Unterschied zwischen STR/VNTR und RFLP bei der Genanalyse?

TellMePls · Anmeldungsdatum: 04.01.2018 Beiträge: 1

Meine Frage:
Hallo!

Ich befasse mich gerade mit dem genetischen Fingerabdruck. Im Grunde sieht es immer so aus, dass eine DNA-Probe mittels Restriktionsenzymen zerteilt wird und diese Fragmente dann, um ein Bandenmuster als "Fingerabdruck" zu erhalten, im Rahmen der Gelelektrophorese behandelt wird.
Jetzt meine Frage, denn es werden verschiedene Analysen beschrieben, bei denen mir der Unterschied nicht wirklich klar wird. Zuerst die Definitionen

1. STR: Short Tandem Repeats (kleine, wiederholte Basensequenzen im nicht-codierenden Bereich)

2. VNTR: Variable Number of Tandem Repeats (unterschiedlich lange, wiederholte Basensequenzen im nicht-codierenden Bereich)

3. RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism: DNA wird zerteilt und es entstehen durch individuelle Mutationen mehr oder wenige solcher Teilungen durch Restriktionsenzyme also kürzere und längere Fragmente, die verglichen werden können

Meine Fragen nun im Detail:
1. STR und VNTR befassen sich beide mit dem Thema Tandem Repeats, bei VNTR mit variabler Länge, bei STR kurze Tandems. Sind die STR also eine Untergruppe der VNTR?

2. Wo liegt nun der Unterschied zwischen STR/VNTR und RFLP? Denn besonders bei VNTR mit variabel langen Tandem Repeats ist die Fragmentlänge unterschiedlich, genau wie bei RFLP. In meinem Buch steht was von Gensonden die bei RFLP eingesetzt werden und heute ist STR, weil die Methode einfacher ist, die gängige? Im Internet steht, dass bei RFLP eben die DNA zerschnitte und in der Gelelektrophorese aufgeteilt wird (Bandenmuster) und bei STR/VNTR steht, dass diese Tandem Repeats ausgeschnitten und dann abgewogen werden, je schwerer die Probe desto mehr Tandem Repeats. Aber dann würde ja die Durchführung der Gelelektrophorese bei STR keinen Sinn machen, wenn da nur etwas gewogen wird...

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Es geht generell bei uns gerade um den genetischen Fingerabdruck, d.h. DNA-Probe -> Vermehrt durch PCR -> durch Restriktionsenzyme zerteilt -> mit Gelelektrophorese Bandenmuster erstellen.
Der Unterschied zwischen den drei Fällen oben wird mir dabei einfach absolut nicht klar. RFLP macht für mich Sinn, aber im Buch steht eben, dass heute eigentlich nur noch STR genutzt wird...

Ich hoffe hier kennt sich jemand mit dem Thema aus :)

Danke im Voraus für Hilfe!

Meine Ideen:
Die Ideen stehen in der Frage (2) bereits drin

PaGe · Moderator Anmeldungsdatum: 19.03.2007 Beiträge: 3549 Wohnort: Hannover

RFLP ist erst einmal eine Methode und beschreibt nicht die DNA, die anderen Sachen beschreiben die DNA, dessen Besonderheiten man sich bei anderen Methoden zunutze macht.
Hier kannst du evtl. noch ein wenig nachlesen:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/probe/doc/TechRFLP.shtml

Ich stecke aber nicht in der aktuellen Anwendung, sodass am besten noch jemand anderes etwas schreibt.
Meine Kurzfassung wäre, dass RFLP andere Stellen der DNA untersucht und repitive Sequenzen die Methode sogar stören würde. Man muss diese Stellen meiden. RFLP soll darauf basieren, dass es Schnittstellen gibt oder nicht, um deshalb unterschiedliche FRagmente zu erhalten.
Die Methoden die auf STR/VNTR aufbauen, verwenden Primer, die kurz davor binden, sodass nur diese sequenziert werden. Ob eine Bestimmung der DNA-Masse reicht, kann ich dir nicht mit Sicherheit sagen. Theoretisch könnte es reichen. Aber eine Gelelektrophorese würde mit Sicherheit auch zu einem Ergebnis führen.

Der Vorteil der neueren Methoden ist:
DNA muss häufig sowieso amplifiziert werden. Weshalb sollte man dann nicht nur bestimmte relativ kurze Abschnitte vervielfältigen?
Über RFLP kann man mitunter Informationen über vorhandene Allele herausbekommen. Die neueren Methoden liegen eigentlich immer im nicht-kodierenden Bereich.
Ich vermute auch, dass die neueren Methoden sicherer sind, denn eine Mutation in der Schnittsequenz für die RFLP-Methode führt zu einem anderen Ergebnis. Bei den neueren Methoden müsste es zu Deletion und Insertionen mehrerer Basen kommen, was mE unwahrscheinlicher ist.