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anny12
Gast





BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 11:19    Titel: Primer Antworten mit Zitat

Meine Frage:
Hi!
es werden vier typen von primer unterschieden:
sequenzspezifische primer
degenerierte primer
oligo-dT-Primer
random-Primer

kann mir jemand erklären wodurch sie charakterisiert sind bzw. was man darunter versteht? also ich weiß was ein primer ist und was seine aufgabe ist aber ich weiß einfach nicht wodurch sich die vier typen unterscheiden.
hab auch schon im internet gesucht aber leider nichts gefunden.

Meine Ideen:
hoffe jemand kann helfen! Danke schon mal...
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 13:22    Titel: Antworten mit Zitat

Dann analysier doch einmal, was die Worte bedeuten könnten. Die sind nämlich eigentlich ziemlich eindeutig.
_________________
Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen.
anny12
Gast





BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 13:37    Titel: Antworten mit Zitat

sequuenzspez. primer sind dann primer die sich nur an bestimmte sequenzen anlgern.
degeneriert primer: da hatten wir folgendes: Gemisch aus Einzelmolekülen die sich an bestimmten stellen in ihrer sequenz unterscheiden. aber so richtig kann ich mir darunter nichts vorstellen...das sagt ja auch nichts darüber aus wo sie gebunden werden...
random primer: sind primer die an verschiedenen meist auf RNA zufällig angelagert werden?
oligo-dT-Primer: lagern sich am poly-A-Schwanz an?
ist das so ungefähr richtig?
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 15:25    Titel: Antworten mit Zitat

Genau.
sequenzspezifische primer => exakte Sequenz wird erkannt
degenerierte primer => Entweder ein Primergemisch oder ein Primer, der hohe Tendenzen eine Whobble base hat. Bei besonders langen Primern ist es egal ob wirklich alle Basen binden, da der Rest stark genug bindet.
oligo-dT-Primer => besteht halt nur aus T. Könnte wirklich zum Binden an den Poly-A-Schwanz genutzt werden.
random-Primer => wahllose Abfolge von Basen. Dadurch binden sie irgendwo und man kann realtiv unbekannte Sequenzen untersuchen, da sie erst einmal vervielfältigt werden. Genauere Untersuchungen erfordern dann aber wieder spezifische Primer.

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anny12
Gast





BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 17:09    Titel: Antworten mit Zitat

ok...aber das mit den degenierten primern versteh ich irgendwie noch nicht. ich kann mir nicht wirklich was darunter vorstellen...kannst du das nochmal versuchen anders zu erklären? schämen
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 17:36    Titel: Antworten mit Zitat

Wenn du einen Primergemisch hast, ist das denke ich klar.
Wenn du einen 50 Basen langen Primer hast, reicht es, wenn 40 Basen passen, da diese den Primer fest genug binden. 10 Basen passen somit nicht, sodass der Primer nicht spezifisch ist.

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Firelion



Anmeldungsdatum: 27.08.2009
Beiträge: 1878

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 23:11    Titel: Antworten mit Zitat

Hi,
Dann benutzt man auch degenerierte Primer, wenn man mittels PCR eine bestimmte Sequenz vervielfältigen sondern auch noch künstliche Erkennungssequenzeneinbauen möchte oder?


LG Firelion

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It is well known that a vital ingredient of success is not knowing that what you’re attempting can’t be done - Terry Pratchett
PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 23:39    Titel: Antworten mit Zitat

Das ist halt der Vorteil dieser langen Primer. Dann kennt man die Enden und kann mit spezifischen Primern erst eine PCR oder nach vorheriger Trennung der Fragmente gleich eine Sequenzierung machen.
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Firelion



Anmeldungsdatum: 27.08.2009
Beiträge: 1878

BeitragVerfasst am: 25. Okt 2011 23:48    Titel: Antworten mit Zitat

Cool. Wir haben das ganze für eine Klonierung gebraucht und mussten künstliche Erkennunghsstellen für die RE einbauen, um das gewünschte Gen intakt zu lassen.
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PaGe
Moderator


Anmeldungsdatum: 19.03.2007
Beiträge: 3549
Wohnort: Hannover

BeitragVerfasst am: 26. Okt 2011 00:24    Titel: Antworten mit Zitat

Das geht natürlich auch, wobei man mit etwas Glück auch spezifische Primer findet. Gibt ja relativ viele REs.
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Die deutsche Rechtschreibung ist Freeware, du darfst sie kostenlos nutzen. Aber sie ist nicht Open Source, d. h., du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen.
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