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akvarel
Anmeldungsdatum: 06.02.2011
Beiträge: 11
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 Verfasst am: 06. Feb 2011 18:17 Titel: Replikation,Nick Translation Polymerase |
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Meine Frage:
Wo ist genau in Nick translation 5'3'-Exonuclease der Polymerase 1 beteiligt?
Meine Ideen:
Also, wir wissen, dass Polymerase 3 nur 3'-5' Exonuclease hat.Also, sie liest bei Replikation den Matrizenstrang in Richtung 3'-5', wobei DNA in Richtung 5'-3' synthesiert wird.
Bei der Nick Translation liest die Polymerase 1 den Matrizenstrang in Richtung 3'-5', und Nick wird weiter in Richtung 5'-3' übertragen. Und dieses Verfahren geschieht duch 5'-3' Exonuclease der DNA-Polymerase 1.
Warum nennt man es 5'-3' Exonuclease der DNA-Polymerase 1, wenn der Matrizenstrang auch bei Replikation (also, wie bei Polymerase 3) in Richtung 3'-5' abgelesen wird.
Also, Polymerasen lesen die Matritzen in dieselbe Richtung, aber bei Nick Transkription wird es 5'-3' Nuclease gennant. Bei Replikation könnte man es auch so nennen, da Polymerase 3 bezüglich des neuen synthesierten Stranges in richtung DNA -Synthese läuft. |
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Jaamar
Anmeldungsdatum: 14.06.2010
Beiträge: 119
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 05:22 Titel: |
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ich bin mir da nicht ganz so sicher, also bitte verbessert mich, wenn ich irgendwo blödsinn erzähle :-)
schreibrichtung ist immer 5'->3'. das liegt daran, dass ein energiereiches NTP (nukleotidtriphosphat) an eine freie OH-gruppe (3'-ende) angelagert wird.
die exonukleasefunktion bedeutet, dass nukleotide wieder aus dem strang ausgebaut werden.
also diese funktion macht folgendes (ich hoffe ich kann das bildlich veranschaulichen):
5'---------------3'.........5'--------3'
3'----------------------------------5'
hier haben wir eine lücke. in dieser lücke setzt nun die dna-polymerase am 3'-ende an. sie fährt jetzt bis zum 5'-ende der lücke und füllt diese auf (normale polymerasefunktion). jetzt stößt sie aber am anderen fragment (nick) an und könnte normalerweise nicht mehr weiter.
5'----------------------3'5'--------3'
3'----------------------------------5'
hier kommt die 5'->3' exonukleasefunktion zu tragen. denn diese baut die nukleoside des 2. fragmentes aus. der platz wird dann von einem neuen passenden nukleotid eingenommen (normale polymerasefunktion).
5'----------------------------------3'
3'----------------------------------5'
bis das ganze dann wieder so aussieht.
anwendungen sind zum beispiel bei der entfernung der rna-primer für die okaszaki-fragmente oder zur markierung von dna-strängen zu finden.
grüße |
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akvarel
Anmeldungsdatum: 06.02.2011
Beiträge: 11
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 10:41 Titel: |
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| Zitat: | | schreibrichtung ist immer 5'->3'. |
bezüglich welches Stranges??
Polymerase 3 hat keinen 5'->3' Esonuclease, also sie kann sich nicht richtung 5'->3' (bezüglich des neuen synthesierten Stranges), also sie bewegt sich 3'->5' bezueglich des alten Stranges.
| Zitat: | | in dieser lücke setzt nun die dna-polymerase am 3'-ende an |
also, sie beweht sich doch zuesrt von 3'-ende auf den alten Strang?? oder schon auf den neuen Strang?
| Zitat: | | in dieser lücke setzt nun die dna-polymerase am 3'-ende an. sie fährt jetzt bis zum 5'-ende der lücke und füllt diese auf (normale polymerasefunktion). jetzt stößt sie aber am anderen fragment (nick) |
nick ist schon doch die Lücke, wie kann, die du mit .... markiert hast, also wenn sie von bis zum 5'-ende fährt stösst sie schon die Lücke
Ich habe so ein Bild.
3' ---------------------------5'
5' -----3' 5'====----------3'
Und Nick ist der Lücke.
====-Primer
Meine Fragen:
Wo fängt Polymerase an (an welchem Strang und welche Richtung)?
(In meinem Buch steht, dass sie immer in Richtung 5'->3' bezüglich des neuen Strang faehrt, warum dann können wir nicht sagen, dass Polymerase 3 auch in Rictung 5'->3' (bezuelich leading strand synthesis) bei Replikation fährt, also und dann wird sie auch 5'->3' exonuclease haben) |
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Jaamar
Anmeldungsdatum: 14.06.2010
Beiträge: 119
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 11:02 Titel: |
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| Zitat: | bezüglich welches Stranges??
Polymerase 3 hat keinen 5'->3' Esonuclease, also sie kann sich nicht richtung 5'->3' (bezüglich des neuen synthesierten Stranges), also sie bewegt sich 3'->5' bezueglich des alten Stranges. |
es geht hier um den neuen strang.
das einsetzen von NTP erfolgt IMMER 5'->3'. dies liegt daran, dass eine freie OH-gruppe (am 3'-ende) gebraucht wird um das NTP anzulagern. also schreibrichtung (neuer strang): 5'->3', leserichtung (alter strang): 3'->5'
| Zitat: | | also, sie beweht sich doch zuesrt von 3'-ende auf den alten Strang?? oder schon auf den neuen Strang? |
jede polymerase braucht einen primer (eben wegen dem freien OH-ende). deshalb fängt auch die polymerase am 3'-ende der lücke an. nur wenn eine normale polymerase auf ein hindernis (einen anderen primer) stößt, würde sie aufhören zu synthetisieren. hier kommt dann aber die 5'->3' exonuklease an die reihe. das bedeuted, sie entfernt in SCHREIBRICHTUNG (auf dem neuen strang) einzelne, schon eingesetzte nukleotide. sie wirkt also wie eine art schienenlegefahrzeug, dass vorne die schienen wegnimmt und hinten wieder drann setzt.
und das bild von dir
| Zitat: | Ich habe so ein Bild.
3' ---------------------------5'
5' -----3' 5'====----------3'
Und Nick ist der Lücke.
====-Primer |
entspricht eigentlich meinem bild
| Zitat: | 5'----------------------3'5'--------3'
3'----------------------------------5' |
nur, dass ich den primer (leider) nicht anders eingezeichnet habe.
5'----------------------3'5'=====3'
3'----------------------------------5'
vielleicht ist es jetzt besser :-)
| Zitat: | Meine Fragen:
Wo fängt Polymerase an (an welchem Strang und welche Richtung)?
(In meinem Buch steht, dass sie immer in Richtung 5'->3' bezüglich des neuen Strang faehrt, warum dann können wir nicht sagen, dass Polymerase 3 auch in Rictung 5'->3' (bezuelich leading strand synthesis) bei Replikation fährt, also und dann wird sie auch 5'->3' exonuclease haben) |
die polymerasefunktion fängt IMMER am 3'-ende eines primers. den grund dafür hab ich eh oben schon erwähnt.
wenn man von der exonuklease spricht, dann wird immer die schreibrichtung gemeint. das heißt, es gibt die
*5'->3' exonuklease:
sie entfernt in schreibrichtung (also 5'->3' auf dem neuen strang)
*3'->5' exonuklease:
sie entfernt gegen die schreibrichtung (also 3'->5' auf dem neuen strang). diese funktion ist auch als proof-reading bekannt.
hoffe ich hab keinen deiner fragen ausgelassen und dass es jetzt etwas klarer wird.
beste grüße |
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akva
Gast
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 13:08 Titel: |
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| Zitat: |
deshalb fängt auch die polymerase am 3'-ende der lücke an
die polymerasefunktion fängt IMMER am 3'-ende eines primers |
Wo faengt sie dann an?
3' ---------------------------5'
5' -----3' 5'====----------3'
Und Nick ist der Lücke.
====-Primer
Also, Polymerase liest nur den neuen synthesierten Strang, da wo primere sind.
Sie fängt mit der 3' Ende der 1. Frangment und entfernt Nucleotid an Primer (der zweiten Fragment)und fuegt einen neuen nucleotid an 3'ende der ersten Fragment ein. Dabei tauscht sie Ribonucleotid gegen Desoxoribonucleotid.
Also, Polemrase faengt an 3' ende der Luecke (vor der Luecke eigentlich) an. Ist das ricthtig? |
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Jaamar
Anmeldungsdatum: 14.06.2010
Beiträge: 119
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 13:24 Titel: |
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kleiner einwand noch, die polymerase liest den alten strang, schließlich muss ja immer die korrespondierende base rein :-).
aber der erst dürfte passen. wenn der primer ersetzt ist, dann bleibt eine "lücke" offen, da die dnapolymerase die das endständige 3'-ende nicht mit dem 5'-ende des 2. fragments verbinden kann.
3' ---------------------------5'
5' ------------3' 5'----------3'
zum schließen dieser lücke braucht man dann eine DNA-Ligase. diese bildet dann zwischen dem phosphatrest des 5'-endes und der OH-gruppe des 3'-endes eine esterbindung.
dann sieht das fragmanet so aus:
3' ---------------------------5'
5' ---------------------------3' |
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akva
Gast
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 14:52 Titel: |
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Ich habe Probleme nicht mir Ligation der DNA-Straengen, sondern bei Nick-Translation und Polymerase 1.
Bei Nick-Translation, wo von der Folgestrang schon einen neuen Strang synthesiert war,läuft Polymerase 1 nur am neuen synthesierten Strang.
Neuer Strang 5'------3' (Nick) 5'=====-----3'
5'-----3' - erster Fragment
5'====-----3' - zweiter Fragment
==== - Primer.
Also, Polymerase 1 lauft von 3'end (vor dem Nick) und entfernt Nucleotid an Primer (der zweiten Fragment)und fuegt einen neuen nucleotid an 3'ende der ersten Fragment ein. Dabei tauscht sie Ribonucleotid gegen Desoxoribonucleotid.
Ist das ueber Aktivitaet der Polymerase 1 bei Nick Translation richtig? |
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Jaamar
Anmeldungsdatum: 14.06.2010
Beiträge: 119
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| Verfasst am: 07. Feb 2011 21:31 Titel: |
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die ligase hab ich nur der vollständigkeit halber erwähnt :-)
| Zitat: |
Also, Polymerase 1 lauft von 3'end (vor dem Nick) und entfernt Nucleotid an Primer (der zweiten Fragment)und fuegt einen neuen nucleotid an 3'ende der ersten Fragment ein. Dabei tauscht sie Ribonucleotid gegen Desoxoribonucleotid. |
das stimmt so weit. aber der vorgang des entfernen und einfügen der neuen NTP (deoxyribon. anstelle von ribon.) erfolgt in einem rutsch. das heißt, sie fährt das ganze nicht 2mal ab, sondern erledigt das auf einmal. |
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