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CuSith
Anmeldungsdatum: 17.12.2007
Beiträge: 4
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 Verfasst am: 17. Dez 2007 11:29 Titel: Frage zu Recognition Sequences |
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Hej!
Im Zuge meiner Studienarbeit in der Bioinformatik bin ich auf eine Frage gestoßen, die ich nirgends abschließend klären konnte - ich hoffe, ich finde jetzt hier bei Euch eine Antwort 
Eine Eingabe sind Recognition Sequences folgender Schreibweise (von New England Biolabs):
i) AA/CGTT
Der Schnitt wird also auf dem Strang hinter dem A ausgeführt, ein DoppelStrang würde glatt abgeschnitten (blunt end).
ii)
ACTGG(1/-1)
Hier werden die Stränge an unterschiedlichen Stellen geschnitten, der obere (5' - 3') inkl. der Base hinter dem zweiten G, der untere eine Position vor der des endständigen G.
iii)
(-1/1)CCAGT
Hier kommt jetzt mein Problem: Wie wird das hier gezählt??
Zähle ich genau wie unter Punkt ii) - d.h. negative Werte liegen vor dem Anfang der Sequenz und positive dahinter?
Oder indiziert die Klammer die Zählrichtung und es wird genau umgekehrt gerechnet - positive reichen vor den Sequenzstart und negative sozusagen in Richtung der Sequenz??
Beides wäre für mich plausibel, aber ich habe nirgends eine Antort auf die Frage finden können - habt Ihr eine??
greetz
CuSith |
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Bert
Anmeldungsdatum: 26.09.2007
Beiträge: 82
Wohnort: Niedersachsen
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| Verfasst am: 17. Dez 2007 18:57 Titel: Re: Frage zu Recognition Sequences |
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| CuSith hat Folgendes geschrieben: | ...
Wie wird das hier gezählt?? |
ACTGG(1/-1)
Erkennungsstelle:
5'...ACTGG...3'
3'...TGACC...5'
Schnitt:
5'...ACTGGN/N...3'
3'...TGAC/CNN...5'
(-1/1)CCAGT
Erkennungsstelle:
5'...CCAGT...3'
3'...GGTGA...5'
Schnitt:
5'...NNC/CAGT...3'
3'...N/NGGTGA...5'
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Holzhacken ist deshalb so beliebt, weil man bei dieser Tätigkeit den Erfolg sofort sieht. [Albert Einstein] |
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CuSith
Anmeldungsdatum: 17.12.2007
Beiträge: 4
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| Verfasst am: 18. Dez 2007 01:10 Titel: |
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Vielen Dank!
Hast Du über das Thema evtl. noch Literaturtipps und/oder Weblinks?? |
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CuSith
Anmeldungsdatum: 17.12.2007
Beiträge: 4
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| Verfasst am: 18. Dez 2007 20:56 Titel: |
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Hab jetzt noch eine neue Frage:
Unter folgendem link ist eine Sequence beschrieben, die nur einen der Stränge schneidet:
http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0631.asp
Wie hab ich mir das vorzustellen? Und vor allem, was passiert mit dem Rest des oberen Strangs? |
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Bert
Anmeldungsdatum: 26.09.2007
Beiträge: 82
Wohnort: Niedersachsen
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| Verfasst am: 19. Dez 2007 23:43 Titel: |
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| CuSith hat Folgendes geschrieben: | Hab jetzt noch eine neue Frage:
Unter folgendem link ist eine Sequence beschrieben, die nur einen der Stränge schneidet:
http://www.neb.com/nebecomm/products/productR0631.asp
Wie hab ich mir das vorzustellen? Und vor allem, was passiert mit dem Rest des oberen Strangs? |
Dieses Enzym erzeugt einen Einzelstrangbruch, einen s.g. Nick. Der andere Strang bleibt „unberührt“. Der Nick dient als Substrat für andere DNA-modifizierende Enzyme. Die Nicks kann man entweder unspezifisch erzeugen, d.h. statistisch verteilt über das ganze DNA-Molekül (durch eine milde Behandlung mit DNaseI), oder aber an definierten Stellen (mit Enzymen wie z.B. Nb.BbvCI).
Mögliche Anwendung: Radioaktive Markierung (Nick-Translation; macht man heute seltener, aber in den 80er war es der Renner), Austausch eines DNA-Teilstranges, Strangverdrängungsamplikation, diverse DNA-Untersuchungen ...
Der Unterschied zu Restriktionsenzymen liegt vor allem darin, daß hier kein Schnitt erfolgt, sondern nur ein Einzelstrangbruch. Um es an einem Beispiel zu verdeutlichen:
Wenn du ein scPlasmid mit EcoRI behandelst, kriegst du ein lineares DNA-Molekül (vorausgesetzt, das scPlasmid hat genau eine singuläre EcoRI-Stelle).
Wenn du ein scPlasmid mit Nb.BbvCI behandelst, kriegst du ein entspanntes zirkuläres DNA-Molekül. Nach einer elektrophoretischen Trennung kannst du diese Moleküle auch auseinanderhalten, obwohl sie alle drei identische kB-Größe haben, zeigen sie unterschiedliches Migration-Verhalten – das zirkuläre Molekül mit dem Einzelstrangbruch ist am langsamsten, das scPlasmid ist am schnellsten, das linearisierte Molekül liegt dazwischen.
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Holzhacken ist deshalb so beliebt, weil man bei dieser Tätigkeit den Erfolg sofort sieht. [Albert Einstein] |
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