu:
5'-_GATCC-3'
3'-______G-5'
_________________
RNA?- just another nucleic acid? |
|
|
frafra
Gast
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 14:45 Titel: |
|
|
mit leerzeichn verschiebt sich immer alles...Nehme mal das X. Hier nochmals die Sequenz:
5`CTAGGGC...//...TTAATXXXX
3`XXXXCCG...//...AATTAGATC
genau so steht es da...Ich hab jetzt nicht genau verstanden was ihr mit A meint??
Sorry! Steh total aufdem Schlauch |
|
|
PaGe
Moderator
Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover
|
| Verfasst am: 18. Jan 2014 22:42 Titel: |
|
|
Dann lies dir doch einmal den Beitrag von jörg durch und vergleiche seine geschnittene Sequenz mit deiner.
| Zitat: | XbaI schneidet:
5'-TCTAGA-3'
3'-AGATCT-5' zu:
5'-_CTAGA-...3'
3'-______T-...5'
|
=> XbaI kann deine Sequenz nicht schneiden.
Du bräuchtest ein Enzym mit der Erkennungssequenz XCTAGG.
Damit es ein Palindrom ist also CCTAGG.
Das steht aber bei den Beispielen nicht dabei. Das Enzym gibt es aber auch.
_________________
Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen. |
|
|
|
Registrieren
Login
FAQ
Suchen
